genome.fa.s204.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold204
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  427869

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1058--1083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3253--3291	21	1.9	20	84	5	51	56	2	12	28	1.50
3300--3344	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
4844--4869	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5567--5610	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
7415--7440	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
9518--9548	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
11352--11396	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
11537--11567	16	2.0	16	93	6	55	25	9	0	64	1.24
13623--13648	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
17786--17815	13	2.3	13	94	0	51	33	13	16	36	1.88
17769--17831	33	1.9	33	93	0	108	30	22	14	33	1.93
17860--17932	20	3.7	19	85	3	83	36	15	17	30	1.91
22984--23013	15	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
26175--26210	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
28563--28842	76	3.7	75	75	9	237	38	13	19	28	1.90
28569--28982	154	2.7	153	77	6	388	36	14	21	28	1.92
28591--29097	78	6.6	78	74	9	360	36	14	21	27	1.92
29091--29265	83	2.1	82	90	1	269	38	15	21	24	1.92
29220--29317	30	3.4	30	64	16	80	36	13	22	27	1.91
29306--29480	78	2.3	77	86	1	233	36	15	22	25	1.94
29332--29589	78	3.3	78	79	3	261	36	13	22	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31110--31163	11	4.9	11	74	21	51	40	0	1	57	1.09
31133--31170	19	1.9	19	89	5	58	42	0	0	57	0.98
42540--42645	56	1.9	56	92	1	178	45	9	16	29	1.78
47565--47603	20	2.0	20	100	0	78	10	17	25	46	1.80
47908--48037	41	3.2	41	80	2	127	24	28	10	36	1.89
48255--48508	41	6.2	40	83	8	298	20	25	13	40	1.89
48261--48501	123	2.0	123	88	4	362	20	26	13	40	1.89
51713--52303	155	3.8	154	75	5	438	28	15	17	38	1.90
51713--52289	310	1.9	311	80	3	696	28	15	17	38	1.90
53274--53322	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
57888--57951	28	2.3	27	81	10	67	48	1	3	46	1.27
58635--58746	50	2.2	50	83	0	143	28	20	12	38	1.89
59549--59573	8	3.1	8	100	0	50	24	28	12	36	1.91
61115--61516	79	5.1	78	82	3	394	28	25	12	33	1.92
63289--63337	20	2.4	21	93	6	84	32	6	14	46	1.69
63399--63452	20	2.7	20	100	0	108	29	14	14	40	1.86
65269--65318	21	2.4	21	93	0	82	48	6	28	18	1.71
67272--67300	15	2.0	15	93	6	51	34	0	10	55	1.34
68212--68242	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
69621--69656	10	3.0	13	76	23	51	36	16	13	33	1.89
72207--72258	20	2.7	20	93	3	88	28	15	13	42	1.85
74828--74853	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99504--99528	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
102472--102511	11	3.7	11	86	3	55	45	5	0	50	1.23
102672--102705	16	2.2	15	89	5	50	35	0	0	64	0.94
102678--102734	22	2.5	20	75	22	51	35	0	1	63	1.05
103975--104063	21	4.2	21	89	0	133	35	12	19	32	1.89
105632--105662	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
106783--106849	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
106803--106827	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
106890--106914	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
106923--107041	52	2.3	52	95	1	213	34	18	17	29	1.94
111001--111085	25	3.4	25	98	0	161	29	7	7	56	1.52
111069--111117	21	2.3	21	82	6	55	32	10	4	53	1.54
113073--113113	21	2.0	21	85	0	55	36	4	19	39	1.73
115175--115230	24	2.4	24	82	8	62	53	0	1	44	1.11
116693--116760	17	4.2	16	67	12	50	58	0	4	36	1.18
116690--116786	47	2.1	47	86	0	131	58	2	3	36	1.25
121728--121799	33	2.2	33	92	0	117	51	8	9	30	1.64
126620--126686	16	4.2	16	72	11	57	32	13	8	44	1.75
126957--127009	19	2.8	20	74	5	56	39	5	1	52	1.36
132150--132179	14	2.1	14	93	0	51	66	0	0	33	0.92
132381--132454	25	2.9	25	70	23	64	52	2	1	43	1.23
133754--133781	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138571--138609	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
139304--139340	2	18.5	2	88	0	56	43	0	2	54	1.14
139304--139351	10	4.7	10	86	2	60	39	2	4	54	1.32
140071--140099	14	2.1	14	100	0	58	27	10	13	48	1.75
143041--143078	12	3.2	12	85	11	51	39	2	0	57	1.12
144437--144561	62	2.0	62	100	0	250	33	16	15	35	1.90
148368--148430	19	3.6	19	72	24	75	33	14	19	33	1.91
148371--148433	32	2.0	32	100	0	126	34	14	19	31	1.91
162336--162390	18	3.0	18	84	5	65	81	14	1	1	0.85
162351--162392	14	2.9	14	89	10	59	83	16	0	0	0.65
162355--162392	12	3.4	11	86	13	51	84	15	0	0	0.63
163824--163906	28	3.0	28	94	0	148	33	32	18	15	1.92
163887--163976	32	2.8	32	86	1	108	20	30	14	35	1.92
163935--164174	75	3.2	75	93	0	399	23	27	14	34	1.94
164123--164353	48	5.0	48	79	10	264	25	26	18	30	1.98
164174--164251	39	2.0	39	87	0	111	29	26	19	24	1.98
164126--164299	87	2.0	87	96	0	321	25	26	19	28	1.99
165193--165255	19	3.6	19	74	24	75	33	14	17	34	1.90
165212--165236	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
165193--165262	32	2.2	32	97	0	131	32	14	17	35	1.90
169507--169622	20	6.1	19	66	20	55	20	26	8	43	1.81
169494--169634	37	3.8	37	88	1	138	22	26	7	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169521--169634	37	3.1	37	93	0	192	21	27	7	43	1.78
169646--169700	24	2.2	26	83	6	69	16	1	7	74	1.12
169666--169714	24	2.0	25	88	8	73	18	2	6	73	1.14
169644--169751	18	6.4	17	70	11	69	20	1	5	72	1.14
169644--169708	33	2.0	33	85	11	89	18	1	6	73	1.11
170681--171589	42	21.5	41	73	9	524	34	19	27	18	1.95
170681--171032	85	4.2	84	80	6	223	34	20	26	17	1.95
170756--171589	85	9.8	85	80	5	796	34	18	27	18	1.95
170800--171547	338	2.2	339	82	3	898	34	18	27	18	1.95
170765--171548	423	1.9	423	84	3	1078	34	18	27	19	1.95
179888--179932	22	2.0	23	82	4	56	46	2	17	33	1.61
184870--184948	20	4.1	19	71	21	58	20	27	10	41	1.84
184901--184997	17	5.4	17	74	13	95	22	26	6	44	1.76
184857--184997	37	3.8	37	88	1	192	23	27	7	41	1.80
184884--184985	20	5.4	20	76	13	99	21	26	7	44	1.79
185009--185075	8	7.6	8	78	21	64	16	0	2	80	0.83
185007--185075	9	7.7	9	71	18	54	17	0	2	79	0.85
185009--185077	17	3.9	17	76	16	77	17	0	2	79	0.85
185009--185098	37	2.4	37	83	9	112	18	1	3	76	0.98
207004--207034	16	1.9	16	93	0	53	83	0	16	0	0.64
208057--208102	17	2.5	19	80	20	53	32	0	0	67	0.91
208614--208648	18	1.9	18	88	0	52	34	5	11	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210182--210208	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
211184--211222	19	2.1	19	85	9	53	43	0	2	53	1.14
213947--213971	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
215555--215592	19	2.0	19	94	0	67	52	7	0	39	1.31
215796--215838	22	1.9	23	85	4	61	55	11	0	32	1.36
216350--216430	15	5.1	16	76	13	51	58	8	0	33	1.29
216385--216429	15	2.9	15	90	3	72	55	2	0	42	1.12
216756--216835	18	4.4	18	74	15	60	50	0	0	50	1.00
216769--216850	25	3.2	25	79	17	89	47	0	0	52	1.00
216761--216843	33	2.5	34	74	14	84	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3