genome.fa.s204.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold204
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  427869

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 321 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216828--216878	17	2.7	20	79	11	54	39	1	0	58	1.09
216769--216867	50	2.0	51	88	6	148	46	0	0	53	1.00
216787--216867	24	3.3	24	76	8	92	45	0	0	54	0.99
216842--216889	17	2.9	16	80	14	53	41	2	0	56	1.11
217973--218006	16	2.3	15	90	10	52	55	0	2	41	1.15
218153--218186	16	2.1	16	88	0	50	52	2	14	29	1.56
218499--218524	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
222268--222328	30	2.0	31	83	3	79	37	0	3	59	1.14
222375--222443	36	1.9	36	82	5	86	39	0	4	56	1.19
222888--222968	2	40.5	2	81	4	74	38	0	8	53	1.32
223049--223095	22	2.2	22	85	11	62	36	0	0	63	0.94
224035--224068	6	5.7	6	92	0	59	79	0	2	17	0.86
224137--224171	14	2.6	14	90	4	54	48	0	0	51	1.00
225025--225077	27	2.0	27	88	0	79	35	22	18	22	1.95
226381--226408	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
230071--230174	32	3.2	32	70	8	93	30	18	24	26	1.98
230161--230659	28	17.5	28	79	7	447	22	15	29	33	1.94
231929--231963	18	2.0	18	88	5	54	5	25	20	48	1.71
232208--232251	21	2.1	21	82	0	52	11	15	29	43	1.82
233677--235023	44	31.0	44	78	6	1043	40	17	26	16	1.90
233750--233908	45	3.7	44	78	6	126	42	16	25	16	1.88
233692--235017	217	6.1	218	79	6	1097	40	17	26	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233673--235023	173	7.8	173	78	6	1079	40	17	26	16	1.90
246191--246222	15	2.1	15	94	0	55	50	0	9	40	1.35
247691--247721	13	2.5	13	94	5	55	22	0	0	77	0.77
248087--248121	16	2.2	16	94	0	61	51	20	5	22	1.68
248408--248453	13	3.7	13	78	21	62	0	36	15	47	1.45
248934--248977	21	2.1	21	87	8	63	15	22	22	38	1.92
249641--249756	55	2.0	56	90	8	180	47	10	17	25	1.79
249818--249870	22	2.4	22	80	0	61	9	5	11	73	1.24
249836--249905	25	2.8	23	78	20	70	20	1	7	71	1.17
255398--255435	20	1.9	20	94	0	67	50	5	10	34	1.59
259629--259698	29	2.3	31	76	19	74	25	2	10	61	1.41
261452--261498	20	2.3	20	82	7	60	80	6	10	2	0.96
263421--263692	36	7.8	36	71	13	151	36	22	9	32	1.86
266089--266399	79	3.9	79	78	6	225	36	12	25	25	1.91
266240--266292	28	2.0	26	88	7	79	28	15	30	26	1.96
266171--266401	82	2.9	79	76	11	245	38	10	25	25	1.88
266085--266365	82	3.5	78	80	8	228	34	13	27	25	1.93
266438--266479	21	2.0	21	100	0	84	42	19	19	19	1.89
266470--266678	79	2.6	79	78	5	197	33	8	29	28	1.87
269976--270016	19	2.2	19	86	0	55	12	4	2	80	0.97
269957--269998	18	2.4	18	84	11	52	9	11	2	76	1.12
269992--270028	15	2.5	15	84	16	51	10	5	5	78	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269977--270029	27	2.0	27	84	0	70	15	5	3	75	1.13
270498--270523	10	2.6	10	100	0	52	57	15	0	26	1.38
271228--271286	20	2.9	20	79	2	64	30	20	11	37	1.89
274988--275509	78	6.7	77	69	16	220	39	11	20	28	1.87
274974--275733	80	9.6	79	72	11	312	38	11	21	28	1.88
275168--275237	28	2.5	28	79	13	81	44	8	20	27	1.80
275163--275733	80	7.2	78	76	8	426	39	11	20	28	1.87
278121--278172	22	2.5	22	87	12	74	42	13	15	28	1.85
278218--278272	21	2.7	21	81	10	69	34	14	7	43	1.73
280666--280705	16	2.5	16	87	0	53	35	7	5	52	1.51
281704--281747	19	2.3	19	84	7	54	45	4	15	34	1.67
282929--282954	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
282942--282994	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
284673--284703	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
297520--297588	1	69.0	1	73	0	57	86	13	0	0	0.56
297520--297588	13	5.2	13	83	8	86	86	13	0	0	0.56
297523--297588	29	2.3	29	84	5	98	86	13	0	0	0.57
297828--297859	17	1.9	17	93	6	57	84	9	6	0	0.78
298792--298967	31	5.7	31	89	5	259	25	30	18	25	1.98
298792--299039	93	2.7	93	82	9	274	23	31	16	28	1.96
298947--300028	34	31.8	33	83	9	1149	19	33	12	34	1.90
298969--300023	380	2.8	380	92	3	1676	19	33	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299733--299792	27	2.2	27	84	0	75	20	38	13	28	1.90
299699--299959	66	4.1	63	78	11	239	19	35	12	32	1.89
300069--300734	49	13.8	49	81	7	767	25	25	17	30	1.97
300595--300663	22	3.2	22	63	19	54	26	26	17	30	1.97
300639--300777	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
301748--301868	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
306448--306482	17	2.1	17	100	0	70	48	5	22	22	1.72
307081--307105	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
307093--307145	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
307187--307249	19	3.6	19	76	24	84	39	14	15	30	1.87
307187--307283	32	3.0	32	92	6	151	39	15	15	29	1.88
307205--307262	13	4.0	13	74	23	53	39	13	15	31	1.86
308930--308980	16	3.0	17	80	13	61	78	0	1	19	0.85
315628--315756	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
315851--315875	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
315830--315895	32	2.0	33	94	2	116	34	18	13	33	1.90
316180--316214	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
317345--317391	20	2.4	19	76	13	51	27	2	2	68	1.13
318552--318583	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
319019--319062	23	2.0	23	86	4	63	43	2	6	47	1.42
319172--319228	17	3.3	16	79	13	60	38	1	8	50	1.44
319219--319278	31	1.9	32	83	12	81	46	0	8	45	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320754--320820	29	2.3	30	84	7	93	59	0	4	35	1.18
325601--325625	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
328107--328131	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
329870--329919	16	3.2	15	83	10	64	52	10	2	36	1.47
330813--330867	21	2.7	21	82	2	67	50	0	1	47	1.11
334463--334520	19	2.9	19	84	5	62	17	5	3	74	1.15
334487--334537	21	2.5	21	90	6	79	19	3	5	70	1.24
340792--340847	26	2.2	26	90	0	85	48	14	8	28	1.74
340743--340962	119	1.8	119	97	0	413	45	16	9	28	1.79
340911--340962	26	2.0	26	84	0	68	50	13	9	26	1.72
342037--342065	14	2.0	15	93	6	51	34	0	13	51	1.42
343647--343684	17	2.2	17	90	4	58	60	0	0	39	0.97
352561--352964	214	1.9	211	83	2	522	26	18	19	35	1.95
354576--354659	30	2.8	30	82	5	91	34	0	2	63	1.08
354702--354742	21	1.9	21	85	14	57	51	7	0	41	1.30
359118--359148	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
362322--362361	9	4.8	9	85	14	59	80	7	0	12	0.91
362316--362373	8	7.2	8	77	12	57	81	5	0	13	0.86
362322--362373	15	3.3	15	76	10	50	82	5	0	11	0.82
362373--362492	64	1.9	64	91	0	195	37	19	18	25	1.94
363316--363370	20	2.8	20	86	5	76	29	12	9	49	1.72
365679--365855	51	3.5	51	80	5	198	28	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365791--366012	78	2.8	78	87	2	302	28	25	13	31	1.94
365958--366056	51	1.9	51	83	4	128	33	24	10	32	1.88
366047--366102	28	2.0	28	96	0	103	21	28	19	30	1.98
366050--366123	28	2.6	28	86	0	94	21	29	22	25	1.99
366107--366224	51	2.3	51	88	0	182	28	25	12	33	1.93
366075--366410	130	2.6	129	74	10	322	27	22	12	36	1.90
375509--375588	23	3.5	22	75	10	72	73	10	8	7	1.24
375518--375581	21	2.8	23	79	11	69	73	9	10	6	1.25
375518--375609	21	4.3	21	73	15	64	73	8	10	6	1.23
376785--376909	66	1.9	66	83	4	164	27	30	16	25	1.97

Tables:   1   2   3