genome.fa.s2057.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2057
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  447875

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 360 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627--651	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1528--1635	49	2.3	48	81	9	116	27	21	25	25	1.99
1540--2229	48	13.9	48	75	15	568	27	19	27	25	1.99
1552--2224	99	6.8	96	76	16	354	27	19	27	25	1.99
1540--2217	100	6.8	97	76	15	424	27	20	27	24	1.99
1534--2229	300	2.3	286	79	12	690	27	19	27	25	1.99
1540--2235	147	4.7	149	78	14	518	27	19	27	25	1.99
4228--4348	1	121.0	1	75	0	98	0	1	11	86	0.64
4228--4349	17	7.0	18	80	12	130	0	1	12	86	0.66
4230--4348	31	3.8	31	80	16	124	0	1	11	86	0.64
14064--14090	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
17115--17245	33	4.1	33	78	12	139	17	29	13	38	1.88
17121--17294	27	5.9	28	78	13	136	21	29	16	32	1.95
17121--17266	60	2.4	60	91	1	238	19	30	16	33	1.94
17326--17550	65	3.5	64	88	2	326	29	31	18	21	1.97
17326--17550	33	7.0	33	87	5	316	29	31	18	21	1.97
17273--17554	128	2.3	124	84	5	347	31	30	18	20	1.96
17598--17967	43	8.1	44	79	13	399	25	25	17	31	1.97
17542--17958	92	4.5	92	92	3	683	25	25	18	30	1.98
17711--17778	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
17542--17980	187	2.3	187	91	4	699	25	25	17	31	1.97
18657--18713	13	3.9	13	74	24	51	35	15	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18635--18732	19	5.8	18	68	28	72	34	14	16	34	1.89
18637--18737	32	3.1	32	91	1	157	35	13	16	33	1.89
18775--18832	13	4.9	13	70	23	56	27	17	17	37	1.92
18828--18942	52	2.2	52	93	3	196	38	19	16	26	1.92
22201--22240	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
23465--23527	28	2.2	29	83	5	76	31	22	23	22	1.98
23547--23949	159	2.5	156	83	6	474	35	11	24	28	1.90
23547--23949	79	5.1	79	79	7	349	35	11	24	28	1.90
26481--26506	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
27727--27790	22	2.9	21	78	17	67	4	21	0	73	1.01
27747--27775	10	2.7	11	89	10	51	0	17	0	82	0.66
27734--27775	10	4.1	10	79	14	50	2	19	0	78	0.86
28283--28321	18	2.3	17	86	8	53	61	2	7	28	1.37
28144--28693	164	3.3	163	82	6	594	50	9	10	29	1.68
31904--31959	27	2.1	27	100	0	112	37	7	0	55	1.27
33113--33167	29	1.9	29	82	10	69	56	10	9	23	1.62
33582--33635	20	2.7	20	88	2	72	42	9	14	33	1.78
33692--33822	52	2.5	52	88	1	192	29	12	15	43	1.82
35004--35031	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
34984--35049	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
37217--37270	27	2.1	26	83	10	67	27	37	14	20	1.92
42041--42079	20	2.0	20	85	10	53	79	17	0	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43364--43723	31	11.7	30	79	8	334	25	28	15	30	1.96
43364--43723	92	3.9	90	82	8	406	25	28	15	30	1.96
43364--43723	123	2.9	122	86	5	458	25	28	15	30	1.96
43364--43728	154	2.4	153	85	5	477	24	28	15	30	1.96
43737--43799	24	2.5	24	82	7	72	31	23	12	31	1.92
43758--43807	24	2.1	24	88	7	75	26	24	16	34	1.95
43842--44362	33	16.0	33	80	9	552	18	31	13	36	1.90
43784--44369	127	4.6	127	82	9	581	18	31	13	36	1.90
43842--44362	229	2.3	224	85	4	675	18	31	13	36	1.90
43788--44358	94	5.9	93	76	14	368	19	31	14	35	1.91
44204--44325	61	2.0	60	90	4	192	20	31	13	34	1.91
45080--45187	20	5.8	19	74	18	93	26	17	13	41	1.87
45117--45143	13	2.1	13	100	0	54	29	18	14	37	1.91
45097--45166	33	2.1	33	94	0	122	25	18	14	41	1.88
44996--45186	53	3.6	53	73	12	151	28	15	15	40	1.88
47437--47606	79	2.2	76	91	3	268	26	25	14	32	1.95
59523--59561	20	2.0	20	100	0	78	30	15	12	41	1.85
59581--59632	13	3.5	13	73	26	50	34	17	13	34	1.89
63683--63715	3	11.0	3	93	0	57	30	33	0	36	1.58
65218--65271	20	2.7	20	82	0	63	35	14	11	38	1.82
65320--65371	19	2.7	19	85	11	70	38	17	15	28	1.90
66806--66851	3	15.3	3	95	0	83	36	0	32	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71381--71427	20	2.3	20	82	10	51	34	19	2	44	1.62
71418--71442	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
73776--73819	23	2.0	23	86	4	63	40	6	9	43	1.63
73943--73997	19	2.8	20	75	10	51	30	14	16	38	1.89
74029--74053	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
73969--74148	74	2.4	74	91	0	281	36	16	15	31	1.90
74113--74168	20	2.7	21	86	2	78	32	10	17	39	1.84
75699--75754	26	2.1	27	83	9	71	30	5	0	64	1.16
76073--76105	16	2.1	16	94	0	57	51	21	12	15	1.75
76114--76153	16	2.4	17	91	4	64	45	30	12	12	1.79
80307--80347	18	2.4	17	84	15	50	31	0	9	58	1.31
80713--80771	27	2.2	26	82	14	68	57	0	10	32	1.32
81676--81769	32	2.9	32	74	14	95	13	10	28	46	1.77
82941--82968	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
83294--83320	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
87109--87165	29	1.9	29	89	3	87	59	0	1	38	1.08
87091--87165	30	2.5	30	82	2	89	53	1	2	42	1.23
87369--87414	16	2.8	17	74	9	51	50	2	2	45	1.26
87404--87457	23	2.4	23	81	9	58	57	3	1	37	1.27
88001--88047	17	2.8	17	71	12	51	63	4	0	31	1.13
87990--88032	22	1.9	23	85	4	61	58	2	0	39	1.11
88778--88898	13	7.9	13	71	28	80	34	13	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88758--88919	32	5.0	32	98	0	306	34	12	17	35	1.88
88960--88984	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88973--89121	52	2.9	50	89	6	217	33	18	17	30	1.94
94204--94328	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
94204--94352	52	2.9	52	86	4	185	30	18	17	33	1.94
94341--94365	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
94428--94452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
95677--95729	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
95677--95735	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
104492--104517	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
104472--104536	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
105279--105655	49	8.0	49	84	7	492	30	18	26	24	1.98
105234--105655	92	4.4	94	84	8	421	30	18	26	24	1.98
105283--105655	140	2.7	141	91	0	604	30	18	26	24	1.98
105655--105823	32	5.2	33	90	6	274	18	17	36	27	1.94
105648--105815	65	2.6	64	93	5	286	17	18	34	29	1.94
105648--105815	33	5.2	32	90	4	268	17	18	34	29	1.94
105826--106131	34	8.9	34	86	7	415	33	12	33	19	1.89
105806--106137	105	3.2	101	85	9	438	33	11	35	19	1.88
105826--106138	71	4.6	69	85	8	424	34	11	33	19	1.88
105826--106145	134	2.3	140	85	8	426	34	12	33	19	1.89
105838--106138	100	2.9	103	89	5	432	34	11	34	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109736--109790	28	2.0	27	89	10	85	32	18	27	21	1.96
109739--109917	79	2.3	76	92	3	286	34	15	24	25	1.94
112221--112274	20	2.7	20	91	5	83	42	14	16	25	1.87
115827--115873	22	2.1	23	96	4	87	34	0	29	36	1.58
116638--116867	99	2.4	97	76	8	232	26	20	12	40	1.88
116982--117022	21	2.0	21	85	9	57	36	14	19	29	1.92
119338--119423	29	3.0	28	75	12	86	40	3	0	55	1.17
123242--123276	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
123276--123303	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
123916--123949	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87

Tables:   1   2   3