genome.fa.s2057.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2057
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  447875

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 360 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124782--124833	16	3.2	16	86	0	68	34	30	19	15	1.93
124792--124841	16	3.1	16	77	11	57	36	32	18	14	1.90
125940--125980	16	2.6	16	92	0	64	12	12	29	46	1.77
131996--132051	26	2.1	27	83	9	71	64	0	5	30	1.16
133740--133773	17	2.0	17	100	0	68	82	0	5	11	0.83
133779--133835	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
133891--133958	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
133912--133936	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
133893--133955	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
133998--134023	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133978--134044	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
136490--136562	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
136545--136715	51	3.3	51	80	4	207	29	26	11	32	1.91
136376--136715	105	3.2	105	70	12	282	30	26	11	31	1.91
136698--136779	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
140144--140186	21	2.0	22	86	13	63	2	25	0	72	0.97
140550--141431	165	5.3	165	82	5	953	50	8	10	30	1.65
140550--141431	331	2.7	330	81	6	1025	50	8	10	30	1.65
144292--144366	29	2.6	27	79	10	87	52	6	4	37	1.47
148990--149118	20	5.9	20	72	21	107	41	12	16	30	1.85
148945--149118	91	1.9	91	92	2	296	43	12	14	29	1.82
149940--150495	28	19.2	32	79	8	156	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150030--150542	28	18.2	28	82	5	518	23	15	29	30	1.96
150030--150587	56	9.9	56	85	4	599	24	15	29	30	1.96
149979--150587	84	7.1	84	83	6	622	24	16	28	30	1.96
150301--150801	28	18.2	28	81	8	404	26	15	31	27	1.96
150301--150801	55	9.1	56	79	9	367	26	15	31	27	1.96
150752--150815	29	2.3	27	83	5	74	32	15	25	26	1.95
152200--152240	20	2.1	20	90	4	66	12	9	2	75	1.13
159436--159461	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
159510--159583	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
161557--161599	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
162031--162068	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
164149--164179	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
165981--166025	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
168255--168280	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171620--171748	52	2.5	52	94	0	231	28	18	17	34	1.94
171620--171768	52	2.9	51	88	4	219	30	18	18	33	1.94
171757--171781	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171844--171868	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
172842--172920	32	2.5	31	80	11	90	46	11	13	27	1.78
172905--172981	20	3.9	19	76	8	73	41	12	10	35	1.78
172902--172980	40	2.0	39	85	2	104	41	13	10	34	1.79
174807--174851	20	2.2	21	88	4	65	40	8	20	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174819--174858	20	2.0	20	85	0	53	45	7	20	27	1.78
176662--176891	97	2.4	96	79	5	257	26	22	13	38	1.90
179436--179460	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
179448--179500	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
186207--186258	21	2.5	20	84	9	59	19	48	26	5	1.71
189075--189153	29	2.7	29	79	11	81	44	2	0	53	1.14
189269--189368	51	2.0	51	97	0	191	37	12	21	30	1.89
193012--193046	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
193046--193075	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
193371--193430	2	30.5	2	90	9	97	48	1	0	50	1.11
194598--194665	16	4.2	16	79	7	57	38	30	16	14	1.89
194637--194687	16	3.1	16	82	2	57	50	23	7	17	1.72
195690--195740	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
197785--197827	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
198267--198305	13	3.0	13	96	0	69	35	17	15	30	1.91
198354--198425	36	2.0	36	100	0	144	36	11	11	41	1.76
200415--200445	15	2.1	15	93	0	53	19	22	16	41	1.89
204531--204555	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
204508--204574	33	2.1	33	86	8	93	31	13	16	38	1.87
205624--205662	12	3.1	12	85	10	51	30	7	0	61	1.24
205618--205674	13	4.4	13	80	12	64	29	8	0	61	1.26
205618--205663	14	3.5	13	82	11	58	32	6	0	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205618--205679	27	2.4	25	84	13	72	32	8	0	59	1.26
206200--206240	17	2.3	18	84	12	50	56	9	2	31	1.45
206803--206862	16	3.9	15	77	10	59	46	15	13	25	1.81
207842--207895	20	2.7	20	88	11	76	33	18	14	33	1.92
207923--207980	19	3.1	18	88	11	89	32	15	17	34	1.91
208818--208842	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
208830--208882	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
208922--208975	20	2.8	20	88	2	74	35	20	11	33	1.88
210548--210587	3	13.3	3	89	0	62	37	0	32	30	1.58
210762--210808	24	1.9	25	91	4	78	53	14	21	10	1.71
211013--211045	16	2.1	15	94	5	57	51	0	12	36	1.39
214913--214938	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
215140--215178	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
217414--217438	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
217523--217586	33	2.0	32	87	3	92	37	20	9	32	1.85
221413--221464	16	3.2	16	86	0	68	19	15	23	42	1.89
221810--221862	26	2.0	27	82	10	65	62	1	3	32	1.24
228166--228609	79	5.7	79	79	4	420	28	20	11	38	1.88
229918--229969	12	4.7	11	79	13	54	7	23	0	69	1.14
229922--229963	21	2.0	21	86	9	59	2	26	0	71	0.98
230325--231330	167	6.1	163	79	9	899	51	8	9	30	1.64
231488--232181	167	4.3	163	80	11	748	50	8	10	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230559--232390	914	2.0	914	97	0	3452	49	9	10	30	1.67
233955--233989	11	3.3	11	92	4	54	60	5	0	34	1.21
237946--237985	20	2.0	21	90	5	64	42	10	17	30	1.82
237956--237997	20	2.1	20	86	0	57	45	7	19	28	1.76
239763--239799	10	3.6	10	96	3	65	35	10	0	54	1.36
240298--240479	99	1.9	100	89	5	291	29	20	9	40	1.83
240298--240547	99	2.5	99	81	5	238	27	23	12	36	1.91
241455--241488	2	16.0	2	88	11	50	47	5	0	47	1.26
244992--245022	13	2.5	13	94	5	55	41	12	16	29	1.85
245841--245915	19	3.8	19	82	6	105	34	12	17	36	1.87
245862--245936	21	3.7	21	82	7	109	34	13	18	33	1.90
245843--245936	40	2.3	40	100	0	188	34	12	18	35	1.88
245981--246011	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
252186--252214	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
254043--254077	18	1.9	18	94	0	61	54	0	37	8	1.31
254650--254745	20	4.8	19	79	12	88	34	15	17	32	1.92
254672--254745	19	3.7	20	83	8	80	31	16	17	35	1.92
254775--254827	20	2.7	19	88	11	72	37	11	18	32	1.87
255905--255930	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
255886--255950	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
262560--262602	20	2.1	20	82	4	50	16	41	30	11	1.83
264700--264725	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264681--264745	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
265663--265848	49	3.7	49	81	2	201	31	15	27	25	1.95
265801--265972	61	2.8	61	81	3	202	39	12	23	23	1.90
265914--266103	52	3.7	51	73	13	131	38	14	22	24	1.91
266032--266273	49	4.8	49	77	9	202	33	17	25	23	1.97
266003--266275	101	2.7	101	81	8	306	34	16	24	23	1.95
266004--266273	52	5.3	49	75	10	204	34	17	24	23	1.95
266282--266383	32	3.2	32	82	0	132	21	17	29	31	1.96
267930--267968	17	2.5	15	84	12	51	0	2	15	82	0.79
267930--267968	13	3.1	12	88	7	51	0	2	15	82	0.79

Tables:   1   2   3