genome.fa.s214.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold214
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  304316

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073--2164	46	2.0	46	91	4	150	10	25	35	28	1.89
2526--2575	19	2.4	21	83	9	59	36	0	0	64	0.94
2536--2581	17	2.7	16	83	12	56	36	0	0	63	0.95
2964--3019	20	2.7	19	76	13	58	42	0	0	57	0.99
3017--3085	24	2.8	24	77	10	86	44	0	0	55	0.99
2963--3085	49	2.5	51	83	8	150	43	0	0	56	0.99
3014--3091	25	3.2	25	76	16	92	46	0	0	53	1.00
3059--3108	19	2.8	17	77	14	55	50	0	0	50	1.00
3212--3304	28	3.6	25	74	18	84	58	1	0	40	1.05
3257--3326	15	4.8	15	72	12	56	54	0	1	44	1.09
3299--3360	20	3.3	19	70	19	58	54	0	1	43	1.09
3425--3449	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
4059--4094	18	1.9	19	94	5	65	86	0	2	11	0.68
4766--4846	38	2.1	38	93	0	135	18	22	8	50	1.74
6603--6635	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
6725--6756	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
7407--7464	24	2.5	23	83	10	66	56	1	0	41	1.09
7523--7578	16	3.4	17	74	16	55	37	1	0	60	1.07
7523--7560	20	1.9	20	89	10	60	36	0	0	63	0.95
7598--7652	19	2.8	19	83	8	58	49	0	0	50	1.00
7838--7862	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
7942--7973	14	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8531--8591	24	2.4	26	78	13	74	27	1	1	68	1.08
8551--8606	22	2.5	22	82	11	60	25	0	3	71	1.02
12247--12768	165	3.2	163	79	7	568	31	10	8	50	1.66
12247--12827	166	3.5	163	76	9	559	31	10	7	50	1.66
14790--15455	155	4.4	151	75	8	537	24	15	20	40	1.90
14800--15761	155	6.3	152	75	9	518	24	16	20	38	1.92
14741--15776	154	6.8	153	75	8	664	24	16	19	38	1.92
15384--15820	147	2.9	152	83	7	480	26	19	19	34	1.96
15526--15820	158	1.9	158	90	1	475	25	20	19	34	1.96
18427--18764	75	4.5	75	94	0	568	39	21	7	30	1.82
18457--18725	36	7.2	36	70	12	193	39	22	6	31	1.80
18565--18755	36	5.1	36	64	22	99	39	23	7	29	1.82
18493--18766	39	7.3	37	66	16	152	40	22	7	29	1.82
19028--19085	27	2.1	27	93	0	98	29	0	44	25	1.54
20738--20780	15	2.9	15	79	6	52	39	23	0	37	1.55
21005--21045	21	2.0	21	90	0	64	39	0	36	24	1.56
22589--22647	21	2.8	21	89	7	93	47	0	0	52	1.00
24896--24944	9	5.3	9	79	11	55	24	0	0	75	0.80
24890--24934	17	2.8	16	87	12	65	26	0	0	73	0.84
24910--24949	20	2.0	20	90	0	62	27	0	2	70	1.01
24890--24934	8	5.5	8	89	10	65	26	0	0	73	0.84
24890--24951	8	8.4	7	81	15	56	25	0	1	72	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24903--24963	28	2.1	29	84	3	79	24	1	3	70	1.11
25170--25204	12	2.9	12	91	0	52	28	0	8	62	1.24
27094--27133	3	13.7	3	89	5	64	65	0	32	2	1.06
27705--27758	20	3.0	17	86	8	63	50	0	5	44	1.25
27700--27740	20	2.0	20	100	0	82	51	0	4	43	1.23
30901--30971	30	2.4	30	79	6	83	49	1	0	49	1.09
30963--31012	16	3.1	16	72	27	52	38	0	2	60	1.09
31387--31422	18	1.9	19	88	5	56	41	0	5	52	1.24
36693--36898	102	2.0	102	100	0	412	38	16	20	23	1.93
37033--37061	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
38270--38310	18	2.2	18	86	4	55	46	9	4	39	1.58
38381--38427	2	23.5	2	95	0	85	53	0	0	46	1.00
38898--38958	23	2.7	23	94	0	104	45	21	18	14	1.84
42756--42782	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
44198--44298	16	6.3	16	69	13	73	40	24	15	18	1.90
44198--44283	32	2.7	32	82	10	104	40	24	15	19	1.90
44206--44299	48	2.0	48	82	0	116	41	23	15	19	1.90
44356--44415	21	2.8	20	80	7	57	51	0	5	43	1.23
45289--45331	15	2.8	16	75	7	52	41	32	9	16	1.80
45259--45371	53	2.1	54	83	4	140	38	28	11	21	1.88
45344--45455	16	7.0	16	78	4	118	41	33	16	8	1.79
45344--45455	48	2.3	47	83	7	136	41	33	16	8	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45473--45512	15	2.7	15	84	0	53	52	32	2	12	1.52
47161--47187	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
47172--47228	19	2.9	19	82	5	69	29	14	19	36	1.91
47168--47227	20	3.0	20	78	4	68	30	13	20	36	1.90
47277--47325	13	4.2	13	70	24	54	32	12	20	34	1.90
47256--47325	34	2.1	33	89	7	106	32	11	21	34	1.89
48909--48937	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
55377--55423	21	2.4	19	89	7	67	27	4	19	48	1.67
55378--55423	19	2.3	21	88	7	69	28	4	19	47	1.68
56187--56246	20	3.0	20	82	4	77	31	11	18	38	1.87
56296--56321	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56275--56344	34	2.1	33	86	7	97	34	11	20	34	1.88
59929--60003	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
59926--60003	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
60565--61742	28	41.0	28	84	7	773	24	16	30	27	1.97
60560--61742	55	20.6	58	83	8	814	24	16	30	27	1.97
60567--61268	147	4.7	147	90	3	1002	21	18	30	29	1.97
70067--70138	20	3.6	19	77	7	81	40	12	13	33	1.83
71570--71600	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
73440--73538	22	4.5	21	68	21	69	36	1	2	60	1.15
73529--73572	22	2.0	21	82	4	52	50	0	2	47	1.13
74404--74435	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74434--74482	3	16.3	3	100	0	98	0	0	32	67	0.91
74824--74871	25	2.0	25	91	4	80	60	16	2	20	1.46
84567--84601	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
86717--86813	36	3.0	32	79	11	92	29	24	12	32	1.92
87356--87426	20	3.6	20	83	12	85	38	14	15	32	1.87
88368--88416	20	2.5	20	80	6	55	38	12	20	28	1.89
88981--89018	13	2.9	13	84	0	58	36	7	15	39	1.77
90522--90561	21	1.9	21	89	0	62	20	20	2	57	1.52
90528--90571	21	2.1	21	91	8	72	20	15	2	61	1.45
92672--92725	26	2.1	26	92	0	90	37	12	14	35	1.85
92883--92920	20	2.1	18	85	14	51	36	10	10	42	1.74
93991--94023	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
95303--95347	21	2.1	21	83	0	54	48	0	2	48	1.13
95787--95887	36	2.9	35	78	8	107	39	9	7	42	1.67
95788--95864	18	4.3	18	80	6	84	41	11	7	38	1.71
95796--95872	18	4.3	18	80	6	84	40	9	6	44	1.62
98680--98786	36	3.0	36	80	5	126	39	9	8	42	1.67
98668--98787	18	6.8	18	75	9	95	39	10	8	42	1.69
100562--100615	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
100607--100666	17	3.8	17	76	14	65	40	1	1	56	1.19
100605--100667	31	2.1	30	90	3	99	41	1	1	55	1.19
100725--100753	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101591--101630	18	2.2	19	86	4	55	57	0	0	42	0.98
102141--102194	16	3.3	16	80	19	67	46	0	0	53	1.00
102121--102194	32	2.3	32	86	9	98	48	1	0	50	1.09
109025--109068	2	22.0	2	95	0	79	47	0	52	0	1.00
117369--117454	44	1.9	45	86	6	122	55	11	9	23	1.64
120034--120224	99	1.9	100	92	1	321	34	12	9	42	1.76
121031--121094	32	2.0	31	90	3	101	35	21	4	37	1.75
122075--122131	20	3.0	20	79	5	64	59	0	1	38	1.08
122227--122279	20	2.8	18	78	13	61	33	3	1	60	1.26
123329--123391	34	1.9	32	87	6	90	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4