genome.fa.s214.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold214
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  304316

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221840--221870	15	2.1	15	94	5	55	45	0	0	54	0.99
221823--221867	24	2.0	22	91	8	72	42	0	0	57	0.98
221795--221867	37	1.9	39	86	5	105	41	2	1	54	1.23
221825--221879	24	2.4	22	79	11	56	47	1	0	50	1.11
221912--221971	31	2.0	29	84	12	77	46	3	3	46	1.35
222377--222417	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
222878--222918	18	2.4	17	88	8	64	24	7	0	68	1.15
223556--223629	28	2.5	30	80	8	73	60	6	1	31	1.31
223587--223625	14	2.9	14	84	3	53	61	5	0	33	1.18
224159--224201	7	6.0	7	81	5	50	44	0	0	55	0.99
224159--224201	22	2.0	21	95	4	77	44	0	0	55	0.99
224583--224623	16	2.6	17	85	11	52	51	0	0	48	1.00
224579--224617	18	2.2	18	86	9	53	53	0	0	46	1.00
225018--225050	17	1.9	18	88	11	52	42	6	0	51	1.26
225439--225480	22	1.9	22	85	0	57	45	0	2	52	1.13
226842--226868	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
227008--227040	8	4.2	8	84	7	50	30	0	0	69	0.88
227407--227439	16	2.1	17	88	11	52	81	6	3	9	0.95
228886--228929	2	21.5	2	82	13	54	50	0	4	45	1.22
228917--228986	22	3.2	21	78	15	72	50	0	1	48	1.09
228946--229011	20	3.5	19	80	14	66	48	0	0	51	1.00
232974--233053	39	2.1	39	95	0	142	41	6	22	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234637--234703	11	6.5	11	72	20	56	40	0	0	59	0.97
234642--234732	45	2.0	45	87	10	132	41	0	1	57	1.06
234694--234735	19	2.2	19	86	4	57	45	0	2	52	1.13
234758--234817	31	1.9	31	83	6	77	40	3	0	56	1.16
234753--234842	36	2.5	36	80	7	94	38	2	2	56	1.24
235067--235257	71	2.7	71	94	1	321	39	10	4	45	1.58
236807--236843	13	2.8	14	80	12	51	37	8	0	54	1.30
238790--238847	20	2.8	21	72	27	61	22	3	8	65	1.36
238837--238880	15	3.0	15	83	12	56	31	2	0	65	1.05
239233--239269	19	1.9	19	94	0	65	45	0	10	43	1.39
239241--239278	19	2.1	19	85	5	51	47	2	13	36	1.56
240652--240685	11	3.0	11	86	4	50	38	0	2	58	1.13
242317--242478	50	3.2	50	87	0	234	33	16	17	31	1.93
246893--247038	50	3.0	48	82	8	156	34	19	16	29	1.93
246932--247049	50	2.4	50	85	2	157	39	14	14	31	1.86
249421--249458	9	4.3	9	81	18	53	78	2	0	18	0.86
250289--250317	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
250452--250497	24	1.9	24	86	0	65	67	8	2	21	1.29
253634--253719	16	5.4	16	84	0	82	55	6	4	32	1.47
253634--253719	32	2.7	32	77	0	91	55	6	4	32	1.47
254311--254366	3	19.7	3	73	23	50	32	0	0	67	0.91
254316--254367	14	3.7	14	80	14	63	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254313--254366	17	3.4	17	78	19	62	31	0	0	68	0.90
254311--254367	20	2.7	22	78	10	66	33	0	0	66	0.92
254315--254385	28	2.6	29	84	6	85	33	0	0	66	0.92
254318--254374	17	3.2	17	77	7	60	31	0	0	68	0.90
254357--254408	18	2.8	18	71	23	54	38	0	3	57	1.17
254319--254438	37	3.1	36	69	21	82	34	0	1	63	1.10
257697--257739	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
258917--258942	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
266901--266958	13	4.4	13	75	12	55	36	0	5	58	1.20
268535--268579	21	2.1	21	83	0	54	40	2	2	55	1.24
269009--269104	46	2.1	45	80	1	102	46	8	6	38	1.59
269118--269253	46	3.0	46	84	0	164	47	8	5	38	1.58
270194--270274	29	2.7	29	77	11	92	49	11	6	33	1.63
270289--270399	29	3.8	30	74	12	97	54	9	4	31	1.51
270276--270399	58	2.2	58	81	7	137	53	9	4	32	1.55
270453--270543	27	3.1	28	69	23	71	53	5	5	35	1.47
270739--270777	12	3.3	12	83	16	55	5	10	0	84	0.76
270733--270779	21	2.2	21	88	7	69	4	14	0	80	0.85
270739--270782	12	3.5	12	84	6	52	4	11	0	84	0.77
272742--272786	20	2.3	19	88	3	63	35	0	2	62	1.08
273210--273239	12	2.5	12	94	0	51	26	3	0	70	1.03
274148--274215	16	4.2	16	86	1	91	54	7	1	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274148--274263	16	7.2	16	73	4	81	52	8	4	34	1.52
274148--274267	32	3.7	33	80	7	131	51	8	4	35	1.51
274210--274309	48	2.1	46	81	3	110	50	11	6	33	1.62
274407--274467	23	2.5	24	71	7	61	55	9	0	34	1.33
274448--274484	16	2.3	16	90	0	56	59	2	0	37	1.12
279567--279600	15	2.3	15	90	5	52	55	0	0	44	0.99
280477--280773	147	2.0	147	96	2	544	43	9	9	37	1.69
281371--281421	15	3.3	16	78	10	52	49	0	1	49	1.12
281412--281449	17	2.3	18	86	13	55	28	0	0	71	0.87
281430--281495	22	3.0	21	70	12	53	46	0	0	53	1.00
281468--281513	18	2.7	18	77	12	53	54	0	2	43	1.12
281455--281514	16	3.6	17	72	14	54	56	0	1	41	1.09
281815--281875	6	10.2	6	78	0	59	44	0	11	44	1.40
281813--281873	10	6.1	10	79	7	54	42	0	13	44	1.43
281815--281875	4	15.2	4	85	0	59	44	0	11	44	1.40
282348--282402	19	2.8	20	81	5	69	29	9	7	54	1.58
285155--285191	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
285206--285253	13	3.6	14	80	8	55	43	0	0	56	0.99
285232--285265	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
285787--285828	22	1.9	22	85	9	59	45	0	0	54	0.99
285790--285835	21	2.2	20	81	11	58	50	0	0	50	1.00
286423--286449	8	3.4	8	100	0	54	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286438--286481	18	2.4	18	77	7	54	52	0	0	47	1.00
286440--286483	19	2.4	18	77	7	54	52	0	0	47	1.00
286648--286685	21	1.9	21	89	10	62	50	0	0	50	1.00
288762--288809	16	2.7	18	78	15	64	20	0	0	79	0.74
288769--288809	13	3.2	13	82	10	57	19	0	0	80	0.71
289322--289407	14	6.4	14	67	18	58	40	2	0	56	1.12
289322--289407	24	3.8	24	70	23	78	40	2	0	56	1.12
290559--290613	27	2.2	26	80	9	60	40	0	1	58	1.09
290936--290962	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
291749--291789	14	2.6	16	77	18	50	51	4	0	43	1.23
291763--291805	15	2.8	16	78	7	52	53	6	0	39	1.28
291769--291843	38	2.0	38	83	0	96	56	6	0	37	1.26
292534--292564	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
292859--292932	32	2.3	32	76	4	78	43	1	1	54	1.17
294533--294588	22	2.6	22	77	8	62	50	0	0	50	1.00
295295--295342	13	3.6	14	80	8	55	43	0	0	56	0.99
295276--295321	18	2.5	19	74	19	53	36	2	2	58	1.22
295873--295917	21	2.0	23	87	8	67	44	0	2	53	1.13
296264--296330	16	4.2	16	76	5	64	40	17	14	26	1.89
296264--296330	32	2.1	32	82	0	80	40	17	14	26	1.89
297380--297410	16	1.9	16	93	0	53	45	25	12	16	1.83
297367--297486	32	3.8	32	73	5	91	43	25	12	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297421--297490	16	4.4	16	72	15	65	44	24	12	18	1.85
298995--299033	20	2.0	20	85	5	53	58	7	10	23	1.56
299236--299277	22	1.9	22	85	9	59	33	0	11	54	1.37
299994--300074	32	2.6	31	80	7	85	59	0	0	40	0.98
300023--300083	32	1.9	32	83	6	79	59	1	0	39	1.08
300655--300699	23	2.0	23	86	8	65	37	0	0	62	0.96
300659--300707	19	2.6	18	78	15	55	36	0	0	63	0.95
301317--301342	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
303499--303550	18	2.9	18	76	0	50	67	3	0	28	1.08
303519--303555	11	3.2	11	92	7	56	75	0	0	24	0.80

Tables:   1   2   3   4