genome.fa.s216.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  469096

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 351 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--79	39	2.0	39	92	0	131	21	37	5	35	1.76
1646--1806	81	2.0	81	87	0	232	22	27	12	37	1.90
3030--3076	24	2.0	23	88	12	69	34	0	0	65	0.93
3031--3088	23	2.6	20	75	21	53	32	0	0	67	0.91
4376--4503	66	2.0	66	83	9	165	55	1	0	42	1.15
4373--4511	64	2.2	62	79	13	149	56	1	0	41	1.13
4431--4662	117	2.0	114	95	2	419	53	2	1	42	1.23
4652--4736	29	2.9	30	75	13	88	56	0	1	42	1.07
5019--5055	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
8442--8471	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
9779--9927	77	1.9	78	86	4	212	32	9	9	48	1.68
11677--11705	15	1.9	15	100	0	58	20	20	13	44	1.85
23006--23117	52	2.2	52	82	9	131	49	4	0	45	1.28
23076--23116	21	2.0	21	85	0	55	58	0	0	41	0.98
23478--23548	29	2.4	29	90	4	108	50	1	4	43	1.30
23980--24004	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23960--24024	33	2.0	32	88	11	96	35	13	18	32	1.90
26016--26063	15	3.1	15	84	6	60	52	4	12	31	1.58
27671--27748	20	3.9	19	73	8	66	32	11	12	43	1.79
27671--27748	40	2.0	39	85	7	104	32	11	12	43	1.79
41263--41316	10	5.4	10	80	6	56	85	9	3	1	0.80
41262--41306	17	2.6	17	89	10	65	86	11	2	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41265--41293	15	1.9	15	100	0	58	89	10	0	0	0.48
41263--41321	21	2.8	22	82	7	68	84	8	5	1	0.82
42534--43320	29	27.1	29	86	4	1056	28	30	17	23	1.97
42531--43320	57	13.6	57	88	4	1109	28	30	17	23	1.97
42531--43320	115	6.8	114	88	4	1109	28	30	17	23	1.97
43875--43940	20	3.3	19	77	8	69	33	12	12	42	1.79
49823--49889	20	3.7	20	74	25	85	35	14	11	37	1.84
49842--49934	13	7.2	13	70	29	74	34	13	12	38	1.84
49823--49952	33	4.0	33	97	1	228	35	13	12	38	1.83
49823--49985	65	2.5	65	84	8	172	36	14	12	36	1.84
63902--63944	18	2.3	19	92	4	70	83	16	0	0	0.64
65373--65697	29	10.9	29	77	8	212	28	28	16	26	1.96
65373--65715	56	5.7	58	71	12	187	30	28	15	25	1.96
65378--65542	86	1.9	85	86	3	233	29	30	17	23	1.97
65527--65601	35	2.2	35	85	2	107	22	30	10	36	1.88
65592--65743	28	5.3	28	85	5	182	36	28	15	18	1.92
65763--66102	48	7.0	49	84	4	427	24	26	18	30	1.98
65763--66102	149	2.3	145	88	2	493	24	26	18	30	1.98
66858--66885	13	2.2	13	100	0	56	32	7	14	46	1.71
66839--66903	33	2.0	32	90	3	103	35	9	12	43	1.74
66979--67107	52	2.5	52	97	0	240	35	17	18	28	1.93
73922--74001	33	2.4	33	89	0	124	33	17	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74759--74793	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
74782--74832	25	2.0	26	84	3	68	43	0	0	56	0.99
77398--77427	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
81177--81405	79	2.9	78	79	8	257	36	13	21	27	1.92
81281--81518	131	1.8	130	83	5	320	35	13	23	28	1.92
83692--83785	43	2.2	43	82	3	109	34	14	22	28	1.94
83745--84669	52	18.5	49	69	13	267	33	16	24	25	1.96
84091--84177	43	2.0	43	86	0	120	31	17	24	27	1.97
84305--84669	193	1.9	193	87	0	541	32	17	24	25	1.96
84351--84680	95	3.4	95	76	11	330	33	17	24	25	1.96
84748--84906	32	4.9	32	79	3	140	22	18	29	28	1.98
84756--84906	64	2.3	63	80	5	160	22	17	30	29	1.96
85172--85244	13	5.5	13	74	8	58	32	19	15	32	1.92
85172--85250	14	5.9	13	75	8	61	32	18	13	34	1.91
86495--86535	12	3.5	11	90	6	55	2	0	12	85	0.70
86490--86535	11	3.9	11	86	11	56	2	2	10	84	0.79
88283--88396	51	2.2	53	83	7	137	31	8	28	30	1.87
89929--89997	9	7.7	9	75	6	59	14	4	4	76	1.09
101065--101100	15	2.3	16	85	9	56	55	0	0	44	0.99
101111--101158	17	2.5	20	80	12	57	45	0	0	54	0.99
102589--102630	19	2.3	19	88	8	61	40	7	0	52	1.29
103566--103600	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107363--107395	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
107560--107594	17	2.1	17	89	10	54	8	8	5	77	1.13
111886--111921	15	2.3	16	90	4	56	50	2	2	44	1.31
112737--112767	4	8.0	4	92	7	55	22	0	0	77	0.77
115030--115101	29	2.4	30	77	9	76	43	20	1	34	1.61
115236--115287	23	2.3	23	80	6	61	44	0	1	53	1.11
118960--119086	62	2.0	63	93	1	220	38	17	13	30	1.88
120402--120433	6	5.3	6	92	0	55	68	12	0	18	1.20
121228--121264	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
121660--121749	10	8.7	10	72	18	69	63	1	1	34	1.09
121662--121792	38	3.3	37	77	18	106	60	0	0	38	1.08
121710--121788	32	2.4	33	78	17	85	59	1	0	39	1.06
121660--121794	11	12.8	11	68	21	67	60	0	0	37	1.07
123066--123093	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
123343--123371	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
123362--123404	15	2.8	16	78	7	52	34	0	6	58	1.25
124248--124281	16	2.2	16	89	5	52	47	0	0	52	1.00
125591--125621	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
126002--126049	19	2.5	19	96	0	87	33	14	16	35	1.89
126101--126128	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
129692--129739	18	2.8	17	78	9	53	45	0	2	52	1.12
133348--133389	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133888--133930	19	2.1	21	87	8	63	53	2	0	44	1.13
134576--134603	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
135552--135583	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
137481--137527	24	2.0	24	87	4	69	51	2	0	46	1.13
138133--138163	14	2.1	15	94	5	55	64	16	0	19	1.29
140218--140313	38	2.5	38	80	12	99	44	2	2	51	1.25
141661--141731	35	2.1	33	84	10	90	1	32	0	66	1.01
141879--141931	26	2.0	26	82	7	63	35	0	1	62	1.06
142968--143021	21	2.6	21	87	0	72	40	18	7	33	1.78
142964--143036	21	3.5	20	81	5	67	36	17	9	35	1.83
143218--143246	12	2.3	13	94	5	51	48	13	0	37	1.43
148642--148698	13	3.9	13	74	24	51	35	12	17	35	1.87
148629--148722	32	2.9	32	95	1	161	36	10	17	36	1.84
148655--148717	19	3.7	18	72	24	64	33	11	17	38	1.85
148739--148765	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
148752--148900	52	2.8	52	92	1	244	36	18	16	28	1.92
156442--156466	12	2.1	12	100	0	50	28	32	24	16	1.96
160917--160965	21	2.3	21	89	0	71	32	20	26	20	1.97
163653--163686	5	7.0	5	93	6	61	79	20	0	0	0.73
163653--163717	10	6.9	9	84	6	67	81	12	3	3	0.92
167782--167860	21	3.8	21	89	0	104	43	11	7	37	1.69
167722--167975	134	1.9	135	85	2	350	37	14	11	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167916--167976	21	2.9	21	97	0	113	40	18	6	34	1.76
168939--169005	15	4.6	14	70	10	55	31	8	19	40	1.82
168937--169020	29	2.9	28	80	5	87	33	10	19	36	1.86
168931--169052	43	2.8	44	76	4	115	32	12	17	37	1.87
169017--169048	15	2.1	15	94	0	55	28	12	12	46	1.78
168952--169054	14	7.2	14	72	4	71	33	11	17	37	1.86
169066--169115	14	3.6	14	80	0	55	30	14	20	36	1.91
169253--169331	15	5.5	14	73	10	54	27	12	20	39	1.89
169244--169491	43	5.8	42	78	9	155	30	17	17	34	1.94
169271--169331	28	2.1	28	84	3	77	29	13	19	37	1.90

Tables:   1   2   3