genome.fa.s216.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  469096

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 351 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169311--169433	14	8.6	14	74	10	106	30	21	17	30	1.96
169310--169474	14	11.5	15	70	13	57	29	18	18	33	1.95
171433--171466	17	1.9	18	88	5	52	44	2	0	52	1.16
172379--172408	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
172791--172824	7	4.9	7	100	0	68	41	0	0	58	0.98
172859--172929	35	2.0	35	82	15	85	45	0	1	53	1.09
173170--173202	9	3.8	9	84	8	50	33	0	0	66	0.92
173165--173208	16	2.7	16	86	13	63	31	0	0	68	0.90
173176--173253	38	2.0	40	82	9	99	39	0	0	60	0.97
173197--173237	17	2.4	17	84	8	57	36	0	0	63	0.95
173190--173257	21	3.4	21	78	15	65	39	0	0	60	0.97
173166--173257	38	2.4	37	76	16	89	36	0	0	63	0.95
173248--173291	20	2.2	20	80	12	54	54	0	0	45	0.99
173254--173298	19	2.3	20	92	3	74	48	0	0	51	1.00
173568--173632	14	4.6	15	74	12	57	35	1	0	63	1.04
174051--174106	24	2.3	23	82	8	67	35	3	7	53	1.46
174311--174356	11	3.9	12	72	16	51	63	0	2	34	1.07
174326--174377	27	1.9	27	92	0	86	65	1	5	26	1.26
175909--175970	17	3.7	16	72	16	54	8	19	1	70	1.20
176675--176740	35	1.9	34	84	9	89	54	0	0	45	0.99
176981--177035	21	2.7	20	70	25	51	41	0	0	58	0.98
177173--177234	28	2.2	28	85	2	79	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177461--177489	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
180630--180755	31	3.7	33	79	14	132	57	0	0	42	0.99
180613--180792	37	4.9	37	74	15	153	57	0	1	41	1.10
180726--180792	22	3.0	22	72	24	68	56	1	1	40	1.17
180630--180792	75	2.2	71	83	11	197	56	0	0	42	1.08
180776--180824	17	3.1	16	85	5	64	48	0	0	51	1.00
180630--180811	37	5.0	36	68	19	110	54	0	0	43	1.08
182131--182216	32	2.7	33	74	18	83	59	1	0	39	1.05
182192--182242	24	2.1	24	85	7	68	60	7	0	31	1.25
182596--182701	39	2.6	41	74	16	114	41	0	8	49	1.40
183276--183360	36	2.5	32	82	17	86	37	0	1	61	1.04
184291--184331	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
190569--190606	20	1.9	20	94	0	67	26	18	13	42	1.87
196903--196945	21	2.0	21	86	9	59	48	2	0	48	1.14
198043--198120	41	1.9	40	82	7	95	48	0	0	51	1.00
198118--198169	16	3.3	15	81	7	52	57	3	0	38	1.17
198710--198795	8	10.6	8	70	19	54	55	2	1	40	1.20
198753--198803	9	5.4	10	79	15	56	62	0	0	37	0.95
198752--198808	27	2.1	27	87	6	80	61	1	0	36	1.07
199369--199414	20	2.2	21	80	3	58	54	0	2	43	1.12
199814--199863	21	2.3	22	83	13	68	46	0	0	54	1.00
199805--199878	12	6.2	12	72	22	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204037--204078	11	3.7	11	87	12	59	35	7	4	52	1.50
205120--205169	23	2.3	23	86	6	68	48	2	0	50	1.12
206262--206339	41	1.9	40	82	7	95	48	0	0	51	1.00
206337--206388	16	3.3	15	81	7	52	57	3	0	38	1.17
206538--206578	19	2.2	19	90	0	64	19	4	0	75	0.98
206998--207055	27	2.1	28	84	9	75	62	1	0	36	1.06
207619--207663	20	2.2	20	84	0	63	53	0	2	44	1.13
208063--208112	21	2.3	22	83	13	68	46	0	0	54	1.00
208054--208127	12	6.2	12	72	22	50	48	0	0	51	1.00
212293--212334	11	3.7	11	87	12	59	35	7	4	52	1.50
213377--213419	21	2.0	21	86	9	59	48	2	0	48	1.14
214520--214597	41	1.9	40	82	7	95	48	0	0	51	1.00
214595--214646	16	3.3	15	81	7	52	57	3	0	38	1.17
214796--214835	19	2.1	19	90	0	62	20	5	0	75	0.99
215255--215312	27	2.1	28	84	9	75	62	1	0	36	1.06
215873--215918	20	2.2	21	80	3	58	54	0	2	43	1.12
216318--216367	21	2.3	22	83	13	68	46	0	0	54	1.00
216309--216382	12	6.2	12	72	22	50	48	0	0	51	1.00
217355--217380	10	2.6	10	100	0	52	92	7	0	0	0.39
220546--220587	11	3.7	11	87	12	59	35	7	4	52	1.50
221629--221678	23	2.3	23	86	6	68	48	2	0	50	1.12
222772--222849	41	1.9	40	82	7	95	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222847--222898	16	3.3	15	81	7	52	57	3	0	38	1.17
223048--223086	17	2.3	17	90	0	60	20	5	0	74	1.01
223049--223094	17	2.8	17	71	15	51	26	4	0	69	1.07
223506--223563	27	2.1	28	84	9	75	62	1	0	36	1.06
224124--224169	20	2.2	21	80	3	58	54	0	2	43	1.12
228677--229295	316	1.9	316	83	5	793	38	17	14	29	1.90
229926--230007	12	6.7	12	70	13	51	32	0	1	65	1.00
231124--231151	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
231383--231436	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
232358--232406	20	2.5	20	83	3	64	55	0	2	42	1.11
235917--235974	20	2.9	19	82	7	71	39	13	12	34	1.82
236348--236477	49	2.8	45	79	6	134	29	20	28	21	1.98
236502--237289	32	26.2	32	85	6	694	20	17	31	30	1.95
236591--237309	86	8.1	86	87	5	811	20	17	32	30	1.95
236591--237327	29	24.8	29	86	4	722	20	17	31	30	1.96
236910--238190	27	46.2	27	88	2	1385	27	14	32	25	1.95
237264--238190	191	4.9	191	91	1	1439	28	14	33	23	1.94
246621--246678	20	2.9	19	82	7	71	39	13	12	34	1.82
248689--248720	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
249802--249842	20	2.1	20	90	4	66	48	0	0	51	1.00
249796--249843	19	2.5	19	83	10	62	45	0	2	52	1.12
249841--249908	20	3.4	19	74	10	55	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251352--251419	33	2.0	33	82	5	82	42	1	1	54	1.18
252583--252615	17	1.9	17	93	0	57	57	9	9	24	1.58
254824--254859	18	2.0	18	89	10	56	55	0	5	38	1.23
256955--256994	18	2.4	17	87	8	55	60	27	0	12	1.33
258205--258272	12	5.7	12	79	6	75	29	2	36	30	1.72
258201--258284	36	2.3	36	85	4	116	30	2	35	30	1.71
264507--265162	49	13.9	49	78	10	607	31	17	25	24	1.97
264883--265159	48	5.9	48	78	11	252	30	16	26	26	1.97
264795--264965	88	2.0	87	86	5	238	29	19	26	25	1.98
264599--265151	135	4.0	136	85	5	594	31	18	25	24	1.98
264931--265098	87	1.9	87	86	2	239	29	17	26	27	1.97
265018--265159	51	2.9	48	83	5	167	30	16	26	26	1.97
265156--265281	34	3.8	33	79	7	94	34	14	33	18	1.91
265188--265301	34	3.4	33	81	7	124	35	14	34	16	1.89
265188--265316	34	3.8	34	79	8	113	31	13	34	20	1.92
265292--265431	28	5.1	27	89	5	201	20	17	30	31	1.96
266867--266944	28	2.8	29	85	14	110	3	0	11	84	0.74
266867--266941	27	2.8	25	81	15	87	4	0	10	85	0.73
266867--266944	8	9.6	8	75	17	63	3	0	11	84	0.74
266884--266938	19	2.8	19	86	13	69	5	0	9	85	0.74
266867--266943	25	3.1	24	81	12	93	3	0	10	85	0.71
266879--266943	1	65.0	1	75	0	58	4	0	7	87	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271756--272493	101	7.4	101	86	6	875	33	18	25	22	1.97
271757--272493	52	14.7	52	82	8	879	33	18	25	22	1.97
272257--272521	43	5.7	43	75	15	196	33	19	24	22	1.97
271756--272493	49	14.8	49	80	8	584	33	18	25	22	1.97
272542--272625	28	2.9	29	80	10	91	17	16	28	36	1.92
272637--272690	27	2.0	27	96	0	99	31	14	31	22	1.94
272657--272760	34	3.0	33	79	8	109	38	11	31	18	1.86
272724--272874	31	5.0	29	81	10	153	29	15	31	23	1.95
272740--272875	31	4.5	30	83	9	170	27	16	31	25	1.96
272740--272881	61	2.3	62	82	12	188	29	15	30	23	1.95

Tables:   1   2   3