genome.fa.s217.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold217
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  207949

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 144 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1306--1358	17	3.0	17	75	8	61	35	15	16	32	1.90
3509--3994	78	6.1	81	78	7	448	36	9	23	31	1.87
5973--6016	22	2.0	22	82	8	54	50	34	0	15	1.45
8217--8274	21	2.8	21	81	0	71	43	10	10	36	1.73
10302--10354	19	2.7	20	91	2	81	24	18	18	37	1.94
10400--10569	72	2.5	67	87	9	233	37	13	15	34	1.86
12488--12546	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
12817--12842	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
12797--12860	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
15409--15446	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
21289--21347	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
21618--21643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
21598--21661	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
22606--22654	24	2.0	24	88	7	73	73	0	24	2	0.94
22606--22654	12	4.1	12	85	15	66	73	0	24	2	0.94
24341--24550	97	2.2	97	94	0	366	28	30	13	28	1.94
32387--32558	87	2.0	87	92	0	290	30	20	23	25	1.98
32338--32698	136	2.7	135	87	2	490	32	19	23	24	1.97
32474--32602	48	2.7	48	91	1	204	33	19	23	24	1.97
32694--33221	34	16.3	32	74	14	356	36	13	29	20	1.91
32828--33017	61	3.0	61	81	4	236	36	12	30	21	1.90
32694--33160	128	3.7	126	77	12	413	36	13	30	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32780--33113	94	3.5	94	78	7	327	36	13	29	20	1.91
32988--33173	61	3.1	61	87	3	277	36	13	29	20	1.91
33087--33140	27	2.0	27	88	0	81	24	14	37	24	1.93
33141--33559	127	3.3	126	79	9	399	36	14	26	22	1.93
33173--33564	62	6.2	63	78	10	331	35	14	26	22	1.93
33243--33551	95	3.2	94	87	5	381	34	15	26	23	1.95
33115--33564	33	14.0	33	77	13	345	35	14	26	22	1.93
34828--34892	25	2.6	25	83	11	80	1	4	10	83	0.87
34854--34906	25	2.2	24	82	3	61	3	9	11	75	1.16
41940--41993	21	2.7	19	69	8	54	31	14	12	40	1.84
43086--43207	62	2.0	62	95	0	217	22	30	14	31	1.94
43888--43928	21	2.0	21	100	0	82	46	9	9	34	1.70
46843--46970	43	3.2	42	63	28	107	26	15	25	32	1.96
46818--46993	76	2.3	76	97	1	327	28	16	23	31	1.96
46959--47016	19	3.1	18	85	11	80	32	17	17	32	1.93
47568--47604	18	2.0	19	89	5	58	35	8	10	45	1.69
49692--49733	20	2.1	20	86	8	59	59	19	0	21	1.38
55002--55447	225	2.0	224	88	2	671	33	16	19	30	1.94
55891--55957	33	2.0	33	85	5	91	38	16	11	32	1.85
55911--55941	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
55986--56034	20	2.5	20	86	3	64	34	18	18	28	1.94
58523--58548	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58675--58727	20	2.7	20	75	21	58	52	16	3	26	1.61
63075--63109	18	1.9	18	94	0	61	25	28	5	40	1.78
64691--64759	33	2.1	33	86	5	95	40	15	11	31	1.84
65716--65767	20	2.7	19	82	11	70	36	15	13	34	1.87
67995--68019	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71168--71194	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
71178--71234	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
71263--71331	34	2.1	32	86	10	95	34	13	18	33	1.90
71280--71468	86	2.2	86	100	0	378	35	15	15	32	1.89
73003--73030	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
78618--78644	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
78628--78684	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
78713--78762	13	4.2	13	71	23	56	32	12	20	36	1.89
80551--80604	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
84964--85546	164	3.5	164	80	7	443	48	9	11	30	1.71
85063--85711	166	3.9	166	79	5	568	48	10	11	28	1.72
89263--89642	165	2.3	164	80	10	391	30	11	9	48	1.71
93530--93580	13	4.2	12	80	9	59	74	0	25	0	0.82
93530--93560	15	2.1	14	94	5	53	83	0	16	0	0.64
93531--93590	24	2.5	24	80	0	75	73	0	25	1	0.93
95280--95974	97	7.3	97	87	3	1005	30	27	11	29	1.92
95282--95974	191	3.6	191	94	1	1138	30	27	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95286--95974	288	2.4	285	88	3	1010	30	27	11	29	1.92
106001--106077	20	3.8	20	79	6	93	32	19	10	37	1.86
106044--106176	51	2.6	51	89	0	203	29	20	8	42	1.81
106143--106196	20	2.7	20	88	5	74	33	14	14	37	1.88
118727--118753	13	2.1	13	100	0	54	44	18	14	22	1.86
119262--119351	1	90.0	1	76	0	63	85	10	3	1	0.76
119290--119350	13	4.6	13	82	8	70	86	9	3	0	0.67
119262--119351	36	2.5	36	84	7	112	85	10	3	1	0.76
120102--120170	33	2.1	33	86	5	95	37	20	10	31	1.86
120199--120271	20	3.7	19	87	7	85	38	19	15	27	1.91
120796--120902	22	4.9	22	85	0	124	24	29	7	38	1.83
120796--120902	44	2.4	44	85	0	142	24	29	7	38	1.83
127475--127590	52	2.2	52	96	0	214	34	13	17	34	1.89
127600--127630	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
127699--127747	19	2.5	20	86	3	64	44	14	10	30	1.78
129233--130161	28	32.6	28	83	4	1040	29	28	17	25	1.97
129232--130161	57	16.3	57	84	3	1042	29	28	17	25	1.97
130151--130222	37	1.9	38	82	2	92	40	23	13	22	1.90
131020--131166	51	2.8	51	92	4	231	27	20	10	40	1.86
136306--136361	17	3.4	16	86	13	78	87	12	0	0	0.54
136306--136361	9	6.9	8	82	17	71	87	12	0	0	0.54
136306--136361	24	2.3	24	96	3	103	87	12	0	0	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136307--136350	7	5.9	7	89	10	61	88	11	0	0	0.51
137564--137625	27	2.4	27	86	5	83	38	12	12	35	1.82
137633--138133	29	17.6	29	83	4	486	31	28	16	24	1.96
137640--138112	57	8.3	57	84	4	523	31	27	16	23	1.96
139591--139637	11	4.2	11	81	10	51	74	0	25	0	0.82
141340--141670	97	3.4	97	94	0	545	29	29	12	28	1.94
144644--144715	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
144456--144689	80	2.9	78	80	6	272	31	14	27	26	1.95
144704--144800	51	1.9	51	84	0	131	34	8	25	31	1.86
144702--144819	51	2.3	50	78	4	128	32	12	25	29	1.93
144755--144979	80	2.8	80	83	2	274	30	13	26	29	1.94
144913--145097	51	3.6	50	87	7	255	32	11	25	29	1.91
147425--147474	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
148429--149007	55	10.4	54	84	7	673	23	22	27	26	2.00
148313--149007	110	6.2	110	82	7	731	24	22	26	26	2.00
148305--149199	274	3.2	273	79	12	904	25	21	26	25	2.00
148817--149199	211	1.8	211	91	2	644	26	21	26	25	1.99
149026--149197	55	3.0	55	84	11	220	27	21	25	25	1.99
149030--149233	62	3.4	61	86	6	262	28	21	25	25	1.99
150184--150257	1	74.0	1	78	0	76	0	0	10	89	0.49
150184--150258	10	7.9	10	84	10	104	0	0	12	88	0.53
150184--150255	18	3.9	18	91	7	117	0	0	11	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150184--150256	38	1.9	38	97	0	137	0	0	10	89	0.50
150184--150256	19	3.9	18	87	8	103	0	0	10	89	0.50
158114--158148	14	2.4	15	90	4	54	54	14	8	22	1.67
160688--160830	73	2.0	73	94	0	250	34	11	24	28	1.91
162454--162489	13	2.8	13	91	0	54	36	13	16	33	1.89
163079--163125	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
165896--166033	73	1.9	73	89	3	215	34	10	23	32	1.88
168321--168598	149	1.9	149	85	2	389	22	17	19	40	1.92
172719--172757	18	2.0	21	85	14	57	58	10	12	17	1.61
173639--173713	30	2.5	30	95	0	132	45	12	17	25	1.82

Tables:   1   2