genome.fa.s219.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold219
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  770726

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357--402	24	1.9	25	82	8	60	30	2	2	65	1.16
1263--1302	17	2.4	16	87	4	53	55	2	0	42	1.13
2153--2196	20	2.2	20	84	8	54	47	4	4	43	1.44
2199--2241	15	2.8	16	79	10	54	48	0	0	51	1.00
5639--5688	20	2.5	20	80	0	64	78	0	20	2	0.86
6696--6908	105	2.0	105	100	0	426	29	18	15	36	1.91
10186--10225	15	2.7	15	100	0	80	32	42	7	17	1.77
12234--12314	36	2.3	35	81	10	85	72	9	12	4	1.25
13642--14729	27	40.0	27	91	2	1718	22	34	14	28	1.93
13642--14729	82	13.3	81	91	2	1718	22	34	14	28	1.93
14319--14363	23	2.0	23	91	4	74	26	31	13	28	1.94
14721--15025	32	9.6	32	93	0	495	31	33	18	16	1.94
27222--27346	52	2.4	52	95	0	223	27	18	19	35	1.95
27222--27366	52	2.8	52	88	6	215	29	17	19	33	1.94
27355--27379	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27441--27465	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27420--27485	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
28208--28746	49	10.3	53	74	13	158	35	15	24	24	1.94
28353--28839	49	10.0	49	81	8	523	33	17	24	24	1.96
28405--28839	92	4.5	94	82	10	465	33	17	24	24	1.96
28352--28839	193	2.5	189	84	7	588	34	17	24	24	1.96
28841--28904	32	2.0	33	93	3	112	20	17	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28913--29475	32	17.7	32	76	12	258	33	14	31	20	1.93
28971--29544	31	18.0	31	78	12	264	32	14	31	21	1.93
28934--29507	100	5.9	98	77	13	365	33	14	31	20	1.93
29301--29538	31	7.6	30	90	7	311	29	16	29	23	1.97
28914--29538	63	9.8	64	78	12	367	32	14	31	21	1.93
29301--29541	125	1.9	126	92	4	407	30	16	29	23	1.96
30821--30869	19	2.6	19	83	6	55	6	8	16	69	1.33
35663--35783	51	2.3	52	85	4	156	34	14	24	26	1.93
35715--36064	79	4.4	79	94	0	601	32	14	25	26	1.95
37282--37480	27	7.1	27	84	10	258	17	30	6	45	1.72
37342--37480	53	2.6	54	96	1	253	17	30	5	46	1.71
37355--37495	27	5.2	27	72	18	116	15	28	6	49	1.69
37494--37827	170	2.0	171	91	1	546	35	17	12	33	1.88
38439--38578	37	3.8	37	89	1	199	40	15	22	22	1.91
38439--38578	75	1.9	74	86	1	199	40	15	22	22	1.91
38754--38949	61	3.3	60	80	10	226	26	21	26	26	1.99
38970--39265	55	5.3	55	82	10	343	25	21	26	26	2.00
39110--39191	27	3.0	27	60	3	65	24	21	25	28	1.99
39187--39269	26	3.2	26	70	21	82	31	21	20	26	1.98
39289--39421	56	2.4	54	88	5	194	22	21	30	26	1.99
39345--39590	99	2.5	99	89	5	371	24	19	32	24	1.98
39196--39669	249	1.9	241	89	5	727	25	19	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39536--39723	55	3.5	55	94	2	319	21	20	29	27	1.98
39584--39669	26	3.2	26	66	15	75	24	18	31	25	1.98
39437--39877	203	2.1	205	90	7	683	23	19	31	25	1.98
39739--39849	55	2.0	55	94	3	197	23	19	29	27	1.98
39645--39818	94	1.8	95	92	3	298	23	19	31	25	1.98
39794--39979	100	1.9	100	93	2	320	24	18	32	24	1.97
46059--46179	51	2.4	51	85	4	154	34	14	23	26	1.94
46111--46460	79	4.4	79	92	0	592	32	14	25	27	1.95
47046--47112	35	1.9	35	96	0	125	17	34	5	41	1.74
47013--47192	62	3.1	62	85	11	254	17	32	6	44	1.73
47021--47219	53	3.6	54	90	6	267	16	31	6	45	1.73
47021--47219	27	7.1	27	86	10	276	16	31	6	45	1.73
47081--47233	80	1.9	81	87	4	229	15	30	7	47	1.73
50734--50852	52	2.3	52	97	0	220	28	17	18	35	1.94
50734--50874	52	2.7	52	87	4	196	30	17	18	34	1.94
50863--50887	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51785--51920	51	2.7	51	84	4	152	44	11	13	30	1.79
55812--56055	79	3.1	78	82	5	294	34	14	24	27	1.94
58488--58563	20	3.8	20	98	0	143	44	14	15	25	1.84
58477--58506	13	2.3	13	94	0	51	40	10	20	30	1.85
62334--62369	16	2.3	16	90	4	56	80	0	11	8	0.90
66536--66669	16	8.4	16	69	4	58	44	8	13	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66511--66590	32	2.5	32	79	2	99	43	8	12	35	1.73
66999--67040	18	2.3	18	87	0	57	47	4	4	42	1.45
67764--67806	14	3.1	14	86	3	61	20	0	16	62	1.32
75253--75745	79	6.3	78	79	9	459	28	23	13	33	1.93
75253--75812	157	3.6	158	80	8	524	28	24	13	34	1.92
75253--75812	79	7.1	78	77	9	403	28	24	13	34	1.92
77808--77868	4	15.2	4	93	6	106	22	1	0	75	0.89
88946--89000	11	4.9	11	80	12	58	74	0	23	1	0.91
88967--89002	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
89092--89163	36	2.0	36	97	0	135	34	11	12	41	1.78
96835--97453	27	23.0	27	87	5	889	23	33	14	28	1.94
97056--97091	18	2.0	18	100	0	72	33	33	5	27	1.80
97436--98185	28	25.1	31	86	5	716	29	34	18	18	1.95
97458--98185	133	6.1	120	82	10	695	29	33	18	18	1.95
97409--98185	257	2.9	263	83	6	841	28	34	18	18	1.95
98782--98856	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
98782--98859	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
108409--108518	56	1.9	56	87	7	159	68	6	6	19	1.34
109358--109413	22	2.5	21	76	21	60	1	25	1	71	1.05
109853--110008	26	5.8	27	76	10	124	44	3	12	39	1.59
109863--109986	26	4.6	26	82	10	126	43	2	11	42	1.53
110033--110073	12	3.3	12	80	6	55	53	2	9	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109992--110074	13	6.3	13	70	10	53	54	6	9	30	1.57
110142--110216	29	2.7	28	83	8	82	48	6	6	38	1.56
110591--110643	14	3.5	14	74	18	52	52	1	0	45	1.11
110591--110641	16	3.2	16	75	10	59	50	1	0	47	1.12
111167--111215	4	12.2	4	83	12	57	77	2	20	0	0.87
111165--111215	20	2.6	19	82	17	68	78	1	19	0	0.85
111267--111389	10	12.2	10	72	16	69	33	1	2	62	1.18
112939--112984	24	2.0	23	82	4	56	32	4	4	58	1.37
113225--113270	17	2.9	15	78	12	56	47	0	2	50	1.13
113225--113265	17	2.6	16	84	7	57	46	0	0	53	1.00
113965--113996	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
114466--114546	33	2.5	33	82	11	89	61	1	0	37	1.04
118393--118443	5	11.0	5	87	8	65	43	1	0	54	1.11
118397--118444	9	5.4	8	85	14	51	43	2	0	54	1.12
118393--118444	18	2.9	18	88	8	79	44	1	0	53	1.11
118393--118456	23	2.8	23	90	4	94	45	1	0	53	1.10
118728--118752	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
119045--119085	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
119676--119729	24	2.3	23	87	9	74	38	0	0	61	0.96
119688--119737	15	3.3	15	76	18	50	40	0	0	60	0.97
120052--120094	23	2.0	22	86	9	61	27	25	11	34	1.91
120842--120878	16	2.2	18	85	9	51	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122204--122245	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
125488--125523	15	2.4	15	90	0	54	36	30	0	33	1.58
126526--126560	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
127451--127490	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
127451--127493	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
128507--128576	27	2.7	26	72	22	65	64	2	0	32	1.08
128507--128610	14	7.7	13	66	18	52	64	2	0	32	1.08
128610--128658	7	6.9	7	82	13	64	0	16	0	83	0.64
128610--128658	18	2.7	18	84	12	73	0	16	0	83	0.64
130158--130189	16	2.0	16	93	0	55	75	0	15	9	1.05

Tables:   1   2   3   4   5