genome.fa.s219.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold219
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  770726

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130586--130630	18	2.4	21	79	20	55	42	6	13	37	1.70
135644--135772	68	1.9	68	88	0	195	32	15	8	43	1.77
137506--137888	185	2.1	185	98	0	748	31	14	11	43	1.80
138564--138649	20	4.3	20	75	8	68	39	15	12	32	1.85
138560--138650	40	2.3	40	88	0	128	38	15	12	34	1.84
138715--138775	21	2.9	22	80	14	83	40	16	11	31	1.84
138715--138772	20	2.8	21	84	10	75	41	17	12	29	1.85
140588--140761	79	2.2	79	86	4	235	31	13	26	28	1.94
140693--140812	51	2.4	51	92	0	204	31	14	25	28	1.94
140426--140838	209	2.0	210	81	6	498	33	13	25	27	1.93
140793--140860	28	2.4	28	95	0	118	22	20	35	22	1.96
140864--141263	55	7.0	56	88	6	508	22	21	30	25	1.99
141118--141206	26	3.3	26	66	14	72	21	19	31	28	1.97
141274--141567	61	5.0	60	85	8	369	24	21	28	25	1.99
141018--141499	265	1.8	258	90	4	770	22	21	29	26	1.99
141073--141472	210	1.9	203	90	6	626	23	21	29	26	1.99
141274--141560	55	5.0	54	82	11	315	24	21	28	26	1.99
149093--149118	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
154007--154047	16	2.6	16	81	14	57	53	4	7	34	1.50
154040--154121	16	5.0	17	70	16	57	51	2	0	46	1.14
154007--154130	32	3.8	32	75	14	87	54	3	2	39	1.29
154399--154432	13	2.6	13	90	9	52	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154809--154845	16	2.4	16	95	4	67	72	0	0	27	0.84
154810--154865	29	1.9	29	85	0	76	66	0	1	32	1.03
156329--156402	5	15.4	5	75	13	57	54	1	1	43	1.17
156386--156456	32	2.1	32	84	7	88	56	0	0	43	0.99
156412--156456	16	2.8	16	75	0	54	62	0	0	37	0.96
156386--156480	35	2.6	34	80	12	93	55	0	0	44	0.99
161159--161413	125	2.0	125	100	0	510	36	16	22	24	1.94
162951--163010	31	1.9	31	86	6	86	36	6	0	56	1.26
163361--163386	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
166354--166515	78	2.1	78	98	0	315	20	20	20	37	1.95
172002--172383	164	2.3	163	80	10	424	36	9	20	32	1.86
171995--172547	162	3.4	159	78	10	491	36	9	21	32	1.86
171931--172547	81	7.6	79	72	12	350	36	9	21	32	1.86
177308--177371	33	2.0	32	87	3	92	40	14	17	28	1.88
179960--180466	257	2.0	257	96	0	924	36	15	18	29	1.92
183525--183749	116	1.9	117	84	7	307	45	3	4	47	1.38
184610--184653	22	2.0	23	81	4	54	56	0	9	34	1.31
184634--184702	22	3.1	22	78	12	77	59	7	5	27	1.47
184670--184715	22	2.1	22	88	4	67	58	4	6	30	1.43
186625--186674	25	2.1	24	85	7	66	46	0	0	54	1.00
187384--187409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
192518--192580	33	1.9	33	83	6	83	41	0	1	57	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198034--198116	20	4.6	19	70	21	63	26	14	16	42	1.87
198065--198116	20	2.7	20	87	3	79	26	15	15	42	1.87
198731--198852	31	3.9	31	82	4	138	31	13	23	31	1.93
200430--200481	21	2.5	20	78	9	59	61	1	23	13	1.42
202784--202850	32	2.1	32	94	0	116	34	25	11	28	1.91
203829--203891	19	3.7	18	70	24	55	33	9	17	39	1.82
203829--203899	32	2.2	32	92	0	115	32	9	18	39	1.83
209862--209959	30	3.2	30	63	23	76	33	17	17	31	1.93
209830--209992	63	2.6	63	100	0	326	34	14	15	34	1.88
210405--210529	31	4.0	31	82	6	135	34	12	21	32	1.90
214640--214679	17	2.3	18	83	12	57	57	0	0	42	0.98
215485--215528	17	2.4	18	81	7	54	50	2	0	47	1.13
215540--215597	19	2.9	20	87	5	73	60	0	0	39	0.97
215571--215656	15	5.3	15	73	15	64	55	1	1	41	1.14
215581--215650	34	1.9	37	83	13	92	52	1	1	44	1.18
216575--216599	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
220268--220305	20	1.9	20	100	0	76	26	13	26	34	1.93
222707--222743	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
223111--223149	13	3.0	13	76	0	51	61	0	0	38	0.96
223317--223358	22	1.9	22	85	9	59	61	7	4	26	1.42
223315--223368	22	2.5	22	74	11	58	62	5	3	27	1.34
224215--224249	17	2.1	17	88	0	52	57	2	5	34	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224652--224709	30	2.1	29	87	12	86	53	0	3	43	1.17
225255--225297	14	3.1	13	83	12	50	25	2	0	72	0.97
226818--226855	20	1.9	20	88	0	58	50	2	0	47	1.15
232080--232105	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
232144--232219	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
232165--232237	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
232144--232237	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
232858--232922	33	2.0	33	100	0	130	44	24	3	27	1.68
234713--234751	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
234737--234815	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
236787--236817	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
240879--240904	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
240943--241018	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
240964--241036	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
240943--241036	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
241732--241792	4	15.2	4	85	0	77	54	19	0	26	1.45
241754--241824	6	11.5	6	83	5	70	52	12	0	35	1.40
241734--241804	32	2.2	32	100	0	142	53	18	0	28	1.45
241734--241824	8	11.4	8	83	0	74	52	14	0	32	1.42
241758--241826	4	17.2	4	84	0	57	52	11	0	36	1.38
242032--242093	31	2.0	31	100	0	124	35	12	3	48	1.58
242161--242202	21	2.0	22	85	4	59	33	11	7	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242269--242347	2	40.0	2	80	12	83	50	1	2	45	1.23
248431--248665	115	2.0	116	97	0	445	31	15	21	32	1.94
255292--255345	21	2.7	20	80	5	63	50	0	0	50	1.00
255330--255382	2	27.0	2	85	11	74	45	1	0	52	1.11
256104--256133	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
257622--257672	18	2.9	17	85	8	66	15	5	5	72	1.24
258549--258587	19	2.1	18	85	4	51	7	10	2	79	1.02
258605--258639	17	2.0	17	88	5	52	22	0	5	71	1.07
260253--260323	27	2.6	28	84	6	92	46	23	5	23	1.74
263160--263208	22	2.2	23	85	3	64	36	4	6	53	1.45
268040--268319	79	3.6	78	74	10	284	25	23	16	35	1.94
281927--282021	19	5.7	18	69	27	75	36	16	10	35	1.84
281919--282021	32	3.2	32	90	0	170	36	17	10	34	1.85
285365--285790	61	7.0	61	82	1	469	26	23	17	32	1.97
285365--285800	183	2.4	182	83	3	541	26	23	17	33	1.96
286408--286463	28	2.0	27	93	3	94	25	16	17	41	1.89
286435--286588	49	3.1	49	81	6	168	28	15	12	42	1.84
288895--289177	79	3.6	77	78	4	296	26	23	12	36	1.91
289083--289271	95	2.0	94	83	8	240	28	23	11	36	1.90
289227--289345	51	2.3	51	92	0	193	26	26	14	33	1.94
289511--289559	23	2.2	22	81	3	53	18	2	12	67	1.32
290249--290294	24	2.0	23	82	4	56	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293684--293822	51	2.7	51	85	3	172	30	16	12	41	1.85
296183--296360	96	1.9	96	97	0	338	31	18	13	36	1.90
298670--298743	20	3.7	20	87	0	103	32	13	13	40	1.84
298544--298726	71	2.5	71	86	4	260	29	15	12	43	1.82
312629--312700	19	3.6	19	77	3	72	83	12	4	0	0.79
313883--314236	28	12.4	29	84	5	431	30	31	17	21	1.96
313883--314287	56	7.0	56	84	4	452	29	30	17	22	1.96
315164--315214	20	2.5	20	80	0	57	31	11	15	41	1.83
315233--315288	20	2.8	20	83	0	76	33	14	14	37	1.86
315150--315318	73	2.4	71	87	4	239	29	16	13	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5