genome.fa.s220.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold220
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3999181

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073361--2073416	26	2.2	26	86	0	76	51	3	3	41	1.36
2078368--2078399	16	2.0	16	93	0	55	31	28	12	28	1.93
2081390--2081421	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
2081325--2081417	48	2.0	45	80	16	100	31	0	3	65	1.08
2081430--2081460	6	5.3	6	92	7	55	67	0	0	32	0.91
2081481--2081527	20	2.3	20	75	13	51	59	4	6	29	1.41
2102913--2102976	25	2.5	26	76	16	71	51	0	0	48	1.00
2102922--2102973	25	2.1	25	89	10	81	53	0	0	46	1.00
2103387--2103488	9	11.3	9	72	21	54	36	0	0	62	1.02
2103430--2103483	21	2.6	21	72	18	58	38	0	0	61	0.96
2103370--2103497	52	2.5	52	80	11	131	35	0	2	61	1.09
2103666--2103700	18	1.9	18	88	11	54	62	2	0	34	1.10
2103677--2103727	23	2.1	24	89	7	77	60	0	0	39	0.97
2103972--2104006	3	11.7	3	87	0	52	60	5	0	34	1.21
2103964--2104006	9	4.8	9	91	5	61	58	4	2	34	1.32
2104430--2104482	22	2.3	22	83	9	61	35	1	0	62	1.06
2104825--2104905	40	2.1	40	84	9	105	65	0	0	34	0.93
2104823--2104917	40	2.4	40	80	7	104	67	0	0	32	0.91
2104865--2104920	14	4.0	14	81	4	60	71	0	0	28	0.86
2105517--2105557	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2105854--2105924	8	8.2	9	76	13	60	60	0	0	39	0.97
2105858--2105900	17	2.6	16	78	10	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105859--2105910	27	1.9	27	96	0	95	65	0	0	34	0.93
2106212--2106268	22	2.8	20	87	10	87	17	12	0	70	1.17
2106219--2106260	12	3.7	12	78	12	52	19	11	0	69	1.19
2106680--2106711	3	10.7	3	93	0	55	0	31	3	65	1.08
2111384--2111581	96	2.1	96	99	0	387	23	16	12	48	1.79
2114477--2114505	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2117489--2117546	21	2.8	21	79	10	73	50	3	3	43	1.36
2117580--2117752	20	8.3	21	74	17	114	52	3	4	40	1.37
2117608--2117752	11	13.5	11	69	21	69	51	3	4	40	1.38
2117589--2117723	21	6.3	21	76	10	105	51	2	3	41	1.34
2117579--2117782	11	19.6	10	66	18	62	51	5	3	39	1.43
2117684--2117754	31	2.3	31	85	4	99	50	4	4	40	1.41
2119665--2119727	27	2.3	27	88	0	90	49	0	0	50	1.00
2120321--2120364	15	2.9	15	80	6	52	47	2	45	4	1.35
2120708--2121007	151	2.0	150	86	3	417	19	9	24	47	1.78
2126184--2126213	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2126728--2126762	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2134812--2134874	2	32.5	2	85	6	85	50	3	0	46	1.17
2135895--2136037	63	2.3	63	93	0	241	34	13	24	27	1.93
2140837--2140874	20	1.9	20	88	0	58	76	2	18	2	1.02
2141060--2141093	2	17.0	2	93	0	59	47	0	52	0	1.00
2144869--2144903	15	2.4	15	90	4	54	31	0	5	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145806--2145859	2	29.5	2	80	17	64	48	0	0	51	1.00
2146367--2146416	14	3.6	14	75	21	52	46	0	4	50	1.20
2146367--2146407	12	3.2	12	89	6	55	46	0	2	51	1.14
2151737--2151774	18	2.0	20	85	10	53	44	5	0	50	1.24
2159546--2159715	79	2.2	79	90	2	261	20	20	37	22	1.94
2159608--2159828	113	1.9	113	89	0	325	19	18	39	22	1.93
2159894--2159923	15	2.0	15	93	0	51	10	26	26	36	1.88
2167541--2167569	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
2169675--2169724	24	2.0	25	92	3	84	38	16	10	36	1.82
2173668--2173698	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2179328--2179369	21	2.0	20	86	4	57	52	4	0	42	1.22
2179885--2180018	40	3.3	40	89	2	189	40	11	5	43	1.63
2179903--2180018	22	5.7	21	65	20	59	41	11	5	42	1.63
2180555--2180601	16	3.0	16	78	9	53	51	0	0	48	1.00
2181086--2181143	25	2.3	26	80	11	68	51	3	0	44	1.18
2181601--2181643	23	1.9	22	81	13	52	53	2	4	39	1.34
2184925--2184961	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2185181--2185211	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2186756--2186798	13	3.3	13	83	9	52	44	0	0	55	0.99
2188019--2188051	11	2.8	12	86	9	50	36	0	0	63	0.95
2195626--2195666	15	2.6	16	81	14	50	43	4	0	51	1.23
2195721--2195764	13	3.4	14	76	17	51	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195785--2195871	41	2.1	43	80	8	99	56	0	1	42	1.07
2198960--2198997	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2199118--2199157	20	2.0	20	85	9	55	55	0	0	45	0.99
2204123--2204180	31	1.9	30	82	6	73	48	6	13	31	1.69
2204294--2204336	3	14.7	3	95	4	79	67	0	32	0	0.91
2205054--2205086	16	1.9	18	88	11	52	42	0	0	57	0.98
2205122--2205157	18	2.0	18	89	10	56	44	0	0	55	0.99
2210069--2210103	18	2.0	18	88	5	54	48	0	8	42	1.33
2222471--2222521	22	2.3	23	82	6	68	54	1	0	43	1.11
2223413--2223455	21	2.0	20	82	8	50	60	4	0	34	1.17
2224021--2224045	6	4.2	6	100	0	50	48	32	0	20	1.50
2226085--2226148	21	3.0	21	72	24	62	56	0	0	43	0.99
2226061--2226131	31	2.3	31	80	7	81	57	0	1	40	1.07
2230456--2230484	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2231618--2231652	2	17.5	2	87	0	52	51	0	2	45	1.16
2234009--2234058	24	2.1	23	85	10	66	38	2	2	58	1.21
2234309--2234344	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2234681--2234729	15	3.2	17	72	24	54	48	0	2	48	1.12
2234682--2234729	14	3.4	14	81	13	55	50	0	2	47	1.12
2234818--2234859	17	2.5	17	92	0	66	45	0	0	54	0.99
2238897--2238922	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2242141--2242181	18	2.3	19	84	16	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242162--2242229	31	2.2	30	82	10	84	57	0	0	42	0.98
2242783--2242822	21	2.0	21	85	5	55	47	2	0	50	1.14
2243115--2243216	50	2.0	51	96	3	188	49	3	5	41	1.45
2243608--2243645	19	2.0	20	89	5	60	47	0	0	52	1.00
2243679--2243714	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2244913--2244999	29	3.0	29	85	9	115	50	0	0	49	1.00
2244926--2245009	31	2.6	33	79	11	102	53	0	0	46	1.00
2244920--2245026	29	3.5	29	73	20	85	52	0	0	47	1.00
2245338--2245383	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
2256595--2256641	11	4.1	11	84	10	67	34	2	0	63	1.06
2256575--2256641	24	2.7	23	84	13	80	35	1	0	62	1.04
2256575--2256636	13	4.9	13	75	18	60	35	1	0	62	1.05
2256994--2257027	16	2.0	16	88	11	50	47	0	2	50	1.16
2262254--2262287	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
2270413--2270444	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2270817--2270851	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2276131--2276178	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2277151--2277188	13	3.0	13	84	3	51	78	2	18	0	0.86
2277151--2277189	12	3.2	12	82	7	51	76	2	20	0	0.90
2279634--2279675	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2285501--2285562	19	3.1	19	75	15	54	54	0	0	45	0.99
2285554--2285585	14	2.3	15	89	10	50	59	0	6	34	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293754--2293818	1	65.0	1	84	0	76	90	7	1	0	0.50
2293753--2293819	33	2.0	33	91	5	109	88	7	4	0	0.64
2296891--2296932	21	2.0	21	86	9	59	45	0	0	54	0.99
2299637--2299684	18	2.9	16	74	14	53	37	0	0	62	0.95
2308546--2308571	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2311669--2311695	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2316559--2316592	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2323889--2323939	25	2.0	25	85	7	68	60	0	0	39	0.97
2323973--2324045	34	2.0	37	82	15	91	49	1	0	49	1.09
2335380--2335458	29	2.7	29	84	2	95	46	0	3	49	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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