genome.fa.s222.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold222
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358842

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 313 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309--352	21	2.2	20	88	12	63	36	0	0	63	0.95
314--351	13	2.9	13	80	11	51	39	0	0	60	0.97
501--564	19	3.4	19	72	14	60	34	0	0	65	0.93
501--568	24	2.9	23	79	16	77	33	0	0	66	0.92
501--563	5	13.2	5	79	15	71	34	0	0	65	0.93
505--560	29	2.0	27	86	6	76	33	0	0	66	0.92
793--912	52	2.2	52	75	15	118	40	0	0	58	1.10
1421--1494	37	2.0	37	92	2	123	55	21	2	20	1.56
5733--5767	19	1.9	18	88	11	54	62	2	0	34	1.10
6509--6553	14	3.2	15	77	22	53	44	2	0	53	1.13
7332--7379	23	2.0	25	92	8	82	20	12	20	45	1.83
7535--7573	14	2.7	15	80	8	53	51	0	0	48	1.00
13705--13737	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
15654--15678	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21356--21637	155	1.8	155	80	5	347	37	15	17	29	1.90
22411--22435	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
22307--22522	109	2.0	111	95	2	391	51	17	6	24	1.69
23527--24508	42	23.0	43	79	4	902	38	17	29	14	1.90
24231--24335	52	2.0	52	86	0	147	44	16	26	12	1.83
25522--25551	15	2.0	15	93	0	51	10	0	3	86	0.67
32774--32798	13	1.9	13	100	0	50	52	0	24	24	1.48
35132--35379	122	2.0	121	98	0	478	39	12	19	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41530--41628	38	2.6	38	77	7	101	50	1	5	43	1.30
41691--41738	22	2.1	24	88	7	73	58	0	0	41	0.98
41715--41766	20	2.6	19	80	14	61	53	1	0	44	1.11
41883--41920	13	2.9	13	81	11	51	39	0	2	57	1.12
41883--41950	23	3.2	21	78	10	59	42	0	1	55	1.08
41842--42185	128	2.8	122	82	9	401	41	2	3	52	1.31
42600--42652	18	3.0	17	73	10	61	32	9	0	58	1.30
42597--42668	36	2.0	36	89	7	112	31	8	0	59	1.27
43354--43397	22	2.0	22	86	8	63	36	2	9	52	1.46
44006--44045	20	2.0	20	85	4	55	55	17	2	25	1.55
44018--44066	20	2.5	20	82	0	62	48	20	4	26	1.67
44162--44224	29	2.2	28	83	10	76	60	1	1	36	1.16
45634--45668	16	2.2	16	89	0	52	45	0	0	54	0.99
52921--52963	18	2.4	17	81	11	50	16	6	4	72	1.24
53123--53157	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
54233--54257	7	3.6	7	100	0	50	48	16	12	24	1.79
62799--62879	36	2.2	39	82	10	107	46	1	0	51	1.08
63730--63754	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
63729--63784	22	2.5	23	81	16	64	28	1	5	64	1.26
63729--63781	23	2.3	24	81	15	60	28	1	5	64	1.27
64210--64254	22	2.0	22	84	16	58	51	0	0	48	1.00
64230--64310	36	2.2	39	80	10	98	45	2	1	50	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64501--64628	16	8.5	16	67	22	73	40	0	0	57	1.09
65041--65132	26	3.6	26	86	1	123	46	5	3	44	1.42
65041--65144	26	4.0	27	85	7	108	46	4	2	46	1.39
67741--67786	15	2.9	16	80	6	67	41	10	2	45	1.51
67741--67798	31	1.9	31	89	10	93	39	10	3	46	1.55
67741--67800	15	3.9	15	77	2	57	40	10	3	46	1.54
68295--68358	16	3.9	16	77	18	60	35	0	0	64	0.94
68306--68363	22	2.6	23	86	8	75	39	0	0	60	0.97
69090--69138	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
69185--69565	192	2.0	190	90	3	604	38	17	13	31	1.87
74432--74544	53	2.1	54	93	1	192	47	3	4	44	1.40
74945--74999	10	5.4	10	78	18	60	50	0	1	47	1.11
74946--74999	21	2.6	21	88	5	74	50	0	1	48	1.11
75447--75490	19	2.5	17	82	13	61	38	15	4	40	1.68
75456--75494	19	2.1	19	100	0	78	38	15	5	41	1.69
75886--75963	40	2.0	39	82	7	95	43	10	5	41	1.61
76148--76211	16	4.0	16	77	16	62	31	15	15	37	1.89
83790--83838	6	8.2	6	83	0	53	28	0	55	16	1.42
85890--86010	35	3.4	35	78	11	113	57	4	0	37	1.23
85918--85982	20	3.2	20	78	8	85	60	1	1	36	1.16
85918--86012	5	18.8	5	70	18	63	57	3	1	37	1.21
85898--86016	57	2.1	57	81	6	134	56	4	0	38	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86388--86470	37	2.4	36	84	8	100	45	0	0	54	0.99
86503--86544	20	2.0	20	82	13	50	64	0	0	35	0.94
86498--86635	73	1.9	72	92	1	231	55	1	2	40	1.24
87062--87086	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
88479--88510	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
92883--93285	163	2.4	166	83	3	517	47	2	4	44	1.38
93202--93267	17	3.9	17	80	5	73	63	1	0	34	1.04
93239--93277	19	2.0	20	85	10	53	53	2	0	43	1.14
93264--93289	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
93304--93357	24	2.3	24	84	9	67	64	0	0	35	0.94
93834--93880	23	2.1	22	84	4	58	40	0	2	57	1.11
100086--100131	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
106286--106388	35	2.8	35	82	11	111	54	15	5	24	1.63
106367--106444	26	3.0	25	77	5	75	56	19	5	19	1.60
106426--106533	54	2.0	55	83	5	139	45	19	1	33	1.61
106635--106688	16	3.4	16	87	5	74	37	31	18	12	1.89
106718--106768	16	3.2	16	85	0	66	45	31	17	5	1.72
110001--110026	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
110279--110317	18	2.2	18	95	4	71	51	0	0	48	1.00
111479--111552	3	25.7	3	86	8	100	31	2	0	66	1.06
111923--111948	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
112402--112431	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116362--116400	17	2.3	17	86	0	51	51	5	0	43	1.24
117827--118109	139	2.0	138	79	8	297	32	21	13	32	1.92
128911--128947	19	1.9	19	100	0	74	40	5	0	54	1.24
128914--128957	19	2.2	19	88	8	61	45	4	0	50	1.22
129267--129360	46	2.0	46	100	0	188	51	10	4	34	1.56
131377--131415	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
131685--131726	12	3.6	12	81	15	52	66	0	0	33	0.92
131687--131729	23	1.9	22	90	4	68	69	0	0	30	0.88
131685--131729	11	3.9	11	83	16	56	68	0	0	31	0.89
149079--149147	34	2.1	34	86	2	95	33	11	11	43	1.77
149185--149209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149198--149346	52	2.9	50	86	6	208	34	18	16	30	1.93
151459--151509	27	2.0	27	81	11	63	27	43	13	15	1.85
152549--152601	2	27.0	2	92	3	90	47	0	1	50	1.12
155234--155286	27	1.9	27	84	3	70	26	7	22	43	1.80
155246--155305	26	2.3	26	85	2	75	31	3	18	46	1.65
155901--155939	21	1.9	20	94	5	69	23	17	30	28	1.97
159809--159887	27	2.9	27	88	0	113	24	7	20	48	1.75
159815--159902	27	3.4	27	84	4	101	25	7	20	46	1.77
165168--165200	11	2.8	12	86	13	50	39	0	0	60	0.97
165603--165644	17	2.5	17	80	7	50	64	2	4	28	1.26
165827--165869	23	1.9	23	85	4	61	67	0	4	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166908--167016	30	3.8	29	66	17	82	28	44	11	16	1.82
166906--167032	57	2.2	57	85	9	179	29	45	9	15	1.78
166987--167131	24	5.8	24	70	15	114	28	46	6	17	1.72
166987--167116	48	2.6	48	81	7	143	30	45	5	18	1.72
167185--167224	18	2.2	18	90	0	62	20	25	25	30	1.99
167825--167859	6	5.8	6	86	0	52	14	0	14	71	1.15
168462--168504	20	2.2	19	84	12	52	65	0	0	34	0.93
169204--169257	17	3.0	17	78	8	54	27	1	1	68	1.10
170767--170802	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
170762--170825	30	2.1	31	82	5	76	45	0	1	53	1.10

Tables:   1   2   3