genome.fa.s222.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold222
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358842

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 313 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170753--170841	43	2.0	44	87	8	128	43	0	1	55	1.07
170591--171087	242	2.0	242	82	10	589	41	6	3	48	1.46
171010--171075	9	7.0	9	75	14	53	46	0	0	53	1.00
171034--171101	34	2.0	34	85	5	93	48	2	0	48	1.16
171967--172015	21	2.2	22	82	13	57	24	0	55	20	1.44
172015--172054	15	2.7	15	80	0	53	42	0	55	2	1.13
182682--182759	32	2.4	32	80	4	95	53	5	2	38	1.37
187676--187734	8	7.4	8	73	19	52	52	0	0	47	1.00
188317--188360	17	2.4	18	85	14	56	50	0	4	45	1.22
188308--188413	24	4.5	24	68	24	64	54	0	1	42	1.17
190064--190102	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
190292--190342	18	2.8	19	72	21	56	43	13	0	43	1.44
190410--190434	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
190724--190758	11	3.1	11	91	4	52	31	0	0	68	0.90
192007--192032	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
192493--192556	3	21.3	3	100	0	128	65	0	34	0	0.93
195110--195173	24	2.7	24	82	0	74	40	17	23	18	1.91
196985--197032	3	16.0	3	95	0	87	68	0	0	31	0.90
197396--197495	42	2.4	42	79	14	100	45	1	2	52	1.19
197443--197499	15	4.1	15	72	18	52	47	0	0	52	1.00
199940--199970	16	1.9	16	93	0	53	16	6	3	74	1.16
202405--202452	23	2.0	24	84	11	64	39	8	8	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202828--202885	21	2.8	20	81	2	71	46	3	0	50	1.18
206179--206228	22	2.3	23	82	6	59	54	4	0	42	1.19
206187--206229	22	2.0	22	86	9	61	53	4	0	41	1.21
206391--206429	19	2.1	19	95	0	69	25	5	33	35	1.78
206707--206743	19	1.9	20	88	5	58	35	0	0	64	0.94
206773--206841	2	35.5	2	72	16	56	47	2	1	47	1.25
206833--206923	30	3.1	29	75	13	80	61	2	0	36	1.08
206976--207032	28	2.0	29	83	6	73	64	0	1	33	1.04
208816--208916	53	1.9	53	85	4	141	39	11	10	37	1.77
216366--216422	27	2.2	26	81	9	62	45	14	28	12	1.80
226086--226176	14	6.6	14	69	14	57	47	3	1	48	1.25
226255--226291	15	2.3	17	81	9	51	37	2	0	59	1.12
226553--226600	20	2.2	22	85	14	64	39	2	0	58	1.10
226639--226707	16	4.5	15	73	21	54	52	1	1	44	1.19
226633--226714	31	2.5	35	83	15	104	52	1	1	45	1.16
226673--226718	13	3.5	13	82	14	58	56	0	0	43	0.99
227546--227580	14	2.6	13	86	8	52	0	25	0	74	0.82
227551--227580	7	4.4	7	95	4	53	0	23	0	76	0.78
230030--230214	34	5.5	34	85	2	248	24	7	26	41	1.82
230030--230214	68	2.7	68	90	0	282	24	7	26	41	1.82
234625--234809	34	5.5	34	85	2	248	24	7	26	41	1.82
234625--234809	68	2.7	68	90	0	282	24	7	26	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240491--240539	24	2.2	21	82	10	53	36	0	2	61	1.08
241647--241683	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
244126--244219	31	3.0	32	73	9	102	39	3	0	57	1.15
244096--244219	63	2.0	61	84	6	160	37	4	0	57	1.26
245585--245637	17	2.8	20	75	21	60	45	0	9	45	1.36
245605--245644	21	1.9	21	85	10	55	50	0	7	42	1.30
249511--249727	97	2.2	97	88	6	316	28	24	12	34	1.92
252849--253058	70	3.0	70	83	4	262	31	20	27	20	1.97
254101--254203	8	12.0	8	67	27	52	58	2	0	38	1.13
254099--254176	32	2.6	32	76	15	85	58	2	0	38	1.12
254111--254232	27	4.5	27	74	17	94	58	3	0	37	1.20
254102--254233	52	2.5	53	77	15	130	58	3	0	37	1.19
255523--255578	6	9.5	6	79	11	53	39	1	0	58	1.08
255524--255594	29	2.5	28	80	8	81	39	2	0	57	1.13
259179--259350	79	2.2	79	86	4	231	28	25	11	34	1.91
259282--259403	51	2.4	52	77	9	128	27	22	13	36	1.92
259335--259555	78	2.8	78	83	8	279	27	25	14	33	1.94
259207--259477	129	2.1	130	83	2	339	28	24	11	35	1.91
259143--259708	208	2.7	206	83	5	674	27	24	12	35	1.92
259492--259607	51	2.3	51	87	0	178	27	25	12	34	1.92
259413--259685	130	2.1	130	84	2	352	27	24	13	34	1.93
259543--259708	79	2.1	79	84	6	212	27	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261833--261870	4	9.5	4	94	0	67	23	2	0	73	0.95
272118--272157	11	3.6	11	86	0	53	87	5	5	2	0.73
272118--272177	21	2.8	21	82	2	57	81	3	11	3	0.93
273152--273798	61	10.4	61	78	7	543	25	26	18	29	1.98
273152--273795	120	5.2	118	76	10	432	25	26	18	29	1.98
273502--273798	63	4.7	62	77	8	244	25	24	19	30	1.98
273811--274062	75	3.4	75	82	4	278	21	27	14	36	1.93
273887--274025	40	3.6	40	69	18	114	17	26	15	39	1.90
274634--274688	20	2.7	20	82	2	65	25	12	12	49	1.76
278734--278872	20	6.8	20	69	27	96	38	13	15	32	1.87
278824--278850	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
278803--278870	33	2.1	33	100	0	136	39	13	14	32	1.85
280675--281271	79	7.6	79	78	6	566	27	25	12	33	1.92
280675--281271	158	3.8	158	83	3	673	27	25	12	33	1.92
280675--281271	237	2.5	237	82	4	695	27	25	12	33	1.92
281210--281325	51	2.3	51	90	0	178	29	26	11	32	1.91
281129--281402	130	2.1	129	82	6	331	28	25	12	33	1.92
281259--281434	78	2.3	78	80	7	196	26	23	14	35	1.94
282190--282261	20	3.6	19	75	5	72	34	12	11	41	1.78
287865--287922	18	3.1	18	82	12	64	77	0	20	1	0.86
287889--287924	12	2.8	12	91	8	54	86	0	13	0	0.58
288259--288307	20	2.5	20	80	16	57	26	2	2	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291772--291808	18	2.1	18	100	0	74	37	5	35	21	1.77
291775--291816	18	2.3	18	91	0	66	47	7	28	16	1.73
301801--301898	19	5.7	19	69	27	76	36	16	12	34	1.86
301796--301896	32	3.1	32	94	1	175	35	16	11	35	1.86
301820--301876	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
304577--304640	29	2.2	30	82	2	76	82	9	4	3	0.91
304580--304640	18	3.2	19	84	11	72	83	8	4	3	0.89
305853--306537	29	23.9	29	84	6	851	29	30	16	23	1.97
305850--306538	57	12.0	57	83	6	806	28	30	16	23	1.97
305853--306537	86	8.0	85	85	6	848	29	30	16	23	1.97
305852--306537	115	6.0	114	83	8	797	29	30	16	23	1.97
311059--311091	17	1.9	17	88	11	50	18	3	9	69	1.28
312520--312554	18	1.9	18	100	0	70	51	0	0	48	1.00
312790--312842	9	6.0	8	79	16	52	37	1	0	60	1.08
312789--312843	17	3.1	18	80	15	69	40	1	0	58	1.09
312842--312919	28	2.8	26	75	14	68	61	0	0	38	0.96
312881--312923	16	2.6	16	81	3	50	69	0	0	30	0.88
313227--313288	26	2.4	27	76	13	67	38	4	3	53	1.39
313288--313335	25	2.0	24	87	4	69	31	6	2	60	1.33
313934--314045	16	7.4	16	73	18	107	58	0	0	41	1.04
313921--314045	42	2.8	46	81	12	159	57	0	0	40	1.10
313899--313994	17	5.8	17	65	20	51	61	1	1	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313981--314043	15	4.0	16	81	10	85	53	0	0	46	1.00
313988--314061	31	2.4	30	86	10	105	56	2	0	40	1.13
314237--314276	21	1.9	22	85	10	57	45	2	0	52	1.14
314262--314301	12	3.2	12	82	10	53	52	0	0	47	1.00
314257--314369	28	4.1	27	77	18	101	46	0	0	53	1.06
314290--314338	12	3.2	17	71	28	56	42	0	0	57	0.99
314282--314338	17	3.7	16	70	29	52	40	0	0	59	0.97
314573--314602	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
315205--315249	21	2.2	21	88	11	67	46	13	15	24	1.82
316102--316230	52	2.5	52	93	0	231	28	17	18	35	1.93

Tables:   1   2   3