genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold224
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  480342

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 272 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43697--43922	113	2.0	113	98	0	434	31	22	15	31	1.94
45990--46045	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
46104--46129	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
48262--48306	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
50110--50140	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
52224--52262	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
52383--52429	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
52385--52427	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
54696--54751	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
54810--54835	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
56686--56783	43	2.2	46	78	12	121	40	10	7	41	1.66
56696--56783	43	2.0	43	91	0	140	40	11	6	40	1.68
57285--57332	2	24.0	2	91	0	78	50	0	0	50	1.00
60164--60263	32	3.1	32	100	0	200	42	12	9	37	1.74
60242--60315	21	3.6	21	80	7	80	41	14	14	28	1.86
60228--60544	170	1.9	170	95	0	571	41	14	14	29	1.85
60412--60485	21	3.6	21	78	7	71	41	13	14	29	1.85
63447--63759	164	1.9	164	82	6	393	31	15	9	42	1.79
63581--63825	94	2.6	94	87	5	329	33	14	8	44	1.74
64726--64755	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
65007--65086	23	3.5	22	75	16	74	27	1	7	63	1.29
65055--65334	111	2.4	112	82	9	325	42	2	2	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68595--68639	22	2.1	21	83	4	54	57	4	0	37	1.19
74926--75491	62	9.1	62	82	4	597	25	25	18	31	1.98
74926--75491	123	4.6	124	81	3	629	25	25	18	31	1.98
75505--75921	43	9.8	43	75	9	293	19	25	11	42	1.86
75503--75797	129	2.3	131	85	2	382	20	25	11	42	1.86
77568--77812	79	3.1	79	84	2	301	28	24	12	33	1.92
77816--77874	28	2.0	29	84	12	77	23	20	18	37	1.94
77741--78049	107	2.9	107	87	2	426	26	24	15	33	1.95
77919--77981	28	2.2	28	82	5	72	22	20	17	39	1.92
77947--78108	79	2.1	79	88	4	238	27	24	14	33	1.95
78583--78777	19	9.9	19	67	24	84	38	6	2	52	1.39
78572--78721	11	14.2	11	65	18	68	39	6	1	52	1.36
78582--78721	22	6.7	21	71	19	96	38	6	1	53	1.35
78617--78755	33	4.7	29	71	26	98	40	7	2	49	1.45
78657--78717	30	2.0	30	90	0	95	40	4	0	54	1.22
78572--78761	85	2.2	85	99	0	371	40	6	2	51	1.41
84179--84212	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
86793--86831	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
87333--87459	44	2.9	43	90	2	200	42	14	7	35	1.74
87391--87461	20	3.4	20	72	24	74	42	14	7	36	1.72
87365--87439	23	3.3	23	66	26	70	40	13	10	36	1.79
90305--90353	21	2.3	21	80	16	57	59	4	2	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105152--105343	91	2.1	91	84	5	246	34	17	6	40	1.76
105344--105476	67	2.0	66	83	1	167	33	18	9	39	1.83
105411--105842	168	2.6	167	82	5	518	33	18	9	38	1.82
105861--105979	39	3.1	38	75	4	121	44	7	1	46	1.42
106166--106208	14	3.2	13	86	6	59	53	0	2	44	1.13
107962--108023	32	1.9	33	83	9	83	48	3	0	48	1.17
107959--108031	32	2.3	33	77	11	82	45	2	0	52	1.15
114955--115017	29	2.3	26	81	10	72	68	0	0	31	0.90
114984--115032	18	2.7	19	81	9	57	67	0	0	32	0.91
115604--115638	15	2.2	16	95	5	63	71	0	0	28	0.86
117714--117848	11	13.3	11	72	22	93	61	0	0	37	1.01
117720--117846	51	2.4	51	81	11	143	61	0	0	37	1.02
117726--117843	18	6.9	16	72	21	73	61	0	0	38	1.02
117717--117861	28	5.3	27	76	15	131	60	1	0	37	1.05
118405--118446	3	14.3	3	90	5	68	35	2	0	61	1.09
118944--118996	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
119212--119251	19	2.1	19	85	0	53	30	2	2	65	1.19
120556--120609	14	4.1	14	77	15	62	55	0	0	44	0.99
120563--120606	11	3.6	12	80	17	54	56	0	0	43	0.99
120557--120613	25	2.3	25	90	0	87	57	0	0	42	0.98
124435--124524	44	2.0	44	97	0	171	37	27	2	32	1.69
132854--132982	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132854--133002	52	2.9	51	89	4	185	29	18	18	33	1.95
132991--133015	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
133068--133132	19	3.7	19	71	23	70	38	15	12	33	1.85
133060--133130	32	2.2	32	94	0	124	36	16	12	33	1.87
133943--134021	39	2.0	39	92	0	131	29	22	21	26	1.99
134163--134267	29	3.6	29	78	18	110	19	17	29	34	1.94
134281--134401	36	3.5	35	85	7	149	38	9	28	23	1.85
134418--134635	30	7.4	30	89	4	309	22	16	31	28	1.96
140756--141697	476	2.0	476	94	1	1638	34	17	17	29	1.94
142084--142110	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
142063--142130	34	2.0	34	85	5	93	35	16	11	36	1.85
143188--143230	23	2.0	22	82	13	54	44	0	11	44	1.40
146522--146576	25	2.2	23	78	15	56	60	3	7	29	1.41
148155--148185	16	1.9	16	93	0	53	35	0	19	45	1.51
148146--148232	22	3.9	22	73	7	77	32	1	18	48	1.56
149176--149209	9	3.7	9	92	4	50	26	2	0	70	1.01
149883--149907	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
150224--150266	22	2.0	22	90	9	70	58	0	0	41	0.98
152211--152242	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
157066--157100	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
157732--157756	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
158078--158121	22	2.0	23	86	4	63	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158074--158156	22	3.7	20	71	19	58	46	0	1	51	1.08
163056--163117	32	2.0	31	84	9	81	56	0	0	43	0.99
165291--165332	3	14.0	3	94	0	57	40	0	0	59	0.97
167444--167633	96	2.0	96	98	0	371	32	14	10	43	1.78
168044--168094	18	2.7	20	75	12	61	43	0	3	52	1.19
172566--172618	2	26.5	2	92	0	88	50	3	0	45	1.19
173498--173547	17	2.9	17	78	0	55	44	8	8	40	1.63
174538--174566	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
174756--174797	21	2.0	22	85	4	59	19	2	9	69	1.28
176129--176162	17	2.1	17	88	5	52	67	0	2	29	1.05
177153--177240	18	4.6	19	70	26	62	62	3	0	34	1.12
177157--177244	20	4.8	18	75	17	74	61	3	0	35	1.13
177143--177240	39	2.6	37	73	15	101	64	3	0	32	1.09
177886--177968	43	1.9	44	85	7	116	36	1	1	61	1.12
179015--179163	34	4.4	34	80	0	172	22	6	28	42	1.77
179014--179163	68	2.2	68	91	0	246	22	6	28	42	1.77
179464--179517	19	2.8	19	88	0	81	33	24	11	31	1.90
179463--179532	19	3.7	19	82	1	61	30	22	17	30	1.97
183594--183640	22	2.1	22	88	0	67	14	8	25	51	1.71
183617--183765	34	4.4	34	88	0	226	20	6	30	42	1.76
183578--183744	68	2.8	55	73	23	156	20	7	27	44	1.78
183616--183765	68	2.2	68	97	0	282	20	6	30	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186339--186388	23	2.1	23	85	10	66	34	0	2	64	1.05
187294--187390	51	1.9	51	85	8	135	50	4	13	31	1.60
193760--193820	18	3.4	18	84	2	88	63	0	0	36	0.94
194001--194058	28	2.1	28	84	12	75	48	0	0	51	1.00
194059--194185	53	2.3	54	81	11	134	56	1	1	40	1.18
195232--195281	19	2.6	19	93	0	82	30	12	20	38	1.88
195333--195372	13	3.1	13	100	0	80	30	15	15	40	1.87
201157--201347	68	2.7	70	80	13	219	56	7	1	34	1.38
201694--201780	22	4.0	21	74	18	81	65	2	0	32	1.05
201700--201754	28	2.1	25	86	10	74	70	0	0	29	0.87

Tables:   1   2   3