genome.fa.s225.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold225
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857989

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  2  of  5  ( 485 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177796--177924	52	2.5	52	94	0	222	29	17	17	34	1.94
177796--177944	52	2.9	51	88	4	210	30	17	18	33	1.94
177933--177957	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
178019--178043	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
178332--178368	20	1.9	19	89	10	58	54	10	2	32	1.49
181699--182375	113	6.0	112	83	5	774	43	11	8	36	1.72
182739--182861	51	2.4	51	82	2	140	26	23	19	30	1.98
188539--188647	56	1.9	56	98	0	209	44	11	9	34	1.73
190432--190877	115	3.9	113	81	8	433	45	10	6	37	1.65
192176--192335	65	2.4	65	81	4	178	19	23	16	41	1.90
195388--195437	18	2.6	19	84	9	66	32	18	16	34	1.92
195468--195532	33	2.0	33	82	11	80	35	13	16	33	1.89
197122--197149	9	3.1	9	100	0	56	46	0	32	21	1.52
204182--204235	20	2.7	20	97	0	99	25	12	14	46	1.81
204237--204287	20	2.6	20	87	3	68	31	17	13	37	1.89
204233--204287	19	2.8	19	83	2	74	30	16	14	38	1.89
204336--204360	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
206958--206991	15	2.4	15	90	9	54	47	0	2	50	1.16
207968--208001	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
210072--210143	20	3.6	20	86	0	99	38	11	15	34	1.83
210203--210227	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210887--211052	61	2.7	61	78	8	169	36	12	28	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210939--211076	61	2.2	60	84	2	177	34	12	27	25	1.92
211033--211337	52	5.9	53	71	12	206	36	16	21	25	1.94
211344--211436	43	2.1	43	82	2	105	32	13	25	27	1.94
211446--211515	26	2.6	27	79	2	88	21	22	24	31	1.98
213118--213162	11	4.1	10	81	18	54	2	0	13	84	0.72
213109--213162	23	2.3	23	87	12	83	1	1	12	83	0.81
213109--213153	13	3.4	13	81	3	54	2	2	11	84	0.80
226394--226419	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
230681--230716	18	2.0	18	100	0	72	27	5	27	38	1.79
234533--234560	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
238539--238565	14	1.9	14	100	0	54	33	7	37	22	1.82
247249--247300	20	2.7	20	85	11	72	40	17	13	28	1.87
254414--254500	39	2.3	39	80	7	97	36	5	26	31	1.80
255016--255070	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
255141--255166	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
255123--255186	33	2.0	33	84	9	87	42	17	12	28	1.85
255220--255258	20	1.9	21	94	5	71	43	15	10	30	1.80
258325--258422	18	5.2	18	81	16	76	83	7	5	4	0.89
258323--258394	27	2.6	27	87	8	101	86	6	4	2	0.79
258324--258418	28	3.4	27	82	7	109	84	7	4	4	0.87
258324--258394	1	71.0	1	80	0	61	87	5	4	2	0.74
259399--259448	19	2.6	19	90	0	82	32	12	20	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259500--259525	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
260442--260482	21	1.9	22	90	5	66	21	17	17	43	1.87
266677--267894	313	3.9	314	82	5	1397	38	22	16	22	1.93
266671--267969	156	8.3	156	82	3	1345	38	22	16	22	1.93
268363--268406	17	2.7	16	80	16	54	20	2	0	77	0.88
269262--269292	16	1.9	16	100	0	62	0	16	0	83	0.64
269433--269559	22	5.7	24	81	10	98	9	18	34	37	1.84
269471--269620	61	2.4	61	87	4	201	9	18	35	37	1.83
269471--269704	103	2.2	104	87	2	326	11	17	34	36	1.86
269436--269716	42	6.6	42	78	6	230	10	18	34	37	1.85
272106--272162	20	2.8	20	79	10	71	33	14	14	38	1.85
276129--276273	43	3.4	43	69	3	123	33	22	27	16	1.95
276106--276292	85	2.2	85	77	3	198	34	19	27	17	1.95
276338--276599	42	6.2	42	75	5	233	29	18	29	22	1.97
276279--276599	169	1.9	168	82	4	405	30	18	28	22	1.97
276338--276608	84	3.2	84	80	5	271	29	18	29	22	1.97
276352--276589	127	1.9	126	84	2	316	30	18	28	22	1.97
276279--276599	42	7.6	41	75	6	221	30	18	28	22	1.97
280524--280576	17	2.9	17	83	8	52	1	24	0	73	0.93
281807--282241	32	13.6	32	92	1	612	15	19	34	31	1.92
281799--282241	64	6.9	64	92	1	692	15	18	33	31	1.93
281799--282241	96	4.6	96	92	2	676	15	18	33	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282227--283018	27	28.9	27	90	2	1172	29	13	33	23	1.93
282227--283018	55	14.5	54	90	2	1172	29	13	33	23	1.93
282227--283018	82	9.6	81	91	2	1190	29	13	33	23	1.93
284358--284432	36	2.1	36	85	7	100	6	12	9	72	1.29
286279--286304	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
290368--290398	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
292413--292490	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
292477--292541	13	5.0	13	94	0	112	30	18	15	35	1.92
292478--292541	26	2.5	26	100	0	128	31	18	15	34	1.93
292662--292708	21	2.3	21	79	20	55	34	23	4	38	1.74
292664--292706	20	2.2	19	84	16	52	32	23	4	39	1.75
295085--295110	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
300227--300277	24	2.2	24	82	6	61	50	5	1	41	1.37
300804--300856	17	2.9	17	83	8	52	1	24	0	73	0.93
304108--304704	43	13.8	43	80	3	506	34	17	30	17	1.93
304788--304941	44	3.5	44	77	3	166	41	14	20	23	1.89
304787--304971	88	2.1	88	82	5	230	41	13	23	22	1.89
307929--307969	20	2.0	22	85	9	59	68	0	0	31	0.90
308039--308072	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
314801--314837	18	2.0	20	89	10	60	45	5	0	48	1.25
316413--316447	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
316601--316652	26	2.0	25	85	3	68	44	0	5	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316926--316971	17	2.7	17	69	24	51	52	4	2	41	1.33
316963--316991	14	2.1	14	100	0	58	41	20	0	37	1.53
320943--320974	16	2.0	16	100	0	64	6	25	18	50	1.70
325262--325316	20	2.8	19	81	5	74	29	14	16	40	1.88
332073--332148	30	2.5	31	97	2	145	25	15	13	46	1.82
332107--332217	50	2.2	51	87	4	163	29	17	10	42	1.83
333374--333398	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
333463--333487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
341670--341710	13	3.2	13	89	0	64	41	14	12	31	1.83
342438--342538	52	1.9	52	88	4	150	36	15	21	25	1.93
342559--342724	49	3.3	49	83	4	163	32	16	24	25	1.96
342891--343179	82	3.5	82	85	7	377	14	18	34	32	1.91
342891--343172	109	2.6	108	87	6	363	14	19	33	32	1.91
342894--343179	27	10.3	27	87	6	378	14	18	34	32	1.91
343538--343622	37	2.3	37	100	0	170	43	15	15	25	1.86
344647--344723	7	10.7	7	80	8	66	2	3	10	83	0.88
350998--351928	464	2.0	464	98	0	1799	27	21	21	29	1.99
359140--359164	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
359121--359184	33	1.9	33	87	6	94	40	10	15	32	1.82
359151--359188	20	1.9	20	100	0	76	39	10	13	36	1.79
360149--360476	131	2.5	129	78	7	340	34	13	25	26	1.93
360328--360445	51	2.3	51	82	4	141	33	14	26	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360429--360483	28	2.0	27	85	3	74	27	20	32	20	1.97
362817--362895	20	4.0	20	83	6	106	40	12	17	29	1.87
362817--362893	40	1.9	40	91	0	127	40	12	18	28	1.87
362877--362903	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
362856--362921	33	2.0	33	91	5	107	40	13	15	30	1.85
364623--364680	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
364694--364751	20	2.8	21	89	2	91	43	15	10	31	1.80
381215--381240	10	2.6	10	100	0	52	80	0	0	19	0.71
381335--381449	57	2.0	58	94	1	205	20	19	15	44	1.87
381562--381642	38	2.2	39	86	6	114	46	16	20	16	1.83

Tables:   1   2   3   4   5