genome.fa.s225.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold225
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857989

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25--906	336	2.7	322	77	13	751	32	16	15	36	1.90
7737--30002	317	70.8	315	82	8	16430	31	17	14	36	1.90
8114--9206	323	3.4	317	77	14	833	30	16	15	36	1.91
11517--30005	317	58.9	317	87	3	25391	31	17	14	36	1.90
9240--30003	936	22.0	940	86	5	25028	31	17	14	36	1.90
33842--33871	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
37065--37104	21	1.9	21	85	10	55	32	15	2	50	1.57
38440--38472	10	3.3	10	91	8	50	45	0	6	48	1.27
38669--38701	15	2.2	15	94	0	57	60	0	3	36	1.12
38731--38776	23	2.0	24	83	8	60	47	2	13	36	1.54
39029--39068	20	2.0	21	85	5	55	55	0	2	42	1.13
39685--39726	16	2.6	16	92	0	66	30	2	9	57	1.44
41486--41538	19	2.6	21	85	5	74	39	13	15	32	1.85
41590--41615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41671--41708	20	1.9	20	94	0	67	28	18	13	39	1.88
41676--41727	20	2.6	20	87	6	70	32	15	13	38	1.86
44072--44191	51	2.4	51	90	2	179	32	24	12	30	1.92
44178--44251	28	2.6	28	85	4	105	22	31	20	25	1.98
44290--44356	28	2.4	28	87	0	89	25	31	11	31	1.92
44424--44493	28	2.5	28	90	0	95	25	28	15	30	1.96
44165--44465	107	2.8	106	82	2	386	26	24	15	33	1.95
44525--44597	28	2.6	29	86	4	105	24	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44282--44597	136	2.3	136	86	0	445	25	25	16	32	1.96
44449--44679	107	2.2	107	82	6	272	26	25	16	31	1.96
47753--47804	16	3.3	16	81	2	61	57	5	1	34	1.33
47746--47805	32	1.9	31	89	3	93	56	8	1	33	1.39
47962--47993	15	2.1	15	100	0	64	18	34	12	34	1.89
47955--47995	18	2.3	18	91	0	64	21	34	12	31	1.91
48979--49045	20	3.3	20	83	4	89	53	0	1	44	1.09
48987--49034	16	3.1	15	81	3	60	52	0	2	45	1.12
50641--50684	23	2.0	22	90	4	70	70	0	29	0	0.88
50653--50683	16	1.9	16	93	0	53	67	0	32	0	0.91
50975--51046	20	3.7	19	88	3	90	27	18	15	38	1.90
61792--61818	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
61773--61837	32	2.0	32	90	3	103	27	16	13	41	1.87
61802--61858	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
61908--61933	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
61887--61949	33	1.9	33	93	0	108	34	11	19	34	1.87
77659--77690	8	3.8	9	84	16	50	84	0	15	0	0.63
77658--77690	16	2.0	16	94	5	57	84	0	15	0	0.61
78719--78770	19	2.6	19	81	6	59	46	13	11	28	1.78
78816--78843	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
81919--81970	19	2.7	19	87	3	68	34	17	15	32	1.91
82950--83013	33	1.9	33	84	6	85	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84332--84357	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
84346--84397	20	2.7	20	87	3	70	30	17	19	32	1.95
84341--84397	19	2.9	19	84	2	78	31	17	17	33	1.93
84443--84472	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
84426--84494	33	2.1	33	89	5	104	31	11	18	37	1.87
90395--90470	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
90394--90479	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
90385--90503	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
97379--97405	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
97764--97800	16	2.4	16	95	4	67	40	35	5	18	1.74
99326--99351	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
101876--101914	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
103983--104013	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
105817--105861	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
108079--108104	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
109935--110003	33	2.1	33	86	5	95	33	10	17	39	1.83
114365--114389	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
120358--120396	20	1.9	20	84	5	51	23	0	15	61	1.33
123128--123152	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123137--123193	19	2.9	19	84	2	78	35	14	17	33	1.90
123223--123247	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
124648--124701	20	2.7	20	85	2	72	40	9	14	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131081--131148	31	2.2	31	94	0	118	42	16	8	32	1.79
136083--136334	76	3.3	75	77	9	208	36	17	11	35	1.85
136453--136567	28	4.1	29	66	19	66	51	14	9	24	1.72
136530--136634	53	2.0	52	83	5	131	48	16	9	25	1.76
138181--138224	21	2.1	21	100	0	88	47	9	9	34	1.67
145067--145141	20	3.8	20	94	3	125	36	18	13	32	1.90
149038--149094	20	2.8	20	86	0	87	31	12	14	42	1.82
149078--149197	31	3.5	32	68	21	91	25	14	13	47	1.80
149110--149159	20	2.5	20	80	0	55	32	8	16	44	1.76
149027--149234	72	2.9	71	92	0	362	27	14	13	43	1.83
149181--149267	20	4.3	20	92	0	129	33	11	16	39	1.84
149241--149373	51	2.6	50	87	7	180	31	13	13	41	1.83
151735--152191	34	13.8	34	75	14	361	20	33	12	33	1.90
151737--152190	100	4.6	100	86	3	616	20	33	12	32	1.91
151737--152173	201	2.2	195	90	4	673	20	34	12	32	1.90
152039--152155	61	1.9	61	94	0	207	21	36	13	28	1.91
152195--152492	32	9.2	32	95	3	503	27	35	18	19	1.95
152196--152492	98	3.0	98	96	3	528	27	35	18	19	1.95
152507--153016	43	10.8	48	79	12	502	23	25	18	31	1.97
152499--153016	92	5.5	92	86	3	685	23	25	18	31	1.98
152858--153007	52	2.9	52	87	0	219	21	23	19	36	1.95
153869--153925	13	3.9	13	72	24	51	36	14	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153849--153949	32	3.1	32	94	1	175	35	11	16	35	1.86
153847--153944	19	5.8	18	69	28	81	34	12	16	36	1.86
153987--154011	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
154020--154148	52	2.5	52	90	0	222	37	18	16	27	1.92
163129--163306	72	2.5	72	96	0	320	33	15	15	35	1.89
163367--163422	19	2.9	19	89	2	76	35	16	19	28	1.93
165713--165752	22	1.9	20	90	10	62	42	0	7	50	1.30
165743--165788	4	11.2	4	86	13	51	21	0	0	78	0.76
166558--166607	4	12.8	4	80	4	57	74	2	18	6	1.12
167244--167938	167	4.2	164	82	6	753	47	9	12	30	1.74
171941--172069	52	2.5	52	93	0	213	30	17	17	34	1.93
171941--172089	52	2.9	51	87	4	201	31	17	17	33	1.93
172078--172102	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
172164--172188	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173057--173581	43	10.9	52	77	13	418	32	17	24	24	1.97
172765--173192	228	1.9	229	88	3	648	35	15	24	24	1.94
173120--173586	95	5.0	94	91	3	746	31	18	25	24	1.98
173120--173586	187	2.5	188	91	3	755	31	18	25	24	1.98
173622--173857	36	7.0	34	73	17	165	36	12	31	19	1.89
173622--173857	69	3.5	67	77	12	261	36	12	31	19	1.89
173627--173815	100	1.9	100	86	4	274	33	13	32	21	1.92
173622--173854	34	6.9	34	77	11	203	35	12	31	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174787--174850	1	64.0	1	74	0	56	0	7	4	87	0.66
174789--174850	11	5.8	10	85	11	70	0	8	4	87	0.68
174786--174852	35	1.9	35	88	11	102	0	7	7	85	0.76
175183--175244	7	9.1	7	82	10	76	0	0	12	87	0.55
175173--175251	19	4.2	19	85	10	108	0	0	13	86	0.58
175187--175247	26	2.4	25	89	8	95	0	0	11	88	0.51
175174--175247	39	1.9	38	91	2	121	0	0	13	86	0.57
175174--175245	8	8.9	8	78	18	78	0	0	13	86	0.58
175185--175247	1	63.0	1	77	0	63	0	0	11	88	0.50
175185--175265	39	2.1	39	84	9	103	2	2	11	83	0.83

Tables:   1   2   3   4   5