genome.fa.s225.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold225
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857989

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597808--597868	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
597813--597889	12	6.9	12	77	19	71	12	46	0	40	1.42
597797--597889	24	4.2	22	76	18	95	12	44	0	43	1.43
597780--597889	42	2.6	42	94	0	184	13	45	0	40	1.44
599555--600335	403	1.9	404	87	1	1154	30	18	14	35	1.92
599959--603101	476	6.6	476	84	2	4020	30	18	14	36	1.91
602912--603325	205	2.0	206	97	0	785	29	17	15	38	1.90
603174--604339	468	2.5	464	84	5	1411	30	17	14	36	1.90
607370--607498	52	2.5	52	96	0	240	28	17	18	35	1.93
607370--607514	52	2.8	52	87	4	220	29	15	19	35	1.93
607570--607638	32	2.1	33	94	2	122	36	15	11	36	1.84
607594--607618	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
607945--610632	478	5.6	477	84	2	3324	30	17	14	36	1.90
608708--609957	159	7.8	160	68	12	430	30	18	14	36	1.91
611302--623736	476	26.2	475	85	3	14759	30	17	14	37	1.89
611554--619006	159	47.1	157	66	12	1757	30	17	14	37	1.89
619070--629636	159	66.8	157	66	12	2831	31	17	13	36	1.90
623400--624053	317	2.1	317	83	3	841	31	18	16	33	1.93
623432--624166	317	2.3	317	81	4	788	31	19	14	35	1.91
623700--629672	476	12.6	477	84	4	7360	31	18	13	36	1.90
629261--630096	424	2.0	424	90	1	1329	30	18	13	36	1.90
629798--630463	159	4.2	157	66	13	360	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629669--631526	476	3.9	476	87	2	2502	30	18	14	36	1.90
631099--631948	424	2.0	424	85	2	1154	30	19	14	36	1.91
637089--637191	41	2.5	42	91	3	172	8	47	2	40	1.49
637134--637176	9	4.6	9	85	5	50	9	46	2	41	1.48
638828--640954	159	13.4	156	67	13	681	31	17	14	37	1.90
638777--641190	477	5.1	477	88	1	3249	31	17	13	37	1.89
638777--641190	951	2.5	952	85	2	3276	31	17	13	37	1.89
648567--648642	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
648566--648645	42	1.9	42	97	0	151	41	2	47	8	1.48
648587--648684	51	1.9	51	91	0	160	41	4	44	9	1.55
648557--648656	42	2.4	42	86	6	148	44	3	43	10	1.53
653646--656660	475	6.3	475	83	3	3627	31	18	13	37	1.90
653849--669607	159	99.4	157	66	13	3810	30	17	14	37	1.90
655942--657259	635	2.1	633	89	2	2009	30	18	14	36	1.90
656560--673187	476	34.7	474	78	6	15887	30	17	14	37	1.90
656575--673187	951	17.3	950	82	4	18902	30	17	14	37	1.90
669679--669922	122	2.0	122	90	0	389	27	14	11	45	1.80
669804--673187	477	7.1	476	83	2	4033	30	18	13	36	1.90
669940--673166	159	20.3	156	67	12	956	30	18	13	36	1.90
676165--676253	42	2.1	42	91	0	142	42	3	46	7	1.49
676195--676292	51	1.9	51	87	0	142	39	5	44	10	1.60
680464--685761	476	11.2	476	82	4	6064	30	17	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680464--685755	951	5.6	950	83	3	6491	30	17	14	37	1.90
680960--685547	159	29.0	157	65	12	735	30	17	14	37	1.90
686235--686886	159	4.1	157	67	14	349	30	18	13	36	1.90
685816--687519	475	3.6	475	90	2	2476	31	17	14	36	1.90
687317--687727	218	1.9	220	91	1	682	28	16	15	39	1.89
687524--688719	476	2.5	474	82	4	1461	31	18	13	37	1.89
688349--689124	395	2.0	396	86	2	1078	31	17	13	36	1.90
688745--692456	475	7.8	475	85	3	4636	31	17	13	37	1.89
688745--692456	952	3.9	951	84	2	4726	31	17	13	37	1.89
689171--691788	159	16.5	159	66	12	544	30	17	14	37	1.90
692077--692851	395	2.0	395	87	1	1131	31	17	14	36	1.90
692472--695223	475	5.8	476	83	3	3357	31	17	14	37	1.89
692472--695233	953	2.9	947	86	1	3652	31	17	14	37	1.89
694854--695628	395	2.0	395	87	1	1122	32	17	14	36	1.90
695249--726511	476	66.2	476	78	7	29382	30	18	14	36	1.90
695245--697830	159	16.3	159	67	11	823	30	17	14	37	1.90
723675--726502	475	6.0	474	83	4	3423	30	18	14	36	1.90
726515--738667	476	25.5	475	84	2	14465	30	18	14	37	1.90
726786--737040	159	64.7	157	65	12	1694	30	18	14	37	1.90
726505--738667	953	12.8	952	86	2	14387	30	18	14	37	1.90
742950--742990	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
746715--746740	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746697--746760	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
752714--752739	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
752902--752940	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
755499--755524	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
756999--760807	475	8.0	475	85	2	4777	34	15	19	31	1.92
761016--761056	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
761096--761166	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
761189--761272	19	4.6	19	69	21	63	36	16	15	30	1.90
761136--761272	53	2.6	53	92	3	222	36	17	16	29	1.92
761296--761326	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
761415--761440	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
762237--787365	475	52.9	474	86	2	32043	34	14	19	31	1.92
762237--787365	949	26.5	950	86	1	32270	34	14	19	31	1.92
762491--787346	158	157.1	156	65	13	4519	34	14	19	31	1.92
787361--798582	475	23.6	475	84	2	13424	34	15	18	31	1.92
787362--798582	951	11.8	948	86	2	13586	34	15	18	31	1.92
791227--792845	158	10.2	158	65	13	468	33	15	18	32	1.92
798581--810554	952	12.6	952	95	1	18144	35	15	18	30	1.92
798751--810554	475	24.8	474	86	3	15884	35	15	18	30	1.92
810188--810912	370	2.0	369	86	2	1026	34	15	19	30	1.93
810553--813290	476	5.8	473	86	4	3408	35	15	18	30	1.92
810553--813290	957	2.9	944	85	4	3808	35	15	18	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812924--813648	370	2.0	369	86	1	1024	35	15	19	30	1.92
813292--815560	945	2.4	936	84	5	2874	35	15	18	30	1.92
815184--815908	370	2.0	369	87	1	1042	35	15	19	30	1.92
815551--817952	474	5.1	475	84	3	3045	33	15	19	31	1.93
815554--817655	158	13.3	155	65	14	491	33	15	19	31	1.93
822914--823016	9	11.1	9	71	17	68	14	38	0	46	1.45
822908--822995	24	3.9	24	72	17	73	14	37	0	47	1.45
822893--823028	42	3.2	42	90	2	202	16	37	0	46	1.47
823786--823828	21	2.1	21	86	4	61	4	16	6	72	1.24
824035--824067	15	2.1	16	88	5	50	63	3	21	12	1.41
824973--834579	475	20.2	474	84	2	11912	34	14	19	31	1.92
825036--834369	158	59.0	155	65	14	2009	34	14	19	31	1.92
835324--835375	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
835324--835381	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
837445--837487	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
837928--837966	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
844129--844154	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
844109--844172	32	2.0	33	87	3	94	29	12	18	39	1.88
844548--846695	476	4.5	478	84	4	2762	34	15	18	32	1.92
844554--846695	951	2.2	951	87	2	3030	34	14	18	32	1.92
846981--847048	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
847002--847026	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846983--847045	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
847587--848025	55	8.0	55	95	1	740	28	29	20	21	1.98
848319--848388	19	4.0	19	77	21	80	34	11	12	41	1.79
848340--848364	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
848321--848383	32	2.0	32	93	0	108	34	12	14	38	1.84
848925--849583	55	12.0	55	91	3	1017	28	30	20	21	1.98
850405--850472	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
850426--850450	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
850407--850469	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
850512--850537	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5