genome.fa.s2259.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2259
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  410483

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 283 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209946--209992	18	2.6	18	83	6	51	8	46	2	42	1.46
209949--210067	42	2.8	42	87	0	175	9	44	2	43	1.49
213109--213134	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
214309--214355	24	2.0	24	84	12	62	61	12	4	21	1.48
216814--216880	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
217359--217384	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
217473--217528	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
217516--217545	10	3.0	10	90	0	51	40	6	30	23	1.80
217571--217707	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
217677--217747	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
217787--217827	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
223391--223509	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
223424--223499	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
223415--223500	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
223402--223479	9	9.0	9	69	8	54	10	43	2	43	1.52
223402--223476	18	3.8	18	71	19	60	10	42	2	44	1.53
225678--225702	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
228718--228784	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
229263--229288	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
229378--229433	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
229421--229450	10	3.0	10	90	0	51	40	6	30	23	1.80
229476--229612	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229582--229652	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
229692--229732	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
232127--232155	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
238126--238168	20	2.2	20	83	8	52	32	16	13	37	1.88
241243--241367	52	2.4	52	94	0	214	28	16	17	36	1.92
241243--241387	52	2.8	51	88	4	202	30	16	17	35	1.93
241356--241421	20	3.7	20	73	26	83	39	15	18	27	1.90
241376--241433	13	4.9	13	72	23	65	37	15	17	29	1.90
241355--241433	33	2.4	33	100	0	158	39	15	17	27	1.90
242016--242142	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
242092--242511	49	8.6	52	81	11	355	32	17	25	25	1.97
242209--242274	22	3.0	22	62	33	52	30	19	22	27	1.98
242200--242267	21	3.2	21	65	19	59	30	17	25	26	1.97
242155--242511	49	7.5	48	84	9	455	31	17	25	25	1.97
242146--242517	92	3.9	93	85	8	518	31	17	25	25	1.97
242145--242511	141	2.6	137	86	8	513	31	17	25	25	1.97
242525--242818	32	9.2	31	90	4	428	16	17	38	28	1.91
242821--243219	34	12.3	32	77	15	337	33	12	33	20	1.90
242955--243172	27	7.3	27	72	19	157	30	12	35	21	1.90
242955--243205	61	4.1	61	89	4	337	31	12	35	21	1.90
243137--243219	37	2.4	34	86	8	112	36	12	33	18	1.87
243223--243306	30	2.8	31	85	7	102	27	15	32	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244581--244635	12	4.2	13	82	13	67	3	1	12	81	0.89
247647--247676	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
247627--247693	33	2.0	33	88	5	100	37	17	11	32	1.87
247743--247816	32	2.3	33	86	6	98	43	16	14	25	1.86
247723--247767	13	3.2	13	82	17	63	37	13	15	33	1.86
247898--248309	208	2.0	208	93	2	704	35	12	11	41	1.78
251564--251615	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
251564--251621	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
254110--254135	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
256203--256233	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
260288--260339	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
260288--260345	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
265291--265344	28	1.9	28	96	0	99	33	16	14	35	1.90
265320--265412	35	2.7	35	76	3	107	27	17	12	41	1.86
265480--265548	32	2.2	33	78	7	79	33	26	10	30	1.89
265493--265663	32	5.3	32	73	9	98	35	23	15	25	1.94
265496--265703	96	2.2	96	77	1	229	37	24	14	24	1.93
265525--265683	64	2.5	65	77	8	157	34	25	16	23	1.95
266442--266509	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
266444--266506	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
266463--266487	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
266549--266574	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279111--279172	1	62.0	1	75	0	52	87	6	6	0	0.68
279112--279171	11	5.9	10	77	16	61	86	6	6	0	0.70
279111--279172	28	2.2	28	85	2	81	87	6	6	0	0.68
279123--279169	18	2.5	17	83	16	58	87	6	6	0	0.68
280135--280719	55	10.4	54	86	7	733	28	27	20	24	1.99
280190--280275	27	3.1	27	62	15	68	27	29	18	24	1.98
280135--280700	171	3.3	171	91	4	850	27	27	20	24	1.99
280136--280700	226	2.5	219	85	8	785	27	27	20	24	1.99
281544--281611	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
281546--281608	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
281565--281589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281651--281676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
281631--281697	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
282936--283015	33	2.4	33	87	0	115	40	27	6	26	1.80
286906--286930	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
289139--289183	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
290988--291018	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
293036--293115	20	3.8	20	75	15	79	27	15	13	43	1.84
293101--293139	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
293265--293308	22	2.1	21	84	16	56	31	18	4	45	1.69
295686--295743	13	3.9	13	73	26	53	41	15	13	29	1.86
295699--295763	20	3.6	20	73	26	81	44	15	12	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295685--295763	33	2.4	33	100	0	158	43	15	12	29	1.83
302054--302106	22	2.3	23	84	12	65	54	15	3	26	1.57
302138--302181	21	2.2	20	83	4	52	43	13	4	38	1.65
303511--303583	20	3.7	19	87	7	85	38	16	16	28	1.90
310399--310433	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
312020--312073	20	2.7	20	88	5	74	33	22	12	31	1.92
312118--312171	20	2.8	20	88	2	74	33	16	18	31	1.93
312418--312446	14	2.1	14	100	0	58	44	34	6	13	1.71
312699--312723	13	1.9	13	100	0	50	8	0	4	88	0.64
312892--312944	23	2.4	22	78	12	63	69	3	3	22	1.20
318245--318271	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
320690--320979	147	2.0	148	83	0	375	39	21	13	26	1.90
320999--321109	58	1.9	58	90	0	177	36	15	14	34	1.88
322976--323347	146	2.6	142	82	4	387	49	9	8	32	1.64
323124--323384	137	1.9	137	81	3	319	47	7	10	34	1.66
324220--324641	66	6.4	66	75	4	296	43	18	22	16	1.88
325646--325685	21	1.9	21	89	0	62	57	5	17	20	1.58
332564--332613	20	2.5	20	93	0	82	44	14	12	30	1.81
336206--336249	22	2.0	22	95	0	79	27	20	13	38	1.90
336676--336760	42	2.0	42	95	0	152	18	14	16	50	1.78
342308--342496	79	2.4	79	82	1	227	36	13	23	25	1.92
342430--342548	52	2.3	51	80	1	130	33	11	28	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342483--342903	80	5.3	80	79	4	358	34	12	25	27	1.91
342642--342926	77	3.7	78	85	4	360	37	9	23	29	1.87
342616--342904	155	1.9	157	88	2	440	35	11	23	29	1.90
345263--345366	32	3.2	32	95	0	172	39	17	16	26	1.90
345484--345508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
346199--346384	91	2.0	91	83	4	232	46	8	24	20	1.78
346436--346877	44	10.2	44	83	4	477	42	12	24	19	1.86
346421--346877	129	3.5	131	81	5	523	41	12	24	21	1.88
346436--346877	89	5.1	87	80	5	407	42	12	24	19	1.86
346850--347564	306	2.3	304	81	5	814	34	19	21	24	1.97

Tables:   1   2   3