genome.fa.s2259.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2259
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  410483

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 283 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--5167	474	11.0	477	81	5	5548	30	18	14	36	1.91
3289--5167	478	3.9	476	84	3	2190	31	18	14	36	1.90
6870--6952	42	2.0	42	85	0	112	49	1	38	10	1.46
14741--14859	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
14774--14849	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
14765--14850	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
14756--14826	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
18072--18102	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
18090--18169	42	1.9	42	89	0	124	32	16	12	38	1.86
18103--18173	20	3.5	20	65	14	54	35	12	14	38	1.84
19924--22481	476	5.4	475	83	6	3100	30	17	13	37	1.89
21123--22297	159	7.4	159	68	10	589	30	18	14	36	1.90
21847--23201	688	2.0	687	87	2	1954	30	18	13	37	1.90
23168--26550	475	7.1	475	86	1	4066	30	18	14	35	1.91
24198--26299	159	13.3	159	67	10	529	30	18	14	35	1.91
26794--26988	82	2.4	82	92	0	327	38	17	15	27	1.91
27002--32447	476	11.4	476	86	2	7191	35	15	18	30	1.92
32256--32663	216	1.9	216	87	2	595	32	15	19	31	1.94
32467--43523	476	22.8	477	78	8	8586	35	15	18	30	1.92
33370--34482	159	7.0	157	65	10	372	35	14	18	31	1.92
35190--35835	159	4.1	161	67	13	358	34	16	18	30	1.93
35930--36758	418	2.0	419	85	1	1108	36	14	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36338--43523	476	15.1	476	87	2	8889	35	15	18	30	1.92
36557--43493	159	43.8	159	65	10	1288	35	15	18	30	1.92
45310--45371	23	2.7	23	90	2	99	48	3	22	25	1.66
45994--46020	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
46009--46062	19	2.8	20	88	2	83	29	18	12	38	1.88
48486--48603	46	2.6	46	83	1	148	41	5	5	47	1.50
52162--52636	155	3.1	155	80	2	562	38	20	17	24	1.93
54394--54690	157	1.9	156	81	7	361	49	8	11	30	1.70
55866--55891	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
55847--55911	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
56675--56724	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
59506--59760	79	3.3	79	85	3	336	38	16	19	25	1.92
59798--60086	79	3.6	79	85	1	391	35	12	25	26	1.91
59526--60037	274	1.9	273	82	2	652	36	13	24	26	1.92
60511--60564	19	2.8	20	88	2	74	31	14	14	38	1.87
60594--60658	33	2.0	33	85	11	89	33	13	18	33	1.90
63603--63629	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
63711--63844	20	6.7	20	72	10	103	28	14	16	41	1.87
63771--63844	21	3.6	21	83	10	82	29	14	14	40	1.87
63833--63984	70	2.2	70	97	0	286	35	14	15	34	1.88
63833--64007	70	2.5	70	90	1	235	35	14	14	35	1.87
67998--68023	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70237--70281	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
74130--74207	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
76750--76775	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78035--78085	25	2.0	25	84	0	66	27	11	5	54	1.59
79311--79352	21	2.0	22	90	4	68	26	2	0	71	0.98
80610--80646	20	2.0	20	89	10	60	35	5	51	8	1.55
90178--90235	29	2.1	27	81	15	66	34	0	3	62	1.12
90464--90515	14	3.6	14	84	5	77	63	0	0	36	0.95
90464--90516	7	7.2	8	73	26	55	62	0	0	37	0.96
91530--91585	21	2.6	21	85	5	67	41	0	1	57	1.09
91562--91618	29	1.9	29	86	10	80	56	0	1	42	1.10
94647--94693	24	1.9	25	86	4	69	48	0	2	48	1.13
95546--95592	23	2.0	23	91	0	76	4	19	14	61	1.49
96879--96984	53	2.0	53	98	0	203	26	9	16	48	1.76
99917--99955	17	2.3	17	86	0	51	35	5	5	53	1.45
100672--100713	17	2.5	17	77	14	50	45	2	0	52	1.13
101179--101219	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
103458--103486	12	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
107383--107408	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
109722--109768	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
109889--109914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111999--112029	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113831--113875	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
116093--116118	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116268--116294	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
118829--118867	20	2.0	20	89	0	60	38	15	12	33	1.85
118921--118981	21	3.0	21	80	2	79	37	9	13	39	1.77
122940--123012	37	2.0	37	97	0	137	34	19	16	30	1.94
124065--124137	6	12.2	6	81	8	78	65	2	1	30	1.15
125908--126004	41	2.4	41	79	5	108	49	16	16	17	1.80
125899--126004	40	2.6	40	75	10	108	47	16	18	16	1.83
126487--126799	62	5.0	62	82	5	344	38	13	18	29	1.89
126482--126799	128	2.5	125	80	5	383	38	13	18	29	1.89
130137--130188	20	2.7	20	87	3	70	34	17	19	28	1.94
138282--138318	20	1.9	19	94	5	58	48	10	10	29	1.72
147025--147143	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
147058--147133	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
147049--147134	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
147040--147110	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
148989--149019	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
151245--151290	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
152948--153476	264	2.0	264	99	0	1040	39	8	22	29	1.84
153946--153971	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
153928--153991	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154930--155786	434	2.0	435	93	0	1482	37	17	16	28	1.91
156089--156189	20	5.8	20	69	29	95	30	20	13	34	1.92
156109--156167	13	5.0	13	71	23	58	33	18	15	32	1.92
156088--156187	33	3.0	33	98	0	191	32	21	14	33	1.92
159426--159547	52	2.3	52	92	0	199	27	16	18	37	1.92
159433--159568	52	2.6	52	86	4	168	31	16	16	35	1.91
159557--159581	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
159603--159669	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
159625--159649	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
160799--161035	78	2.9	80	77	7	239	33	22	8	35	1.85
170610--170695	24	3.8	24	70	17	76	40	2	46	10	1.51
170601--170719	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
177692--177744	13	4.5	13	73	26	64	37	16	13	32	1.88
177692--177760	33	2.1	33	91	5	113	37	18	13	30	1.89
177810--177836	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
184555--184581	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
184630--184696	33	2.0	33	85	5	91	37	13	14	34	1.86
193152--193205	15	3.4	15	73	14	54	9	50	1	38	1.45
193168--193229	18	3.6	18	72	12	58	11	43	1	43	1.50
193153--193223	33	2.2	33	92	0	115	11	46	1	40	1.48
193181--193252	12	6.5	11	75	16	53	11	47	1	40	1.48
193183--193262	42	1.9	42	92	0	133	8	46	1	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197688--197734	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
199432--199471	18	2.2	18	95	0	71	40	10	30	20	1.85
202500--202530	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
202574--202630	19	2.9	19	87	5	78	33	17	12	36	1.87
202615--202641	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
203753--203778	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
203868--203923	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
203911--203941	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
203965--204101	53	2.6	53	92	1	229	26	17	18	37	1.93
204181--204221	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76

Tables:   1   2   3