genome.fa.s229.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold229
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  643502

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61--111	21	2.4	21	90	6	77	80	3	3	11	0.98
721--1504	55	14.6	56	83	13	916	19	20	31	28	1.97
720--1508	269	2.9	268	85	11	1004	19	20	31	28	1.97
784--1508	216	3.4	216	85	11	937	19	19	31	28	1.97
2444--2523	1	80.0	1	82	0	97	0	3	5	91	0.51
14814--15102	52	5.5	53	70	14	197	33	14	24	26	1.94
14877--14944	28	2.4	27	88	9	93	26	19	30	23	1.98
15076--15157	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
14805--15217	212	1.9	213	94	2	722	32	13	25	28	1.94
17571--17596	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
17550--17616	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
17636--17703	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
17658--17682	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17639--17701	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
17759--17815	21	2.7	21	94	0	96	36	21	10	31	1.87
17820--17868	1	49.0	1	93	0	71	4	2	0	93	0.39
17820--17871	20	2.8	20	91	8	83	7	3	0	88	0.62
20304--20341	16	2.4	16	90	0	58	34	2	5	57	1.35
21687--21778	46	2.0	46	100	0	184	39	19	8	32	1.82
22297--22329	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
26468--26784	46	6.9	46	74	8	252	37	5	6	50	1.50
26465--26784	92	3.5	91	74	9	285	37	5	6	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26996--27045	20	2.6	19	79	20	59	32	0	4	64	1.12
27387--27411	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28917--28963	16	3.0	16	81	15	62	59	0	0	40	0.97
29158--29195	19	2.1	18	85	9	51	65	0	0	34	0.93
29182--29232	15	3.5	15	83	5	68	58	0	0	41	0.98
29202--29241	14	3.1	13	85	10	55	62	0	0	37	0.95
29204--29243	12	3.1	13	85	10	55	65	0	0	35	0.93
29173--29244	29	2.4	31	75	9	78	63	0	0	36	0.94
29855--29906	15	3.1	15	75	20	50	61	0	0	38	0.96
29857--29919	32	1.9	32	84	12	83	57	0	0	42	0.99
29835--29918	35	2.4	36	76	7	93	51	1	1	46	1.16
29869--29934	17	4.0	17	70	20	50	53	0	0	46	1.00
31343--31382	20	2.0	21	85	5	55	72	5	2	20	1.15
31673--31718	23	2.0	22	87	4	65	60	6	4	28	1.40
32977--33049	32	2.2	33	79	13	80	54	4	1	39	1.28
32991--33045	16	3.5	15	75	20	58	52	1	1	43	1.22
32991--33047	17	3.4	17	71	28	59	52	1	1	43	1.21
35539--35569	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
39068--39112	21	2.1	22	87	4	65	46	0	4	48	1.22
39148--39227	25	3.0	27	72	18	69	52	3	0	43	1.19
39136--39182	21	2.2	22	78	17	55	51	2	0	46	1.13
40138--40213	12	6.0	13	76	7	68	53	2	1	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40124--40208	25	3.3	25	80	11	84	55	2	1	41	1.20
40166--40214	24	2.0	25	92	4	82	55	4	2	38	1.31
40218--40264	15	3.1	16	75	9	53	55	0	0	44	0.99
43671--43710	19	2.2	18	86	4	53	40	0	2	57	1.12
44151--45678	764	2.0	764	99	0	3011	29	23	15	32	1.95
49333--49398	27	2.4	27	82	2	78	48	18	4	28	1.67
50149--50188	15	2.7	14	85	11	53	47	0	0	52	1.00
50927--51000	5	14.8	5	79	10	80	43	0	1	55	1.08
50939--51001	11	6.2	10	75	15	58	44	0	0	55	0.99
50927--51001	16	5.0	15	84	7	91	44	0	1	54	1.08
50985--51120	40	3.3	38	71	25	93	47	0	0	52	1.05
51042--51120	40	1.9	42	82	10	101	46	1	0	51	1.08
53581--53637	18	3.1	18	75	5	60	49	0	0	50	1.00
53937--53970	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
55021--55082	16	3.8	16	74	16	56	30	0	0	69	0.89
55371--55405	18	2.0	18	88	5	54	54	0	5	40	1.24
57999--58034	18	2.0	18	88	0	54	33	13	2	50	1.57
61370--61407	20	2.0	20	89	5	60	47	7	2	42	1.46
62216--62241	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63737--63761	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64042--64119	27	2.9	27	83	12	90	39	0	0	60	0.97
64065--64145	16	4.7	18	74	23	77	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64065--64143	34	2.3	34	87	10	117	44	0	0	55	0.99
64070--64148	18	4.1	18	69	29	56	41	0	0	58	0.98
64306--64339	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
64499--64539	18	2.3	18	95	0	73	9	0	46	43	1.36
67427--67457	16	1.9	16	100	0	62	35	6	6	51	1.53
69533--69580	25	1.9	25	87	8	71	58	0	14	27	1.37
73074--73127	25	2.0	28	86	10	78	50	1	1	46	1.23
75342--75372	14	2.2	14	94	0	53	45	12	3	38	1.59
81252--81283	17	1.9	17	93	6	57	6	18	0	75	1.01
86310--86343	16	2.1	17	88	5	52	50	2	0	47	1.16
86363--86468	35	3.0	34	78	10	122	43	0	0	54	1.13
86376--86479	35	2.9	35	85	5	129	42	0	0	56	1.05
86446--86501	25	2.1	24	81	15	58	39	5	0	55	1.23
87079--87156	38	2.1	38	86	9	108	38	1	1	58	1.14
87101--87156	19	3.0	18	71	7	58	35	0	0	64	0.94
87529--87654	17	7.8	17	62	25	51	52	0	2	44	1.19
87501--87614	29	4.0	28	81	9	124	53	0	2	42	1.20
87823--87857	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
87868--87921	21	2.5	22	82	11	58	57	0	7	35	1.27
87967--88058	38	2.3	39	78	16	91	56	0	2	41	1.11
88018--88105	28	3.1	27	77	7	95	53	1	2	43	1.20
88133--88162	9	3.2	9	95	4	51	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88342--88375	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
96227--96261	15	2.2	16	90	10	54	54	2	0	42	1.15
96368--96407	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
101040--101093	17	3.4	17	78	21	71	42	0	0	57	0.98
101038--101151	31	4.3	24	68	24	61	39	0	0	59	1.03
101037--101111	32	2.3	32	86	6	98	44	0	0	56	0.99
101013--101081	15	4.6	14	70	21	50	40	0	0	59	0.97
101042--101091	16	3.2	15	72	27	50	42	0	0	58	0.98
101008--101161	24	6.0	25	69	20	95	38	0	0	60	1.02
103560--103613	21	2.4	24	75	15	60	57	0	0	42	0.98
103556--103643	31	2.9	31	75	9	92	55	0	0	44	0.99
103587--103628	15	2.7	16	88	3	68	50	0	0	50	1.00
103614--103686	38	2.0	38	83	5	96	49	0	0	50	1.00
103638--103705	36	1.9	36	85	8	95	48	0	0	51	1.00
103633--103705	38	2.0	36	84	10	94	50	0	0	49	1.00
104582--104614	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
107598--107707	15	6.4	16	67	28	59	61	0	0	37	1.02
107615--107674	20	3.1	20	72	18	63	61	0	1	36	1.06
107594--107744	71	2.1	68	78	10	160	59	0	0	39	1.07
108039--108094	27	2.1	27	83	9	71	48	0	1	50	1.11
108091--108142	18	2.9	18	85	5	61	42	0	0	57	0.98
108113--108148	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108191--108225	16	2.1	17	89	5	54	71	0	0	28	0.86
108192--108283	11	8.1	11	71	18	55	60	2	5	31	1.31
108862--108913	11	4.6	11	77	13	52	67	1	1	28	1.12
109100--109166	34	2.0	34	85	5	91	52	0	1	46	1.09
109553--109658	22	4.8	21	74	18	81	49	0	2	48	1.16
109553--109628	16	4.8	16	73	12	68	50	0	2	47	1.15
109552--109655	15	7.4	14	67	24	58	50	0	2	46	1.16
109631--109672	20	2.1	20	86	0	57	50	2	4	42	1.36
109680--109727	17	2.8	17	84	9	62	58	0	0	41	0.98
110177--110237	17	3.8	16	73	14	54	60	1	1	36	1.16

Tables:   1   2   3   4   5