genome.fa.s229.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold229
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  643502

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111003--111066	28	2.3	28	83	5	76	46	3	1	48	1.27
111335--111491	24	7.3	21	66	21	78	56	0	0	42	1.09
111307--111438	45	2.9	43	81	12	124	57	0	0	41	1.04
111337--111456	34	3.4	33	79	12	123	55	0	0	44	1.05
111494--111520	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
113957--113994	19	2.0	19	90	10	60	47	0	0	52	1.00
114002--114064	31	2.1	32	82	14	80	49	1	0	49	1.10
114798--114897	30	3.4	30	80	2	96	27	8	10	55	1.61
115433--115458	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
116115--116139	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
116892--116933	22	1.9	22	85	9	59	45	0	0	54	0.99
116901--116948	22	2.3	22	86	10	66	35	0	0	64	0.94
121061--121096	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
123954--123982	11	2.5	12	88	11	51	86	6	0	6	0.72
132778--132883	54	2.0	54	98	0	203	32	23	19	24	1.98
135038--135124	32	2.7	32	82	3	95	45	1	6	45	1.37
140014--140071	23	2.5	24	75	13	59	41	1	1	55	1.20
141737--141789	17	3.4	16	74	25	51	56	0	0	43	0.99
141936--141969	17	2.1	17	94	5	61	41	0	0	58	0.98
142799--142919	61	2.0	61	95	0	215	37	9	25	27	1.88
143338--143385	2	24.0	2	78	0	51	43	2	6	47	1.40
143338--143385	12	4.0	12	86	0	60	43	2	6	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149613--149638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
149677--149752	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
149698--149770	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
149677--149770	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
152213--152251	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
152237--152315	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
154331--154361	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
158425--158450	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158489--158564	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
158510--158582	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
158489--158582	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
160984--161054	9	7.9	9	76	17	76	78	0	8	12	0.95
160984--161054	19	3.9	18	82	14	76	78	0	8	12	0.95
160980--161058	18	4.3	19	80	12	85	74	0	7	17	1.04
163292--163342	13	3.9	13	94	0	93	37	13	17	31	1.89
172264--172325	22	2.8	23	80	9	67	40	9	1	48	1.46
172273--172335	22	2.7	23	80	7	65	39	9	3	47	1.52
173786--173818	11	3.1	11	91	4	50	72	0	0	27	0.85
174275--174319	18	2.6	18	82	10	58	48	0	2	48	1.13
174445--174487	20	2.3	19	88	8	61	51	0	0	48	1.00
175374--175400	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
178200--178408	108	1.9	107	94	0	364	32	16	29	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184116--184209	31	3.2	27	67	22	73	47	0	0	52	1.00
184089--184193	21	5.0	21	71	12	74	43	0	0	55	1.06
184154--184209	21	2.4	24	77	20	64	46	0	0	53	1.00
184116--184198	21	4.0	21	73	9	89	49	0	0	50	1.00
186292--186342	26	2.0	26	84	7	68	45	0	1	52	1.12
186843--186872	14	2.1	14	93	0	51	60	3	0	36	1.14
186843--186876	15	2.4	14	90	5	50	55	2	0	41	1.15
186893--186925	8	4.1	8	88	11	50	78	0	0	21	0.75
187258--187295	18	2.2	17	86	13	51	76	0	2	21	0.91
188210--188250	21	2.0	20	86	13	57	34	2	0	63	1.08
189560--189599	18	2.3	17	86	4	53	72	2	0	25	0.97
190461--190497	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
190865--190909	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
197053--197127	2	38.0	2	79	2	80	46	4	2	46	1.35
198701--198743	22	1.9	23	90	4	70	67	0	0	32	0.91
198695--198720	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
198697--198864	79	2.2	73	81	15	182	56	2	3	36	1.32
199189--199244	31	1.9	30	86	13	82	30	1	8	58	1.39
199174--199481	141	2.2	141	80	7	345	29	1	13	54	1.49
199179--199705	72	7.4	71	76	10	432	29	2	13	55	1.50
199179--199705	210	2.5	211	79	9	566	29	2	13	55	1.50
199826--199850	12	2.1	12	100	0	50	24	16	0	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201155--202070	73	12.6	73	78	9	829	54	12	2	30	1.52
201159--202022	145	6.0	143	79	7	854	54	11	2	30	1.51
202401--202540	71	1.9	73	84	7	187	47	2	1	48	1.22
202532--202575	18	2.4	18	84	3	61	34	0	0	65	0.93
202518--202578	24	2.6	24	79	7	72	34	0	0	65	0.93
203167--203210	23	1.9	23	95	0	79	40	9	9	40	1.68
204320--204356	19	2.1	18	85	14	51	45	0	0	54	1.00
204324--204377	18	3.1	17	84	15	58	50	0	0	50	1.00
204866--205012	78	1.9	78	84	2	199	36	10	2	50	1.52
205227--205282	27	2.1	27	80	12	62	48	0	0	51	1.00
210292--210572	105	2.7	104	78	6	289	43	8	18	29	1.80
212683--212929	29	8.5	29	65	12	112	45	12	9	31	1.74
212653--212929	59	4.8	58	80	6	283	45	13	9	31	1.75
212653--212929	116	2.4	116	80	6	319	45	13	9	31	1.75
212894--212978	30	2.9	29	84	5	107	43	18	11	25	1.84
214569--214625	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
214681--214748	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
214702--214726	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
214683--214745	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
214788--214813	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
214768--214834	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
217277--217349	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217332--217502	51	3.3	51	77	4	189	29	25	11	33	1.91
217485--217566	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
219744--219785	21	2.0	21	85	0	57	33	16	14	35	1.89
221086--221463	59	6.5	56	73	12	230	28	10	14	47	1.76
221255--221343	29	3.0	28	70	23	76	30	7	12	49	1.69
221188--221466	118	2.4	117	80	7	298	29	10	13	46	1.77
221300--221482	59	3.1	59	79	3	156	28	10	13	47	1.76
222940--223002	26	2.5	26	79	7	67	46	0	3	50	1.17
223054--223131	25	2.9	27	78	16	65	50	3	2	43	1.34
224075--224125	20	2.5	21	83	6	68	43	0	1	54	1.11
227221--227269	17	2.7	19	81	12	59	40	0	2	57	1.10
229286--229341	17	3.2	16	76	14	58	35	0	1	62	1.06
229680--229719	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
231225--231281	27	2.2	26	80	3	60	43	0	1	54	1.10
231455--231485	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
232246--232292	25	1.9	26	83	12	64	53	0	0	46	1.00
232244--232324	21	4.0	21	71	17	64	48	0	0	51	1.00
232327--232355	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
232823--232871	20	2.5	20	86	3	64	67	0	0	32	0.91
237195--237222	7	4.0	7	100	0	56	28	28	14	28	1.95
238881--238909	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
239308--239354	22	2.1	22	84	4	58	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240067--240120	19	2.9	19	73	13	58	40	0	0	59	0.98
240076--240124	25	2.0	24	84	15	64	44	0	0	55	0.99
240149--240184	17	2.1	17	89	0	54	47	0	0	52	1.00
241530--241569	12	3.2	12	92	3	62	80	2	0	17	0.83
241530--241569	13	3.2	13	89	3	55	80	2	0	17	0.83
243986--244044	20	3.0	20	85	2	75	27	13	16	42	1.86
244022--244052	13	2.4	13	94	0	53	32	19	12	35	1.90
247630--247679	21	2.3	21	86	3	73	16	22	0	62	1.33
249283--249379	34	3.0	34	76	7	103	31	17	9	41	1.81
249816--249853	20	1.9	20	88	0	58	36	10	13	39	1.79

Tables:   1   2   3   4   5