genome.fa.s2292.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2292
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  332330

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692--718	6	4.5	6	100	0	54	62	0	0	37	0.95
4070--4104	17	2.0	18	88	5	54	28	0	0	71	0.86
4188--4222	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
5138--5253	13	9.2	13	67	19	50	55	1	2	40	1.24
11394--11419	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
11414--11454	22	2.0	20	90	9	64	39	0	0	60	0.96
11414--11484	24	3.0	24	80	11	60	40	0	1	57	1.07
12149--12182	14	2.4	14	100	0	68	79	0	11	8	0.94
12694--12776	27	3.1	26	77	17	82	50	1	2	45	1.22
12759--12815	12	5.2	12	79	16	52	45	0	1	52	1.11
17066--17112	22	2.3	20	79	13	51	48	4	0	46	1.21
18424--18531	54	2.0	54	100	0	216	31	16	14	37	1.89
18743--18787	13	3.2	14	84	9	56	60	0	0	40	0.97
18779--18818	20	2.1	19	86	9	55	40	0	2	57	1.12
18845--18885	19	2.2	19	86	4	57	39	2	0	58	1.11
18850--18900	9	5.6	9	74	21	52	37	1	0	60	1.08
18796--18886	16	5.3	18	72	17	59	35	4	1	59	1.25
18788--18915	49	2.6	49	80	11	129	35	3	1	60	1.22
18814--18915	50	2.0	49	80	14	111	34	3	0	60	1.21
24177--24225	15	3.2	16	81	16	59	42	0	0	57	0.99
24175--24227	16	3.4	15	75	15	54	43	0	0	56	0.99
24198--24245	24	1.9	25	87	8	71	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24230--24276	6	8.3	6	81	9	55	34	2	0	63	1.06
24170--24250	31	2.7	30	78	17	87	41	1	0	56	1.07
24230--24276	17	2.8	17	87	3	69	34	2	0	63	1.06
24234--24276	11	3.9	11	76	11	52	32	2	0	65	1.06
24583--24622	19	2.2	18	86	13	55	62	0	0	37	0.95
24583--24623	21	2.1	19	86	9	55	60	0	0	39	0.96
25158--25189	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
29096--29431	113	2.9	111	85	4	413	17	17	29	35	1.93
29153--29545	172	2.3	172	86	0	561	17	16	30	36	1.92
29154--29570	113	3.6	113	79	9	411	17	16	30	35	1.91
29154--29545	59	6.8	59	80	5	435	17	16	30	35	1.92
36182--36222	21	1.9	22	85	14	59	29	12	17	41	1.85
36209--36307	43	2.3	43	80	1	117	33	7	10	49	1.63
41113--41188	29	2.6	28	81	4	71	36	19	15	27	1.93
41358--41514	85	1.8	86	95	4	291	49	8	2	40	1.47
41358--41537	85	2.2	83	90	7	258	50	8	3	37	1.49
41549--41579	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
41595--41651	17	3.4	17	81	13	73	71	1	0	26	0.95
41595--41650	3	18.7	3	82	14	71	71	1	0	26	0.96
41595--41668	26	3.0	24	83	14	82	70	2	0	27	1.01
41917--42015	45	2.2	44	81	12	112	36	7	15	41	1.74
44055--44099	15	3.1	15	87	6	65	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45583--45619	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
46662--46697	13	2.8	13	91	0	54	13	8	0	77	0.98
50979--51009	12	2.6	12	94	0	53	32	0	6	61	1.21
51223--51356	46	3.0	45	85	3	180	37	5	2	54	1.37
52165--52205	13	3.2	13	83	12	50	26	0	0	73	0.84
52163--52208	21	2.3	19	82	17	58	26	0	0	73	0.83
52289--52323	15	2.2	16	90	5	54	34	2	0	62	1.10
54704--54753	2	25.0	2	91	0	82	48	2	2	48	1.24
55127--55183	27	2.1	29	83	9	75	54	1	0	43	1.10
58040--58070	14	2.1	15	94	5	55	70	9	0	19	1.14
58046--58085	20	2.1	19	95	4	71	72	5	0	22	1.04
61048--61104	17	3.4	17	81	13	64	40	0	1	57	1.09
62571--62638	21	3.3	21	71	18	63	45	0	0	54	0.99
63086--63117	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
64131--64184	19	2.6	21	77	17	58	55	0	0	44	0.99
64156--64218	23	2.8	22	76	7	72	50	0	0	49	1.00
64528--64553	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
64678--64703	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
70176--70232	25	2.5	24	83	11	66	49	1	0	49	1.11
70386--70427	20	2.0	20	82	13	50	64	0	0	35	0.94
70352--70449	18	5.4	19	66	23	68	55	2	1	41	1.18
70420--70505	43	2.1	39	83	10	102	51	1	10	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70509--70533	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
75352--75379	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
75353--75394	22	1.9	22	90	9	68	35	0	0	64	0.94
75375--75425	25	1.9	25	84	11	66	49	0	0	50	1.00
76028--76059	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
76521--76565	23	2.0	23	90	0	72	35	13	17	33	1.89
78738--78767	16	1.9	16	93	6	53	50	0	10	40	1.36
78874--78899	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
79139--79163	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
80258--80305	20	2.4	21	86	6	64	10	6	6	77	1.13
80261--80305	19	2.2	20	84	7	56	11	6	6	75	1.18
87220--87607	88	4.6	83	77	6	282	31	16	13	37	1.88
87281--87639	88	4.1	88	82	1	407	32	15	13	37	1.87
87141--87645	175	2.9	174	79	9	506	32	16	13	38	1.87
87592--87694	53	1.9	54	86	11	149	33	12	11	41	1.79
88071--88120	15	3.3	15	85	0	73	12	18	22	48	1.80
90151--90212	19	3.2	19	90	4	106	43	16	0	40	1.48
90153--90212	20	3.0	20	92	2	104	45	16	0	38	1.48
90268--90293	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
90642--90676	12	2.8	12	91	8	52	88	11	0	0	0.51
90633--90674	21	2.0	22	90	4	68	83	14	0	2	0.75
90642--90676	13	2.7	13	86	0	52	88	11	0	0	0.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90738--90784	13	3.7	13	80	2	51	55	0	2	42	1.12
92254--92306	25	2.2	24	86	3	70	26	1	5	66	1.25
93739--93788	17	2.8	18	87	9	75	22	10	0	68	1.19
94214--94250	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
94811--94856	16	2.8	17	77	12	51	41	0	0	58	0.98
95379--95426	21	2.4	20	83	13	55	37	0	6	56	1.25
95800--95839	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
96342--96381	19	2.0	20	90	4	64	50	0	2	47	1.14
96342--96389	19	2.5	19	80	12	62	50	0	2	47	1.12
96506--96597	48	1.9	48	97	0	175	28	19	7	44	1.78
97403--97429	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
97440--97479	20	2.0	20	85	9	55	45	2	2	50	1.28
98142--98198	29	1.9	29	86	10	80	45	0	1	52	1.11
98324--98361	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
101351--101396	23	2.0	23	83	8	58	60	0	0	39	0.97
101674--101716	11	4.0	11	78	6	52	32	0	0	67	0.91
101664--101714	21	2.5	21	80	3	68	39	0	0	60	0.97
101672--101808	26	5.2	27	65	17	72	37	1	0	61	1.05
101671--101782	17	6.2	19	68	14	60	38	0	0	61	0.96
101719--101768	24	2.0	25	88	3	75	42	0	0	58	0.98
101832--101877	20	2.4	19	82	7	56	39	0	0	60	0.97
103479--103518	15	2.6	16	77	22	50	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104194--104236	20	2.2	20	83	8	52	48	6	0	44	1.29
107068--107129	31	2.0	31	90	6	99	17	41	17	22	1.90
107154--107202	16	3.1	16	71	11	55	34	34	16	14	1.89
107978--108008	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
107720--109697	991	2.0	985	92	1	3302	35	11	13	39	1.80
110539--110616	36	2.2	36	97	2	149	32	10	5	52	1.57
110900--110926	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
111886--111945	31	1.9	31	93	6	104	31	16	10	41	1.81
112547--112603	15	3.6	16	75	20	57	31	0	5	63	1.17
112547--112609	31	2.0	32	87	9	94	33	0	6	60	1.22

Tables:   1   2   3