genome.fa.s2292.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2292
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  332330

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 299 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112547--112603	17	3.5	17	72	18	59	31	0	5	63	1.17
112547--112635	16	5.6	16	70	16	60	31	1	6	60	1.30
112762--112801	16	2.7	15	85	11	55	37	0	2	60	1.11
113451--113526	30	2.8	25	75	17	71	50	5	6	38	1.51
113713--113746	17	2.0	17	88	11	52	35	0	11	52	1.38
114164--114214	20	2.6	19	81	9	59	50	1	0	47	1.12
114177--114243	22	3.0	22	75	24	68	59	0	0	40	0.97
114192--114236	21	2.2	20	84	7	56	60	0	0	40	0.97
114361--114436	5	15.4	5	76	11	50	44	1	2	51	1.23
114830--114865	17	2.1	18	94	5	65	44	0	0	55	0.99
114824--114876	15	3.4	15	82	10	70	49	0	0	50	1.00
116112--116176	21	3.1	21	86	6	89	32	23	7	36	1.83
124307--124345	16	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
126457--126487	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
126452--126489	12	3.2	12	88	0	58	0	39	0	60	0.97
131867--132222	186	2.0	178	83	5	444	45	8	5	40	1.57
133875--133916	22	1.9	22	85	9	59	61	0	0	38	0.96
136588--136629	21	2.0	21	86	13	59	19	4	14	61	1.49
140819--140893	20	3.8	20	72	0	69	34	13	9	42	1.76
145117--145158	21	2.0	21	90	0	66	16	11	7	64	1.48
145483--145518	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
152378--152506	52	2.5	52	98	0	249	28	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152512--152539	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
152582--152679	19	5.7	19	69	27	76	36	16	12	34	1.86
152580--152677	32	3.0	32	95	1	169	35	16	12	35	1.86
152601--152657	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
155782--155900	42	2.8	42	90	0	175	11	43	0	43	1.46
155816--155891	12	6.8	12	76	19	60	13	46	1	39	1.51
166218--166677	28	15.9	28	84	4	515	30	30	16	23	1.96
166218--166676	57	7.9	58	85	4	547	30	30	16	23	1.96
166218--166682	200	2.3	201	86	2	621	29	29	16	23	1.96
166776--166844	33	2.1	33	88	0	102	23	24	21	30	1.99
167227--167298	20	3.6	20	78	0	81	33	15	9	41	1.80
172292--172338	20	2.3	20	96	0	85	55	4	0	40	1.19
173828--173856	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
173854--173891	18	2.0	20	85	10	53	34	23	18	23	1.96
174832--174882	15	3.4	15	71	10	50	41	0	3	54	1.19
174920--174967	22	2.2	22	88	7	71	52	0	0	47	1.00
176498--176547	21	2.4	21	86	6	66	34	2	0	64	1.05
176898--177036	39	3.6	39	77	1	127	40	5	12	41	1.66
186445--186496	27	1.9	27	84	0	68	42	5	13	38	1.68
186721--186788	21	3.4	21	76	12	79	52	0	0	47	1.00
186731--186773	22	1.9	21	86	13	59	55	0	0	44	0.99
187710--188840	228	5.0	226	81	3	1059	22	25	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187737--188840	456	2.4	456	82	1	1282	21	25	23	29	1.99
190088--190126	17	2.2	18	86	4	53	56	5	0	38	1.22
190234--190266	14	2.2	16	89	10	52	48	0	0	51	1.00
190620--190678	17	3.4	17	86	9	59	50	0	0	49	1.00
190638--190678	16	2.5	17	92	4	66	51	0	0	48	1.00
190670--190739	19	3.7	19	77	17	67	57	0	0	42	0.99
190912--191001	21	3.9	22	71	22	60	52	1	0	46	1.07
190975--191023	15	3.2	15	80	8	55	55	0	2	42	1.11
191534--191597	24	2.6	25	73	16	69	54	1	1	42	1.19
191533--191591	22	2.9	21	80	14	61	50	1	1	45	1.21
192263--192308	16	2.9	15	84	9	56	58	2	0	39	1.10
192811--192866	28	2.0	29	86	6	80	51	0	0	48	1.00
193008--193061	2	27.5	2	88	3	83	44	0	3	51	1.19
193564--193656	49	2.0	49	84	12	126	31	2	4	62	1.26
193562--193631	21	3.3	20	75	11	68	30	1	2	65	1.15
194379--194427	20	2.5	20	93	0	80	46	6	32	14	1.69
197757--197832	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
197777--197850	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
197757--197850	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
202901--203088	79	2.4	80	83	5	222	34	13	24	27	1.93
203023--203187	51	3.2	51	76	9	183	32	11	26	29	1.91
203159--203423	79	3.4	78	70	11	234	33	12	27	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203274--203328	27	2.0	27	96	0	101	45	7	21	25	1.77
203144--203458	157	2.0	157	93	0	540	34	12	26	26	1.92
203360--203466	51	2.1	51	82	3	126	29	10	28	30	1.90
203411--203588	79	2.2	79	82	4	198	29	15	26	27	1.96
203302--203553	130	1.9	130	91	0	414	32	12	26	28	1.93
203539--203616	28	2.8	27	88	9	104	23	20	32	24	1.98
203600--203767	51	3.3	51	81	1	212	32	8	25	33	1.87
206122--206178	20	2.9	19	86	5	69	47	15	14	22	1.82
206230--206268	20	2.0	20	94	0	69	28	10	23	38	1.87
208984--209059	37	2.1	36	85	11	102	56	0	0	43	0.99
211009--211053	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
211729--211761	11	3.1	11	91	4	50	0	15	0	84	0.61
211728--211757	16	1.9	16	93	6	53	0	13	0	86	0.57
212110--212160	24	2.3	22	90	10	77	49	0	1	49	1.12
212111--212188	12	6.2	12	71	25	56	52	1	1	44	1.17
222311--222343	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
223585--223641	12	3.9	14	76	19	55	64	0	1	33	1.04
223585--223641	11	5.2	11	76	21	57	64	0	1	33	1.04
223610--223663	28	2.0	27	88	3	81	59	0	1	38	1.08
223629--223670	20	2.1	20	86	8	59	52	0	0	47	1.00
223631--223670	18	2.1	20	86	9	57	52	0	0	47	1.00
224012--224059	22	2.2	22	85	14	64	64	6	0	29	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226790--226840	20	2.5	20	83	0	66	37	17	9	35	1.83
227440--227501	29	2.1	28	80	16	65	64	1	3	30	1.19
227766--227799	11	3.1	11	82	0	50	17	0	11	70	1.16
227766--227807	22	1.9	22	85	0	57	21	2	9	66	1.32
227803--227838	18	1.9	19	88	5	56	47	0	0	52	1.00
227826--227872	17	2.7	18	78	21	55	31	0	0	68	0.90
229234--229291	22	2.7	22	76	7	66	65	1	0	32	1.03
229238--229291	14	3.7	14	78	12	56	66	1	0	31	1.02
232626--232691	18	3.6	18	73	16	64	54	1	0	43	1.09
232620--232678	19	3.2	19	78	9	59	59	0	1	38	1.08
233355--233483	61	2.1	63	86	2	190	32	6	1	58	1.34
233355--233490	62	2.2	62	86	4	193	33	7	1	58	1.35
233913--233949	18	2.1	18	90	10	58	37	2	0	59	1.12
233941--233993	23	2.3	23	83	9	63	26	7	0	66	1.18
235119--235184	22	3.0	23	76	12	68	62	0	0	37	0.96
235090--235186	49	2.0	50	80	13	112	59	0	0	40	0.97
235333--235393	18	3.3	19	75	9	63	34	3	0	62	1.12
235375--235408	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
235357--235407	26	1.9	27	84	4	68	35	1	0	62	1.06
235567--235608	19	2.2	19	82	0	57	30	9	11	47	1.72
239339--239371	2	16.5	2	93	0	57	0	3	48	48	1.17
240474--240522	14	3.6	14	80	2	55	67	0	2	30	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243624--243654	4	7.8	4	92	0	53	29	0	19	51	1.47
243620--243654	12	2.9	12	95	0	61	31	0	17	51	1.45
246592--246630	20	2.0	20	90	10	62	51	0	2	46	1.14
249792--249829	20	1.9	20	89	10	60	18	0	0	81	0.69
249792--249821	6	4.8	6	95	4	51	16	0	0	83	0.65
251209--251233	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
251695--251805	12	9.3	12	69	20	56	45	0	0	54	0.99
251774--251798	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
256518--256549	14	2.2	15	94	5	57	62	0	0	37	0.95
258172--258240	20	3.2	20	68	20	57	33	1	0	65	1.02

Tables:   1   2   3