genome.fa.s2308.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2308
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  385994

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 259 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2768--2874	32	3.4	31	79	15	105	58	1	0	38	1.15
2807--2865	8	7.5	8	73	17	52	57	1	0	40	1.09
3734--3764	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
7735--7798	28	2.2	29	80	5	76	56	1	0	42	1.09
9668--9703	18	2.0	18	88	0	54	86	8	5	0	0.72
18305--18334	7	4.1	7	95	4	51	26	0	0	73	0.84
18340--18378	15	2.4	17	91	8	64	46	0	0	53	1.00
19022--19074	18	2.9	18	75	13	54	52	3	0	43	1.19
19038--19200	78	2.0	78	86	6	220	58	1	0	39	1.06
19147--19181	14	2.5	14	90	0	52	57	0	0	42	0.99
19160--19201	19	2.2	19	86	4	57	69	0	0	30	0.89
19036--19203	79	2.1	82	84	8	229	58	1	0	40	1.06
19606--19651	19	2.4	19	77	0	56	56	0	6	36	1.25
24019--24053	16	2.3	15	90	5	52	48	0	2	48	1.16
24019--24055	15	2.4	16	90	4	58	45	0	2	51	1.15
24098--24165	32	2.1	32	89	5	102	30	1	8	58	1.37
24611--24709	28	3.6	28	74	9	96	61	0	2	36	1.07
24650--24694	10	4.9	9	81	13	56	73	0	0	26	0.84
24648--24741	25	3.8	25	64	18	63	64	0	0	35	0.94
25108--25145	18	2.1	18	100	0	76	73	5	5	15	1.19
25980--26016	15	2.4	16	90	4	58	43	0	0	56	0.99
27479--27516	20	1.9	20	88	0	58	26	5	0	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28298--28333	18	2.0	18	100	0	72	44	16	33	5	1.71
32839--33289	162	2.8	162	94	0	767	32	17	23	26	1.97
33998--34038	21	2.0	21	100	0	82	24	17	24	34	1.96
37405--37437	10	3.0	11	86	13	50	24	0	0	75	0.80
41538--41565	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
45331--45374	21	2.1	21	83	8	54	43	2	0	54	1.12
53306--53363	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
53353--53418	27	2.4	27	84	0	87	25	9	19	45	1.80
55832--55889	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
55879--55944	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
55906--55975	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
58284--58320	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
58485--58654	84	2.0	84	100	0	340	30	19	8	41	1.80
60338--60390	24	2.4	20	78	15	52	66	3	0	30	1.10
60333--60391	30	2.0	30	83	6	75	64	3	0	32	1.10
60800--60877	10	7.8	10	72	18	56	39	0	2	57	1.12
60909--60950	15	2.8	15	80	19	52	35	0	2	61	1.09
61559--61634	23	3.2	24	73	23	63	52	1	1	44	1.17
61661--61702	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
64037--64147	56	2.0	56	96	0	204	35	25	7	32	1.83
64049--64137	28	3.2	28	65	23	78	34	26	5	32	1.80
64882--64934	16	3.1	17	81	13	65	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64886--64929	6	7.8	6	82	12	58	34	0	0	65	0.93
65696--65726	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
68503--68548	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
69828--69876	23	2.1	23	88	0	71	51	8	14	26	1.70
70054--70101	18	2.7	18	80	9	53	60	2	18	18	1.46
72169--72202	7	4.9	7	96	0	59	29	0	55	14	1.40
72270--72308	17	2.3	17	86	0	51	41	28	5	25	1.77
72289--72370	28	2.9	28	92	0	146	51	19	8	20	1.73
74276--74321	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
76880--76918	17	2.3	17	86	0	51	41	28	5	25	1.77
76899--76980	28	2.9	28	92	0	146	51	19	8	20	1.73
79277--79320	17	2.6	17	82	7	54	36	4	0	59	1.18
85006--85030	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85530--85568	12	3.2	12	82	7	51	48	0	7	43	1.31
85596--85644	21	2.2	21	85	10	62	38	0	2	59	1.09
90068--90367	162	1.9	161	83	6	392	34	18	20	27	1.95
90946--90981	15	2.3	16	90	4	56	33	2	11	52	1.51
92646--92745	36	3.0	34	76	11	91	43	0	1	56	1.06
92719--92763	16	2.8	16	86	3	54	55	0	2	42	1.12
97988--98023	10	3.7	10	88	3	56	0	38	2	58	1.13
98803--98835	6	5.3	6	96	3	57	48	0	0	51	1.00
100551--100624	33	2.3	32	79	9	78	43	1	8	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100593--100652	27	2.3	26	81	13	70	50	0	8	41	1.33
103814--103839	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
108973--109689	162	4.4	161	84	3	902	34	16	22	26	1.95
110961--111177	34	6.4	34	89	0	310	24	7	27	40	1.83
110961--111178	102	2.1	101	92	3	366	24	7	27	40	1.82
111484--111527	19	2.3	19	92	0	70	27	18	20	34	1.96
112289--112327	21	1.9	20	84	5	51	41	7	30	20	1.80
115594--115812	34	6.5	34	89	0	314	25	7	26	40	1.83
115594--115813	102	2.2	101	92	3	370	25	7	26	40	1.82
117784--117812	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
117812--117845	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
118844--118891	20	2.3	22	86	10	66	54	2	2	41	1.24
122007--122067	18	3.6	16	75	16	59	36	1	0	62	1.05
122869--122945	28	2.8	27	84	5	93	23	6	23	46	1.75
122869--122934	27	2.4	27	87	7	89	24	7	21	46	1.76
125520--125565	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
127449--127519	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
127843--127873	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
130432--130475	17	2.6	17	85	0	61	36	2	0	61	1.09
134210--134296	37	2.4	37	88	3	122	44	9	31	14	1.77
134790--134905	43	2.7	43	98	1	223	23	20	17	38	1.93
137844--137899	28	2.0	28	100	0	112	50	21	10	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138951--138983	10	3.4	10	87	4	50	63	0	0	36	0.95
138988--139038	19	2.7	20	75	22	56	50	0	0	49	1.00
139585--139656	18	4.2	17	77	11	67	52	1	1	44	1.18
143808--143852	21	2.1	21	88	8	65	42	0	0	57	0.98
144556--144603	16	3.1	16	85	11	64	58	2	0	39	1.10
145104--145200	47	2.1	47	100	0	194	54	4	16	24	1.59
145914--145955	20	2.0	21	86	4	59	50	0	0	50	1.00
149376--149425	18	2.7	18	84	12	57	12	10	0	78	0.98
149376--149425	20	2.5	21	84	12	61	12	10	0	78	0.98
151923--151964	19	2.2	19	86	0	57	26	0	2	71	0.98
156237--156307	27	2.6	27	84	6	81	25	5	22	46	1.73
158895--158940	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
160824--160894	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
161602--161627	9	2.9	9	100	0	52	88	11	0	0	0.52
161911--161935	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
164181--164233	18	2.9	18	75	13	54	52	3	0	43	1.19
164157--164227	37	1.9	37	82	0	88	46	2	0	50	1.16
164240--164296	18	3.3	18	74	13	57	59	0	0	40	0.97
164320--164354	14	2.5	14	90	0	52	57	0	0	42	0.99
164197--164373	93	1.9	96	88	7	272	57	1	0	41	1.10
164333--164374	19	2.2	19	86	4	57	69	0	0	30	0.89
164780--164822	19	2.3	19	83	0	50	55	0	6	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167187--167251	32	2.1	31	82	8	78	53	6	4	35	1.46
167464--167506	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
170168--170195	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
170335--170386	24	2.2	24	89	6	79	28	3	0	67	1.08
179374--179442	30	2.2	31	85	10	88	44	4	11	39	1.61
179374--179451	30	2.5	30	79	10	77	43	5	11	39	1.63
182694--182740	21	2.3	21	92	3	78	21	19	25	34	1.96
182830--182886	22	2.5	23	83	11	73	57	1	0	40	1.09
182851--182896	12	3.9	12	75	16	51	52	0	0	47	1.00
182830--182889	23	2.7	22	87	7	77	58	1	0	40	1.08

Tables:   1   2   3