genome.fa.s2308.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2308
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  385994

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 259 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185350--185380	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
185351--185392	16	2.8	15	85	7	50	47	0	4	47	1.23
186720--186775	28	2.0	28	96	0	103	25	7	30	37	1.82
187069--187208	69	2.0	69	93	2	237	30	15	20	34	1.93
186934--187370	231	1.9	231	93	1	752	32	16	22	29	1.95
187138--187694	162	3.4	162	91	2	897	32	17	22	27	1.96
187300--188087	393	2.0	393	91	1	1283	32	17	22	27	1.97
187624--187763	69	2.0	69	93	2	237	30	17	20	31	1.96
186935--188804	555	3.4	555	94	0	3233	32	16	22	27	1.96
187464--187925	231	2.0	231	93	1	784	32	17	22	27	1.96
187693--188249	162	3.4	162	89	2	859	32	17	22	26	1.96
187855--188639	393	2.0	393	91	1	1259	33	16	22	27	1.96
188179--188315	69	2.0	69	91	2	222	32	16	17	33	1.92
188019--188477	231	2.0	231	91	1	742	33	16	21	28	1.95
188248--190225	162	12.2	162	94	0	3280	33	16	23	26	1.96
187138--189117	717	2.8	707	81	9	2435	33	16	23	27	1.96
194221--194289	30	2.2	31	85	10	88	46	4	8	40	1.55
196364--196396	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
197118--197147	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
201754--201791	14	2.8	14	88	4	51	63	0	0	36	0.95
202285--202360	23	3.1	23	78	14	73	56	0	1	42	1.07
202740--202777	19	2.0	19	89	0	58	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202740--202786	15	2.8	16	81	12	51	40	0	0	59	0.97
204934--204981	21	2.3	21	85	7	62	37	4	25	33	1.75
204951--204993	20	2.1	21	86	4	61	37	4	18	39	1.72
208386--208436	26	2.0	25	84	7	66	64	3	0	31	1.11
208621--208670	16	3.2	16	78	10	59	48	0	4	48	1.20
208841--208873	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
209913--209958	23	2.0	22	87	4	65	47	0	0	52	1.00
219503--219629	63	2.0	63	100	0	254	31	15	20	32	1.94
223775--223813	14	2.7	14	88	4	51	84	2	5	7	0.84
224203--224261	28	2.1	28	84	9	75	49	6	8	35	1.60
226710--226765	27	2.0	28	86	3	78	55	5	5	33	1.45
228605--228633	15	1.9	15	100	0	58	20	6	3	68	1.27
228890--228963	20	4.3	19	74	23	74	63	0	0	36	0.95
228897--228958	13	4.8	13	74	20	58	62	0	0	37	0.95
228882--228951	32	2.1	34	92	5	117	62	0	0	37	0.95
230796--230851	28	2.0	28	100	0	112	50	21	10	17	1.77
235401--235456	28	2.0	28	96	0	103	50	19	10	19	1.77
236545--236596	19	2.7	21	77	19	60	51	0	0	48	1.00
237139--237210	18	4.2	17	77	11	67	52	1	1	44	1.18
237841--237882	21	2.0	20	86	13	59	40	4	0	54	1.21
240793--240837	21	2.1	21	88	8	65	42	0	0	57	0.98
241532--241585	17	3.3	16	82	14	58	57	1	1	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241543--241588	16	2.9	16	84	12	60	60	2	0	36	1.09
242090--242186	47	2.1	47	96	0	176	52	4	18	24	1.63
242854--242891	21	1.9	21	84	10	53	47	0	2	50	1.15
245096--245129	4	8.5	4	87	12	52	23	0	0	76	0.79
245096--245129	16	2.1	17	94	5	61	23	0	0	76	0.79
246330--246368	20	2.0	19	90	5	60	12	10	0	76	1.01
250090--250125	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
253252--253280	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
255527--255579	18	2.9	18	75	13	54	52	3	0	43	1.19
255503--255573	37	1.9	37	82	0	88	46	2	0	50	1.16
255581--255720	43	2.9	48	71	19	123	57	0	0	40	1.09
255667--255701	14	2.5	14	90	0	52	57	0	0	42	0.99
255543--255720	94	1.9	96	87	8	265	57	1	0	41	1.10
255680--255721	19	2.2	19	86	4	57	69	0	0	30	0.89
256127--256169	19	2.3	19	83	0	50	55	0	6	37	1.27
257852--257913	27	2.3	28	83	10	76	50	0	0	50	1.00
258434--258484	24	2.1	24	82	7	59	54	3	0	41	1.19
258522--258567	24	2.0	23	86	4	65	52	0	0	47	1.00
258834--258877	22	2.0	22	82	8	54	34	2	0	63	1.07
261682--261734	24	2.2	24	83	6	63	32	3	1	62	1.24
261689--261742	25	2.2	24	87	9	74	29	7	3	59	1.42
261928--261976	15	3.5	14	72	10	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269723--269748	12	2.2	12	100	0	52	42	11	7	38	1.70
271343--272401	530	2.0	530	99	0	2091	36	11	12	39	1.80
275417--275472	28	2.0	28	100	0	112	25	7	28	39	1.82
275766--275905	69	2.0	69	91	2	228	30	16	20	33	1.94
275631--276067	231	1.9	231	95	0	786	31	15	21	30	1.95
275835--276312	162	3.0	162	93	1	807	31	16	23	28	1.96
281177--281552	202	1.9	201	91	1	619	34	10	23	31	1.89
282795--282826	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
283465--283501	15	2.6	14	83	8	56	81	0	18	0	0.70
283447--283500	19	2.8	18	81	18	56	77	0	20	1	0.86
290500--290533	16	2.1	16	88	5	50	73	0	0	26	0.83
291452--291499	23	2.1	23	84	7	62	37	20	0	41	1.53
291599--291650	26	2.0	26	84	0	68	55	13	9	21	1.66
292028--292075	19	2.5	19	83	9	62	37	0	0	62	0.95
292607--292652	2	23.0	2	84	0	56	47	4	4	43	1.42
294374--294423	24	2.1	24	88	0	73	28	2	16	54	1.53
294384--294436	24	2.2	24	82	0	61	41	1	13	43	1.54
295248--295314	22	2.8	24	75	13	66	37	2	1	58	1.23
298872--299178	149	2.1	149	88	4	460	50	4	5	40	1.44
301527--301560	18	1.9	18	88	5	52	64	2	0	32	1.08
304463--304489	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
306024--306111	39	2.2	40	83	6	115	60	1	2	36	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306060--306119	24	2.5	23	76	15	68	56	1	0	41	1.09
310999--311029	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
312865--313101	117	2.0	115	83	4	296	53	4	5	36	1.46
313243--313283	22	1.9	22	85	14	59	63	7	9	19	1.48
313529--313559	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
314649--314677	11	2.6	11	100	0	58	34	0	0	65	0.93
315002--315052	16	3.1	17	88	8	79	64	0	0	35	0.94
316505--316543	20	2.0	20	84	0	51	53	2	0	43	1.14
317082--317136	24	2.2	26	77	6	60	49	3	0	47	1.19
317135--317168	15	2.3	15	90	5	52	55	0	2	41	1.15
317129--317188	23	2.6	25	77	12	67	60	0	1	38	1.07
317813--317866	13	4.2	13	80	13	58	70	1	0	27	0.98
317807--317869	12	5.0	12	75	16	56	66	1	0	31	1.01
319797--319835	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
319899--319927	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
319948--319986	2	19.5	2	83	0	51	0	2	53	43	1.14
320386--320428	22	2.0	22	90	0	68	37	4	6	51	1.50
327214--327266	22	2.5	20	76	14	52	47	3	0	49	1.19
327894--327943	20	2.4	21	86	3	75	34	0	4	62	1.14
328080--328112	15	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
328118--328168	21	2.4	22	83	3	68	43	0	0	56	0.99
328375--328424	11	4.6	11	80	11	59	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330980--331036	23	2.5	21	78	15	60	61	0	0	38	0.96
332891--332942	18	2.6	21	79	14	65	42	3	0	53	1.19
332890--332951	19	3.2	19	78	13	72	40	3	0	56	1.15
332890--332952	20	3.2	20	76	13	67	39	3	0	57	1.15
334317--334341	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
335684--335721	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
336263--336356	44	2.1	44	86	5	127	41	13	8	36	1.75
339137--339188	27	2.0	26	88	3	77	51	1	0	46	1.12
340829--340899	6	11.8	6	89	0	88	9	52	18	19	1.73
344284--344335	21	2.5	21	85	11	72	48	0	1	50	1.12

Tables:   1   2   3