genome.fa.s235.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold235
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  318222

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1065--1098	14	2.4	15	85	14	54	44	20	20	14	1.87
6514--7906	476	2.9	473	85	3	1794	32	18	14	34	1.91
7554--8257	362	1.9	362	84	2	930	33	17	14	33	1.90
7075--8744	838	2.0	838	87	1	2382	33	18	14	34	1.91
7913--9119	476	2.5	475	86	2	1694	32	18	13	34	1.91
8258--9962	858	2.0	857	86	1	2418	32	18	14	35	1.91
9117--13298	476	8.8	475	84	2	5143	31	19	14	35	1.91
9140--13295	951	4.4	951	85	3	5144	31	19	14	35	1.91
12915--14057	383	3.0	381	90	2	1764	32	20	13	33	1.92
13679--24280	476	22.3	475	82	3	11841	31	18	13	35	1.90
29183--29314	42	3.1	42	87	2	176	8	43	2	45	1.46
30929--34470	475	7.4	475	84	3	4221	32	17	14	35	1.90
34157--34852	382	1.8	382	85	4	974	31	17	14	36	1.90
40161--40279	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
40185--40270	24	3.8	24	69	17	76	10	44	2	43	1.51
42050--52466	476	21.7	472	82	5	11768	32	18	14	35	1.91
43963--52466	475	17.8	475	84	3	10117	32	18	14	35	1.91
52158--52847	381	1.8	382	83	4	926	32	18	13	34	1.90
52496--56195	476	7.7	476	86	3	4695	32	18	14	34	1.91
56313--58817	476	5.3	474	84	3	3118	30	19	14	34	1.92
56313--58792	951	2.6	948	88	2	3651	30	19	14	34	1.92
58130--59487	679	2.0	679	86	2	1899	32	19	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58809--59837	475	2.2	475	85	3	1392	31	19	13	35	1.91
59472--61002	379	4.0	382	84	4	1759	30	19	15	34	1.92
61959--64034	476	4.4	476	84	1	2572	32	17	14	35	1.90
64032--67737	475	7.8	476	87	3	4722	32	18	14	35	1.91
64032--67737	947	3.9	948	86	3	4759	32	18	14	35	1.91
65652--66310	159	4.2	159	65	12	350	30	18	15	35	1.92
65177--66321	158	7.2	159	64	13	358	31	18	14	34	1.91
67361--68116	380	2.0	380	83	6	949	33	19	13	33	1.91
67735--68903	476	2.5	474	87	2	1618	32	18	13	34	1.90
69083--71765	475	5.6	476	86	3	3499	32	18	14	35	1.91
71793--73076	475	2.7	476	86	2	1729	31	18	14	35	1.92
72745--73445	370	1.9	371	86	2	1014	31	20	14	33	1.93
72267--74779	846	3.0	849	87	2	3496	32	19	14	34	1.92
73963--80881	476	14.7	471	84	5	8028	31	18	14	35	1.90
81887--82364	245	2.0	245	96	0	893	38	24	10	26	1.88
89857--89975	42	2.8	42	92	0	193	8	46	3	42	1.51
89890--89965	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
89881--89966	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
89872--89942	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
93368--93438	18	3.6	18	71	20	52	9	42	2	45	1.52
93353--93471	42	2.8	42	88	0	175	7	45	3	43	1.49
93386--93462	24	3.5	23	69	20	65	7	46	3	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95800--96524	385	1.9	385	87	3	1084	32	19	14	34	1.92
96532--96994	236	2.0	234	85	1	622	33	19	11	35	1.88
96766--100074	476	7.0	475	85	2	4132	31	18	14	35	1.91
99992--100153	79	2.1	79	98	0	315	32	20	14	32	1.93
100666--101804	476	2.4	475	84	3	1486	32	18	13	35	1.90
103432--103503	12	6.5	11	75	16	53	40	1	47	11	1.48
103422--103501	42	1.9	42	92	0	133	43	1	46	8	1.42
103461--103531	33	2.2	33	92	0	115	40	1	46	11	1.48
103422--103510	42	2.1	42	87	0	124	44	1	43	10	1.45
109466--112604	475	6.6	472	86	2	3922	31	19	13	35	1.91
109466--112604	951	3.3	948	86	2	4189	31	19	13	35	1.91
112431--112780	176	2.0	174	87	1	502	29	17	15	38	1.90
111985--113256	651	2.0	650	87	2	1831	30	18	14	35	1.91
112604--117052	476	9.4	476	87	3	5719	31	18	15	34	1.92
112604--117045	954	4.7	948	86	3	5740	31	18	15	34	1.92
122015--122122	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
122018--122136	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
122051--122126	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
123746--125785	475	4.3	470	84	5	2682	32	18	14	34	1.92
132407--132525	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
132440--132515	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
132435--132495	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137175--137293	42	2.8	42	87	0	175	8	44	2	44	1.47
138909--143811	940	5.2	939	89	2	7642	31	18	14	34	1.92
144087--144157	18	3.6	18	71	20	52	9	42	2	45	1.52
144072--144190	42	2.8	42	88	0	175	8	44	2	44	1.47
145139--146150	335	3.0	337	97	0	1911	37	19	17	26	1.93
146502--147131	317	2.0	316	89	0	972	30	18	13	36	1.90
146819--152746	477	12.5	475	85	3	7714	32	18	14	35	1.91
146819--152746	951	6.2	948	86	3	7920	32	18	14	35	1.91
152745--155354	952	2.7	947	89	2	3832	31	17	15	35	1.91
160169--160284	42	2.8	42	90	0	178	8	44	2	43	1.48
160190--160275	24	3.8	24	72	17	76	10	44	2	43	1.51
160181--160251	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
161893--161937	22	2.0	22	91	0	72	37	17	17	26	1.93
161914--162988	477	2.3	476	85	3	1499	31	17	14	36	1.91
167950--168065	41	2.8	42	80	8	121	12	39	0	47	1.47
169641--174424	477	10.0	477	86	2	6398	31	18	14	35	1.91
169641--174424	955	5.0	951	87	2	6760	31	18	14	35	1.91
176023--176154	42	3.1	42	85	4	178	45	2	43	9	1.48
181205--185774	476	9.6	476	87	2	5910	31	18	14	35	1.91
181205--185774	953	4.8	949	87	2	6091	31	18	14	35	1.91
190744--190844	41	2.4	42	95	1	177	10	46	1	40	1.50
192480--194080	475	3.4	474	85	2	2048	31	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193667--194499	419	2.0	419	85	3	1142	32	17	13	36	1.89
193191--194974	894	2.0	895	86	2	2514	31	18	13	35	1.90
194082--195914	475	3.9	472	84	4	2312	31	18	14	36	1.90
201984--202102	42	2.8	42	84	5	159	10	45	1	42	1.47
204866--204984	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
204899--204974	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
204890--204975	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
204881--204951	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
206574--208099	476	3.2	473	86	3	2143	32	18	13	34	1.90
213361--213436	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
213360--213445	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
213351--213469	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
215937--215991	27	1.9	30	89	10	89	81	3	10	3	0.93
215937--215983	15	3.3	15	77	14	55	78	4	12	4	1.04
215952--215991	15	2.7	15	80	0	53	82	2	12	2	0.87
218092--218198	12	10.0	11	75	16	68	39	1	47	11	1.50
218112--218185	9	8.6	9	73	8	64	41	2	44	10	1.53
218115--218230	18	5.8	18	68	22	63	43	2	43	11	1.54
218082--218241	42	3.8	42	92	0	250	43	1	45	10	1.48
227647--227689	17	2.5	17	85	11	52	9	46	0	44	1.35
227696--227802	12	10.0	11	75	16	68	11	47	1	39	1.50
227653--227812	42	3.8	42	92	0	250	10	45	1	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227709--227782	9	8.6	9	73	8	64	10	44	2	41	1.53
229424--230639	475	2.6	475	83	4	1597	32	19	14	33	1.92
235623--235741	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
235656--235731	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
235647--235732	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
235638--235708	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
238038--242497	475	9.4	474	83	4	5058	32	18	14	35	1.90
238059--242497	952	4.7	944	84	4	5130	32	18	14	35	1.90
243084--243174	42	2.2	42	89	0	146	7	43	2	46	1.44
244789--255404	476	22.4	476	83	4	12714	32	18	13	35	1.90

Tables:   1   2