genome.fa.s236.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold236
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  248862

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 280 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6577--6689	25	4.5	24	77	12	104	81	15	2	0	0.80
6577--6689	46	2.4	46	81	14	126	81	15	2	0	0.80
6620--6687	4	18.8	4	76	19	69	82	17	0	0	0.67
8195--8381	49	3.8	49	79	5	196	26	26	16	31	1.96
8286--8494	113	1.8	113	91	2	348	26	27	12	33	1.93
8399--8684	52	5.6	51	81	8	305	24	25	17	33	1.96
8399--8722	101	3.2	103	83	7	356	24	25	17	33	1.96
9459--9513	21	2.7	19	86	13	67	32	16	12	38	1.86
17494--17685	79	2.4	79	81	3	217	30	15	28	25	1.96
17640--17708	28	2.5	28	85	0	84	24	17	33	24	1.96
17719--17817	51	1.9	53	89	4	157	34	9	25	31	1.87
19627--19656	10	3.1	10	95	4	53	0	0	23	76	0.78
20190--20215	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20170--20235	33	2.0	33	84	0	87	43	16	13	25	1.85
20599--20654	28	2.0	28	96	0	103	69	3	8	17	1.29
22083--22162	41	2.0	41	81	13	98	51	1	2	45	1.22
22153--22200	16	3.2	14	77	13	51	54	4	0	41	1.20
22319--22350	16	2.0	16	100	0	64	56	18	6	18	1.62
22327--22418	48	1.9	48	84	6	125	54	16	7	21	1.67
22353--22386	16	2.1	16	94	0	59	61	11	2	23	1.43
22362--22425	16	4.0	16	70	9	51	51	17	6	25	1.68
25606--25635	10	2.8	11	90	10	53	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25845--25875	14	2.3	14	94	5	55	70	0	0	29	0.87
26081--26129	25	1.9	26	91	4	82	38	2	6	53	1.38
26658--26903	73	3.4	72	82	7	268	53	8	2	34	1.47
27039--27099	12	4.8	12	73	16	52	54	0	0	45	1.00
27034--27085	14	3.6	15	84	7	63	55	0	0	44	0.99
27383--27507	57	2.1	62	81	14	147	58	0	0	40	1.04
27466--27506	11	3.6	12	80	9	50	58	0	0	41	0.98
27857--27917	24	2.7	23	75	12	63	49	0	0	50	1.00
29729--29778	15	3.4	15	75	5	57	64	0	2	34	1.05
29732--29779	14	3.4	14	80	5	60	64	0	2	33	1.05
29719--29779	29	2.0	31	87	6	90	59	0	1	39	1.08
29724--29789	29	2.3	29	83	0	87	54	0	3	42	1.15
30971--31041	28	2.6	28	86	2	90	19	19	36	23	1.95
30999--31200	108	1.9	108	87	6	302	31	11	27	29	1.91
31075--31150	27	2.7	29	82	6	86	28	15	26	28	1.96
31179--31361	80	2.3	80	87	2	269	36	11	25	26	1.90
31348--31418	28	2.5	28	79	0	79	21	18	33	26	1.96
31383--31579	81	2.4	81	82	1	225	32	14	23	29	1.94
30999--31579	270	2.2	269	81	5	665	32	12	25	28	1.92
33801--33922	51	2.3	52	83	4	147	44	10	13	31	1.79
34509--34669	70	2.4	68	81	12	181	37	16	20	25	1.93
34640--35286	71	9.5	70	75	13	389	36	14	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34633--35350	65	10.7	69	74	12	398	37	14	21	26	1.92
34783--35378	131	4.5	125	75	12	394	35	14	22	27	1.93
34976--35381	62	6.1	70	75	13	288	36	14	22	26	1.93
34782--35381	201	3.0	200	81	8	591	35	14	22	27	1.93
39621--39651	14	2.3	14	94	5	55	70	0	0	29	0.87
39853--39901	25	1.9	25	87	4	71	38	4	6	51	1.46
40362--40675	73	4.4	72	77	11	274	54	9	2	33	1.46
40806--40844	16	2.6	16	92	8	64	61	0	0	38	0.96
40806--40846	15	2.8	14	85	10	55	58	0	0	41	0.98
41159--41262	11	9.5	11	69	20	58	59	0	0	40	0.97
41148--41263	11	10.8	12	66	27	57	58	0	0	41	0.98
43481--43530	15	3.4	15	75	5	57	64	0	2	34	1.05
43484--43531	14	3.4	14	80	5	60	64	0	2	33	1.05
43471--43531	29	2.0	31	87	6	90	59	0	1	39	1.08
43476--43541	29	2.3	29	83	0	87	54	0	3	42	1.15
44638--44948	108	2.9	108	81	7	267	32	10	27	29	1.91
44719--44789	28	2.6	28	86	2	90	19	19	36	23	1.95
44823--44898	27	2.7	29	82	6	86	28	15	26	28	1.96
44855--45140	80	3.5	80	81	4	274	33	11	26	28	1.91
45097--45167	28	2.5	28	79	0	79	21	18	33	26	1.96
45132--45328	81	2.4	81	82	1	225	32	14	23	29	1.94
44747--45328	271	2.2	269	82	5	674	32	12	25	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47543--47662	51	2.3	52	84	2	152	43	10	14	31	1.79
48366--49001	72	9.5	70	71	14	275	36	15	21	26	1.93
48566--49102	64	8.3	63	73	12	360	35	14	23	27	1.94
48836--49106	72	4.0	69	76	13	269	36	14	23	25	1.93
48697--49103	127	3.1	122	78	13	323	35	14	23	26	1.94
48706--49106	198	2.0	199	86	4	569	35	14	23	26	1.93
53087--53115	14	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
53833--53874	22	2.0	22	85	4	59	47	2	2	47	1.28
54126--54370	72	3.4	73	82	7	286	53	8	2	34	1.45
54501--54552	14	3.6	15	79	7	54	53	0	0	46	1.00
54885--54973	5	17.2	5	70	15	56	57	0	0	42	0.98
54850--54943	18	5.2	18	67	13	50	59	0	0	40	0.97
54932--54972	11	3.6	12	80	9	50	58	0	0	41	0.98
57197--57246	15	3.4	15	75	5	57	64	0	2	34	1.05
57200--57247	14	3.4	14	80	5	60	64	0	2	33	1.05
57187--57247	29	2.0	31	87	6	90	59	0	1	39	1.08
57192--57257	29	2.3	29	83	0	87	54	0	3	42	1.15
58357--58668	108	2.9	108	81	6	258	32	10	27	29	1.91
58439--58509	28	2.6	28	86	2	90	19	19	36	23	1.95
58467--58668	108	1.9	108	87	6	302	31	11	27	29	1.91
58543--58618	27	2.7	29	82	6	86	28	15	26	28	1.96
58575--58860	80	3.5	80	81	4	274	33	11	26	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58817--58887	28	2.5	28	79	0	79	21	18	33	26	1.96
58852--59048	81	2.4	81	82	1	225	32	14	23	29	1.94
58467--59048	271	2.2	269	82	5	674	32	12	25	28	1.92
61251--61391	51	2.7	52	82	3	158	43	9	14	31	1.79
62108--62756	72	9.5	70	74	11	396	36	15	21	26	1.93
62101--62820	65	10.7	69	73	13	400	36	15	21	26	1.93
62297--62620	131	2.5	130	81	8	374	35	14	21	28	1.93
62447--62851	72	6.0	70	74	14	295	35	15	23	25	1.94
62297--62749	131	3.4	131	79	7	355	34	15	22	27	1.94
62436--62817	131	2.9	127	79	12	299	35	15	23	25	1.94
62251--62848	202	3.0	200	81	8	578	35	15	22	27	1.94
63730--63756	13	2.1	13	100	0	54	7	7	29	55	1.55
67580--67700	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
67580--67720	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
67709--67733	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67774--67840	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
67796--67820	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
68717--69475	49	15.7	49	87	4	1089	29	18	27	25	1.98
68717--69475	286	2.6	287	94	2	1286	29	18	27	25	1.98
69475--69546	33	2.2	33	87	2	110	20	16	36	26	1.94
69529--69674	37	4.3	36	72	18	125	29	11	36	22	1.90
70711--70745	15	2.2	15	90	10	52	0	5	5	88	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77938--78058	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
77938--78078	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
78067--78091	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78132--78198	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
78154--78178	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
79009--79541	49	10.9	52	83	10	494	31	17	26	25	1.97
79073--79574	49	10.6	49	85	7	675	30	18	26	25	1.98
79064--79574	97	5.4	92	90	6	720	30	18	26	25	1.98
82728--82869	64	2.2	65	82	5	171	40	12	19	28	1.88
82799--83007	69	2.9	71	83	10	250	37	13	21	27	1.91

Tables:   1   2   3