genome.fa.s236.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold236
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  248862

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 280 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82748--83188	63	6.7	66	74	14	256	34	14	21	29	1.93
82737--83006	142	1.9	136	82	5	326	37	14	20	28	1.91
82889--83492	65	9.2	66	72	15	201	35	14	22	27	1.93
83093--83260	61	2.8	57	76	13	165	35	17	23	23	1.96
83221--83362	71	2.0	73	87	2	207	40	13	22	23	1.90
83292--83495	65	3.1	65	76	11	218	36	14	22	26	1.93
86532--86580	20	2.5	20	83	6	64	34	12	24	28	1.91
89341--89416	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
89362--89434	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
89341--89434	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
89989--90084	48	2.0	48	97	0	183	26	29	7	37	1.83
91926--91964	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
91950--92028	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
94044--94074	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
98201--98276	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
98222--98294	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
98201--98294	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
105541--105584	18	2.4	18	88	3	61	77	18	2	2	0.98
105551--105595	18	2.4	19	96	3	83	82	8	4	4	0.94
106873--107001	62	2.1	60	84	8	163	22	27	15	34	1.94
106947--107005	30	2.0	30	89	0	91	22	25	16	35	1.95
107086--107165	31	2.5	32	83	2	99	20	26	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107149--107237	27	3.3	27	85	0	115	26	32	11	29	1.91
107193--107270	27	2.7	29	80	5	79	24	32	15	28	1.95
107254--107623	66	5.8	65	75	9	322	20	30	13	35	1.91
107254--107596	32	10.7	33	78	10	277	20	29	13	37	1.90
107569--107626	27	2.1	27	87	0	80	22	34	13	29	1.93
107590--107669	27	2.8	27	78	12	70	27	38	16	17	1.91
107607--107792	31	6.0	30	83	7	194	27	33	17	20	1.96
107616--107776	31	5.2	31	85	5	211	28	31	19	19	1.97
107616--107776	63	2.6	63	90	3	238	28	31	19	19	1.97
107895--108016	49	2.5	47	82	5	136	24	25	17	32	1.96
107802--108117	150	2.1	144	82	8	368	25	25	16	33	1.96
107894--108133	52	4.7	52	77	9	185	24	25	15	34	1.95
109858--109898	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
115978--116030	8	6.5	8	79	12	63	83	15	0	1	0.74
115976--116025	18	2.8	17	77	16	64	84	14	0	2	0.72
115980--116030	15	3.3	15	83	5	66	82	15	0	1	0.76
117394--117489	30	3.1	30	75	8	93	26	25	12	36	1.91
117501--117563	32	1.9	32	87	3	90	22	28	12	36	1.91
117788--117886	32	3.4	27	77	18	101	22	30	13	34	1.92
117928--118030	33	3.1	33	70	14	95	20	27	11	40	1.87
117812--118199	157	2.5	156	85	5	520	21	28	13	37	1.91
118024--118090	30	2.4	27	79	13	80	20	28	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118031--118105	30	2.4	31	82	8	89	21	28	16	34	1.94
118089--118185	34	3.0	33	84	6	126	22	26	10	40	1.86
118158--118216	27	2.2	27	81	0	73	22	32	10	35	1.87
118215--118395	32	5.8	31	80	8	190	32	28	17	21	1.96
118409--118739	101	3.3	98	78	9	300	25	24	16	33	1.96
118409--118739	150	2.2	143	81	7	367	25	24	16	33	1.96
118447--118740	52	5.8	52	81	6	271	26	23	16	34	1.95
118614--118802	52	3.6	51	85	2	164	25	24	15	33	1.95
118793--118928	61	2.2	61	80	6	159	22	25	11	41	1.86
119441--119483	21	2.1	20	91	4	68	25	13	16	44	1.85
123712--123788	28	2.8	27	84	5	91	22	15	32	29	1.95
123640--124083	109	4.1	107	79	9	402	31	12	26	29	1.93
123821--123895	28	2.7	28	79	2	80	24	20	28	28	1.99
123932--124001	28	2.5	28	100	0	140	22	14	34	28	1.93
123960--124165	81	2.5	81	85	4	261	33	12	27	27	1.92
123861--124343	192	2.5	191	81	5	575	32	12	26	28	1.93
124156--124355	81	2.5	81	86	4	271	31	14	26	29	1.94
126671--126722	19	2.7	19	88	11	72	32	13	17	36	1.89
128775--128978	74	2.7	74	86	3	275	46	10	25	18	1.81
129155--129495	105	3.3	105	80	6	381	44	12	22	20	1.85
129860--129998	41	3.4	40	75	6	136	47	13	18	20	1.82
129788--130019	82	2.8	80	75	10	218	47	12	19	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130512--130947	76	5.7	76	73	11	264	42	11	17	27	1.85
130671--130947	152	1.8	153	82	5	355	44	12	16	27	1.83
131175--131272	51	1.9	51	85	0	133	50	13	18	18	1.78
131847--132242	44	9.0	44	69	14	203	43	13	19	23	1.86
131870--132262	88	4.5	88	80	5	436	43	12	20	23	1.86
132500--132704	112	1.8	112	88	0	311	34	13	16	36	1.88
133322--133369	15	3.1	15	82	5	60	8	6	6	79	1.07
133319--133369	16	3.2	16	83	5	68	7	5	7	78	1.09
134436--134703	145	1.9	143	86	3	385	51	7	15	25	1.70
137817--138214	158	2.5	161	79	8	434	48	15	6	28	1.70
139150--139176	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
139502--139571	32	2.2	33	94	2	124	37	4	17	41	1.69
140860--141140	85	3.3	86	79	5	261	34	8	23	33	1.85
154079--154402	79	4.1	79	83	5	386	28	22	12	35	1.91
154079--154402	157	2.1	159	82	5	390	28	22	12	35	1.91
174716--174789	1	74.0	1	72	0	58	86	8	4	1	0.75
174704--174769	11	5.8	11	81	12	71	84	13	0	1	0.68
174704--174786	23	3.6	23	81	14	73	84	10	3	1	0.80
174703--174770	17	3.8	17	83	14	84	83	14	0	1	0.71
174704--174777	15	5.1	14	79	9	78	85	12	1	1	0.74
174716--174789	23	3.3	21	80	12	76	86	8	4	1	0.75
174704--174792	19	4.7	18	82	12	74	84	10	4	1	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175744--176682	55	16.5	55	83	8	1062	26	27	21	24	1.99
175745--175832	26	3.3	26	65	14	70	25	31	20	22	1.98
175857--175942	26	3.2	26	67	15	75	27	30	19	22	1.98
175744--176831	165	6.5	165	81	10	1117	26	28	20	23	1.99
176604--176779	94	1.9	95	87	1	264	27	30	20	21	1.98
176554--176832	149	1.9	149	87	3	409	28	29	20	21	1.98
176704--176832	55	2.3	55	85	2	170	30	29	21	18	1.97
177619--177674	21	2.8	21	78	5	71	39	10	14	35	1.81
177698--177739	21	2.0	21	95	0	75	40	9	21	28	1.84
177726--177751	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
180111--180237	50	2.5	52	86	8	181	27	27	12	32	1.93
180302--180362	28	2.2	28	84	0	86	22	22	19	34	1.97
180354--180501	79	1.9	80	81	7	185	29	24	14	31	1.94
180172--180606	187	2.4	180	77	9	448	27	25	14	32	1.95
180542--180708	51	3.3	51	79	9	189	30	25	11	32	1.91
192917--192990	1	74.0	1	75	0	67	87	8	1	2	0.68
192917--192990	34	2.2	33	88	9	114	87	8	1	2	0.68
192920--192990	24	3.0	23	85	8	88	87	8	1	2	0.70
193928--194871	55	16.5	55	84	8	1069	27	29	20	23	1.99
193929--194016	26	3.3	26	65	14	70	25	31	20	22	1.98
193928--195017	165	6.5	165	82	10	1173	27	29	20	23	1.99
193956--194265	27	11.2	28	60	15	99	27	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194795--194966	94	1.8	94	93	0	299	26	30	20	22	1.98
194893--195017	55	2.3	55	88	0	178	30	28	20	20	1.98
195801--195862	19	3.2	19	71	13	54	41	14	14	29	1.85
195850--195874	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
195829--195901	32	2.3	32	92	0	119	36	12	15	35	1.84
195808--195893	19	4.7	19	72	19	67	37	12	15	34	1.85
195921--195959	21	1.9	20	89	5	60	43	7	17	30	1.77
197884--197912	13	2.1	14	93	6	51	24	20	0	55	1.44
198333--198463	51	2.6	51	81	6	158	29	25	12	32	1.92
198522--198595	28	2.6	28	86	0	103	22	29	21	25	1.99

Tables:   1   2   3