genome.fa.s2436.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2436
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265143

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3207--4019	314	2.6	312	78	4	785	26	26	16	31	1.96
6779--7233	150	3.0	151	83	4	474	40	18	13	26	1.88
6956--7252	150	2.0	150	96	0	549	38	17	14	29	1.90
9013--9085	20	3.7	19	72	18	60	36	16	15	31	1.90
10878--10928	26	2.0	26	96	0	93	41	13	19	25	1.88
12649--12674	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12626--12694	33	2.1	33	91	0	111	33	14	15	36	1.89
12746--12800	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
15236--15274	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
21497--21551	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
22677--22726	4	11.5	4	80	16	55	52	0	2	46	1.12
22673--22710	9	4.3	9	84	15	53	57	0	0	42	0.98
22673--22726	13	4.2	13	77	15	58	53	0	1	44	1.11
23386--23425	21	2.0	21	85	5	55	57	2	5	35	1.34
24209--24233	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
24249--24283	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
24493--24523	16	1.9	16	100	0	62	45	32	12	9	1.75
24479--24562	16	5.2	16	72	11	55	42	27	11	17	1.84
25418--25449	15	2.1	15	94	0	55	53	18	3	25	1.59
28855--28886	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
30191--30635	221	2.0	221	100	0	890	28	15	19	36	1.93
31167--31191	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31950--31974	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
32878--32919	22	1.9	22	90	0	66	28	11	9	50	1.70
41605--41635	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
48807--48870	25	2.7	23	79	9	65	62	1	1	34	1.14
49998--50026	13	2.1	14	93	6	51	10	20	0	68	1.18
59813--59964	75	2.0	75	88	0	223	38	20	9	31	1.84
60237--60292	27	2.1	27	89	0	85	25	1	44	28	1.64
65090--65129	15	2.7	14	88	7	53	42	22	2	32	1.67
65346--65386	21	2.0	21	85	0	55	41	0	31	26	1.56
66964--67001	15	2.5	15	84	16	51	39	2	0	57	1.12
67503--67543	19	2.2	19	86	8	57	58	4	0	36	1.20
68381--68654	90	3.0	90	99	0	539	33	12	16	36	1.87
73338--73368	16	1.9	16	93	0	53	74	3	12	9	1.19
74174--74302	21	5.9	21	77	16	127	37	4	27	29	1.77
74333--74469	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
74509--74549	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
74824--75191	140	2.6	142	85	4	503	44	9	10	35	1.72
75206--75243	11	3.3	12	82	10	53	21	0	2	76	0.91
75204--75241	16	2.3	17	86	13	53	21	0	2	76	0.91
76075--76120	13	3.5	13	82	11	58	0	21	0	78	0.76
76070--76117	24	2.0	24	83	0	60	2	18	0	79	0.84
80617--80661	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82465--82495	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
84575--84600	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
84721--84766	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
87153--87178	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88814--88865	20	2.5	21	87	3	79	38	11	13	36	1.81
90435--90460	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
94405--94459	19	2.8	19	83	2	74	38	9	12	40	1.75
95922--95962	16	2.6	16	96	0	73	41	26	12	19	1.87
96018--96062	17	2.6	17	85	3	54	26	6	28	37	1.82
97036--97092	20	2.8	21	89	2	89	33	10	19	36	1.86
97797--97903	42	2.5	42	78	4	117	46	14	21	17	1.83
98116--98186	37	1.9	37	85	5	99	46	14	18	21	1.83
98154--98349	46	4.3	46	78	2	187	42	8	23	25	1.82
98154--98349	92	2.1	92	81	1	232	42	8	23	25	1.82
99834--99880	9	5.5	8	82	12	58	23	0	2	74	0.93
99840--99878	3	13.7	3	86	10	55	25	0	2	71	0.98
99840--99880	17	2.4	17	95	0	73	24	0	2	73	0.96
99845--99884	20	2.0	20	95	0	71	22	0	5	72	1.04
102784--102824	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
103316--103389	34	2.1	35	82	7	89	18	16	10	54	1.71
109179--109244	33	2.0	33	85	5	89	25	15	15	43	1.85
111040--111101	30	2.0	31	90	3	99	51	0	22	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111178--111218	21	1.9	22	95	5	75	41	0	29	29	1.56
115497--115550	20	2.7	20	85	8	74	40	11	16	31	1.84
121206--121563	140	2.7	132	84	8	420	47	10	10	32	1.71
121317--121569	140	1.8	140	92	1	427	46	9	11	32	1.72
122251--122276	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124505--124549	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
126353--126383	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
128461--128486	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
131043--131068	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
137286--137677	213	1.8	213	80	3	466	20	25	14	39	1.91
137753--138095	169	2.0	169	79	9	371	20	24	16	38	1.92
137258--143622	42	150.9	42	70	9	1739	19	25	15	38	1.92
139761--139983	43	5.3	41	74	4	133	18	25	16	39	1.91
140025--140262	85	2.8	85	81	3	246	18	23	18	39	1.92
140121--140365	129	1.9	128	82	4	305	18	26	17	37	1.93
139825--140399	214	2.7	213	77	5	622	18	26	16	38	1.92
140615--141019	171	2.4	171	78	5	401	20	26	14	38	1.91
140393--141490	423	2.6	421	81	4	1171	20	25	14	39	1.91
141515--141661	43	3.4	42	78	3	150	19	28	13	38	1.90
142864--143052	43	4.4	42	71	10	114	19	23	16	40	1.91
142864--143056	86	2.2	85	80	3	208	18	24	16	40	1.91
143092--143306	83	2.6	83	78	2	225	17	22	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143459--143541	45	1.9	42	85	7	112	21	28	12	37	1.89
143903--143969	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
144429--144454	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
144516--144588	20	3.6	20	83	3	101	30	19	13	36	1.90
144493--144588	41	2.3	42	92	3	158	28	17	12	41	1.86
146406--146430	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
147926--148090	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
149604--149670	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
150130--150155	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
150216--150288	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
150194--150288	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
150586--151099	42	12.2	42	72	7	236	19	25	16	38	1.92
151033--151133	41	2.4	41	83	4	123	19	29	13	36	1.91
150924--151155	125	1.8	126	78	4	263	18	26	15	38	1.91
151272--151425	42	3.7	42	72	11	109	20	27	14	37	1.91
151765--151843	36	2.2	37	79	6	90	17	22	18	40	1.91
151871--161406	42	226.1	42	70	8	749	19	26	16	38	1.92
152240--153178	422	2.2	422	80	3	1012	20	26	14	39	1.91
150586--153275	84	31.9	84	69	7	547	19	25	15	39	1.91
153824--153950	43	3.0	43	81	1	148	18	23	15	41	1.89
153680--183707	42	709.0	43	70	10	5164	18	25	16	38	1.91
154132--154290	82	1.9	83	84	3	214	17	20	18	44	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155179--155381	45	4.7	44	79	7	175	16	26	18	38	1.91
155174--155459	128	2.2	125	76	10	281	16	25	19	37	1.93
155984--156201	83	2.6	83	79	5	235	16	22	18	42	1.89
156376--156594	86	2.5	86	79	1	215	17	26	17	38	1.92
156979--157274	129	2.3	131	74	10	286	18	26	14	40	1.89
158020--158245	83	2.7	83	76	4	213	17	22	18	42	1.89
158412--158533	41	2.9	42	85	6	131	18	22	14	44	1.86
158691--159075	85	4.6	83	73	6	267	18	25	17	38	1.92
158523--159078	127	4.4	126	76	5	367	18	26	17	37	1.93
159548--159707	83	1.9	84	85	1	223	16	22	16	44	1.86

Tables:   1   2