genome.fa.s245.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold245
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  333457

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 273 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451--2568	52	2.3	52	100	0	236	33	15	16	33	1.91
2560--2607	20	2.4	20	86	6	62	37	20	12	29	1.90
2661--2708	19	2.5	19	86	6	62	50	12	10	27	1.73
3301--3328	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
18414--18668	28	8.9	28	90	3	339	28	32	18	20	1.96
40562--40646	26	3.3	26	85	3	118	34	7	16	42	1.75
41926--41982	29	2.0	29	82	6	71	38	10	7	43	1.66
42439--42514	36	2.1	36	85	4	100	55	13	9	22	1.66
48518--48566	21	2.3	21	82	6	64	28	0	28	42	1.56
51248--51290	20	2.2	20	87	8	61	41	2	11	44	1.53
51784--51845	17	3.7	17	82	8	74	40	9	14	35	1.79
54358--54391	17	2.1	17	88	5	52	44	8	5	41	1.60
55996--56037	21	2.0	21	85	4	57	45	14	2	38	1.58
58798--58836	20	2.0	20	89	0	60	56	0	2	41	1.13
59781--59881	51	2.0	51	96	0	184	31	18	14	34	1.92
64245--64269	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
65574--65608	18	1.9	18	94	0	61	45	2	28	22	1.67
66427--66515	23	4.0	22	74	21	71	53	0	0	46	1.00
66771--66852	39	2.1	38	95	2	146	35	15	15	32	1.90
66771--66874	39	2.7	39	89	1	138	36	14	16	32	1.89
67038--67079	20	2.1	20	90	0	66	47	0	0	52	1.00
68552--68680	56	2.4	54	78	10	129	40	10	3	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68460--68677	28	7.9	28	68	14	105	38	10	4	47	1.58
68638--68735	26	3.7	27	72	18	73	36	7	7	48	1.58
69187--69224	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
70679--70948	81	3.4	82	75	8	245	28	13	12	45	1.80
70884--71034	79	1.9	79	82	2	187	25	13	17	44	1.84
71196--71247	18	2.9	18	94	2	88	36	15	11	36	1.84
71195--71252	17	3.2	18	90	4	91	34	15	10	39	1.81
76354--76387	17	2.1	17	89	10	54	38	35	0	26	1.57
85377--85424	19	2.5	19	80	10	53	47	0	0	52	1.00
86610--86658	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
89329--89395	21	3.3	21	79	6	68	64	0	1	34	1.03
89336--89392	15	3.8	15	76	6	62	64	0	0	35	0.93
89404--89440	18	2.1	17	90	5	56	62	0	0	37	0.96
89503--89553	14	3.4	14	81	8	57	72	0	1	25	0.95
90065--90106	19	2.2	19	87	8	59	64	0	0	35	0.94
90049--90127	32	2.6	31	75	23	78	59	0	0	40	0.97
90049--90119	28	2.5	29	78	21	80	59	0	0	40	0.98
90065--90127	32	1.9	33	87	9	94	61	0	0	38	0.96
90907--90958	22	2.4	22	84	9	63	30	15	5	48	1.68
93709--93750	3	14.7	3	80	9	52	28	0	0	71	0.86
96281--96322	3	14.7	3	80	9	52	28	0	0	71	0.86
98853--98894	3	14.7	3	80	9	52	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106697--106738	3	14.7	3	80	9	52	28	0	0	71	0.86
109269--109310	3	14.7	3	80	9	52	28	0	0	71	0.86
110775--110816	21	2.0	21	85	4	57	59	7	7	26	1.50
111927--111970	16	2.8	16	78	0	52	65	2	0	31	1.05
114149--114194	12	3.6	12	78	16	56	39	13	4	43	1.63
114202--114227	12	2.2	12	100	0	52	23	26	34	15	1.94
118405--118489	44	2.0	41	82	13	102	41	12	20	25	1.88
119571--119646	28	2.7	27	73	18	75	43	2	0	53	1.14
120219--120267	17	2.7	18	84	9	55	42	2	0	55	1.11
120649--120690	21	2.0	22	90	4	68	47	4	0	47	1.23
121338--121386	17	2.9	17	79	14	57	61	2	4	32	1.26
121379--121408	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
124211--124351	71	2.0	71	95	0	255	26	28	13	31	1.94
126497--126530	3	11.3	3	87	0	50	67	5	0	26	1.13
127206--127266	10	5.9	10	72	12	52	42	0	0	57	0.98
127289--127337	10	5.0	10	77	5	55	38	0	0	61	0.96
127283--127352	28	2.4	29	85	4	88	42	0	0	57	0.99
127410--127455	22	2.1	23	84	15	62	58	0	0	41	0.98
129635--129687	21	2.5	20	79	8	61	33	16	0	49	1.47
129803--129848	23	1.9	25	86	8	69	36	0	0	63	0.95
130935--130980	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
132953--132993	18	2.3	18	91	0	64	51	14	0	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132947--132994	20	2.3	22	85	14	82	54	12	0	33	1.38
134192--134233	14	2.6	17	82	17	54	61	2	0	35	1.09
134229--134304	39	1.9	39	91	0	125	40	3	0	55	1.18
135583--135615	11	3.0	11	87	12	50	69	0	0	30	0.88
135626--135775	17	8.9	17	68	16	89	51	0	1	47	1.09
135705--135751	24	2.1	21	84	11	58	44	0	0	55	0.99
135762--135803	18	2.6	16	81	11	50	61	4	0	33	1.17
135990--136033	19	2.3	19	92	0	70	38	0	0	61	0.96
135955--136027	15	4.8	15	69	14	60	42	0	0	57	0.98
137023--137054	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
140327--140394	34	2.0	35	85	2	93	57	0	5	36	1.23
140803--140853	25	2.0	25	81	7	59	41	0	0	58	0.98
142294--142345	17	3.1	17	77	8	61	38	3	9	48	1.54
143409--143555	79	1.9	79	82	5	190	32	10	26	30	1.89
143490--143604	51	2.3	51	86	3	151	31	9	26	32	1.88
143405--143736	130	2.6	129	85	3	425	32	11	26	29	1.91
143618--143786	51	3.3	51	85	3	232	32	12	26	28	1.92
143488--143847	181	2.0	182	85	3	485	33	10	26	29	1.90
146405--147167	61	12.5	61	83	4	869	28	18	26	26	1.98
148247--148344	1	98.0	1	74	0	61	2	5	8	84	0.83
148268--148344	19	4.2	19	79	11	88	2	1	10	85	0.75
160832--160931	51	1.9	52	92	6	168	35	11	22	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160836--160948	51	2.2	51	87	4	156	33	14	22	30	1.93
160959--161077	51	2.3	51	83	8	136	33	11	25	29	1.91
160750--161154	130	3.1	127	80	7	397	34	11	23	30	1.90
161012--161217	78	2.6	77	80	9	218	32	11	25	31	1.91
163001--163067	33	2.0	33	97	0	125	22	2	35	38	1.70
166073--166133	33	1.9	32	86	6	88	49	26	9	14	1.75
166108--166168	16	3.8	16	80	2	59	52	22	14	9	1.71
166108--166168	17	3.7	17	71	8	54	52	22	14	9	1.71
166372--166415	22	2.0	22	95	0	79	47	11	4	36	1.60
167337--167398	18	3.4	18	79	16	67	50	1	1	46	1.20
167388--167426	19	2.2	17	86	9	51	64	0	0	35	0.94
167624--167668	16	2.8	16	89	0	63	46	22	8	22	1.79
167630--167679	16	3.1	16	88	0	55	48	24	8	20	1.76
167819--167862	22	2.0	22	86	8	63	34	0	0	65	0.93
168273--168309	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
171209--171290	38	2.4	33	79	18	96	26	30	14	28	1.95
175907--176051	38	3.8	38	87	0	209	28	27	13	30	1.94
177790--177864	23	3.1	24	75	21	75	56	1	1	41	1.16
177836--177912	24	3.3	23	84	8	86	48	1	1	49	1.17
181359--181417	29	2.1	28	81	9	66	55	0	0	44	0.99
181544--181591	12	3.7	12	75	20	51	68	0	0	31	0.90
181557--181610	17	3.2	17	85	10	67	66	1	0	31	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181606--181662	24	2.3	25	82	14	73	45	1	0	52	1.11
181633--181730	15	6.7	15	73	20	66	58	1	0	40	1.05
181602--181677	40	1.9	40	83	5	100	48	1	0	50	1.09
181656--181727	11	6.8	11	75	13	53	61	1	0	37	1.05
187535--187607	21	3.2	23	72	18	71	49	0	0	50	1.00
187535--187629	49	2.0	48	86	11	135	50	0	1	48	1.07
187560--187616	26	2.1	28	83	9	73	52	0	0	47	1.00
187690--187726	16	2.4	16	95	4	67	35	0	0	64	0.94
187698--187733	16	2.2	16	90	0	54	47	0	0	52	1.00
189651--189676	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3