genome.fa.s245.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold245
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  333457

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 273 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191533--191565	16	2.1	16	100	0	66	42	39	12	6	1.67
197632--197718	45	1.9	45	83	0	111	39	14	13	32	1.86
198041--198084	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
198187--198233	3	15.3	3	95	4	85	31	0	0	68	0.90
199188--199229	15	2.9	15	86	6	52	50	0	0	50	1.00
199205--199229	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
199339--199379	17	2.5	17	88	4	57	53	2	0	43	1.13
202079--202108	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
205018--205042	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
205329--205361	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
205966--206024	22	2.5	22	74	17	57	66	0	3	30	1.08
206014--206048	17	2.0	18	88	5	54	65	2	5	25	1.28
208641--208674	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
209416--209464	23	2.1	24	84	3	64	57	0	0	42	0.99
210332--211938	887	1.8	859	80	9	1893	37	10	9	42	1.71
212033--212101	33	2.0	36	83	11	90	57	0	1	40	1.07
212597--212631	18	2.0	17	88	5	52	51	0	0	48	1.00
213087--213128	16	2.5	16	88	7	57	66	0	0	33	0.92
213193--213243	22	2.3	22	83	10	59	66	0	1	31	1.03
214251--214288	19	2.0	19	89	0	58	26	0	5	68	1.11
214390--214435	22	2.2	20	84	7	56	58	2	0	39	1.10
215528--215556	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217423--217451	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
219116--219162	18	2.7	18	81	18	55	61	4	2	31	1.27
220400--220462	23	2.8	22	80	15	67	42	0	3	53	1.16
222681--222722	6	6.8	6	79	15	50	35	2	0	61	1.09
222765--222818	17	3.2	17	76	5	65	59	0	1	38	1.08
222757--222821	33	2.0	33	96	0	121	63	0	1	35	1.04
222877--222927	19	2.7	19	77	14	61	27	0	0	72	0.85
222887--222947	14	4.1	14	70	15	50	27	0	0	72	0.85
222877--222947	32	2.2	32	82	9	90	28	0	0	71	0.86
222880--222941	18	3.6	18	72	18	60	29	0	0	70	0.87
222887--222948	12	5.3	12	69	21	51	29	0	0	70	0.87
222938--222978	18	2.2	19	86	4	57	48	0	2	48	1.14
223494--223572	22	3.2	26	72	22	87	58	0	0	41	0.98
223508--223548	15	2.7	16	77	11	50	58	0	0	41	0.98
224109--224158	26	1.9	26	84	8	66	50	0	2	48	1.12
226228--226282	29	1.9	28	88	3	83	58	1	0	40	1.09
226229--226281	9	5.7	9	80	8	61	58	1	0	39	1.09
226200--226287	18	4.6	20	77	9	78	59	2	0	38	1.10
226331--226363	17	2.1	16	88	11	50	39	3	0	57	1.14
227647--227685	20	2.0	20	89	0	60	41	0	0	58	0.98
228400--228458	22	2.7	23	84	7	77	40	3	8	47	1.51
230291--230336	23	2.0	23	95	0	83	45	0	6	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230290--230329	10	3.7	10	81	18	53	47	0	2	50	1.14
230290--230335	12	4.1	11	79	20	51	45	0	4	50	1.21
232235--232274	21	1.9	21	85	10	55	67	2	0	30	1.04
232630--232685	27	2.1	27	86	6	78	46	0	5	48	1.25
232685--232723	19	2.1	18	90	9	60	56	10	0	33	1.33
233098--233132	17	2.0	18	94	5	63	57	0	0	42	0.99
233103--233198	39	2.4	40	78	16	101	48	0	0	51	1.00
233103--233158	20	2.8	20	71	10	53	53	0	0	46	1.00
233269--233312	18	2.3	18	88	7	61	54	20	0	25	1.45
233480--233541	26	2.3	26	78	8	72	62	0	1	35	1.05
233738--234064	111	2.9	111	98	0	618	28	26	21	23	1.99
234033--234127	46	2.1	46	91	0	154	40	18	25	15	1.91
234582--234622	7	5.7	7	82	5	55	78	2	2	17	0.98
240931--240995	16	4.1	16	73	15	62	40	20	16	23	1.92
244887--244931	22	2.0	23	82	4	56	48	15	17	17	1.81
245286--245326	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
245708--245744	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
253138--253195	30	1.9	31	86	10	84	25	27	13	32	1.94
253163--253251	46	1.9	46	95	0	160	24	26	10	38	1.87
253215--253789	27	21.0	27	92	2	943	21	35	14	27	1.93
253215--253786	55	10.5	55	92	2	940	21	35	14	27	1.93
253772--254755	32	31.8	32	89	4	1318	30	32	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253215--254698	32	50.6	29	88	6	823	27	33	17	21	1.95
253781--254703	399	2.3	399	97	0	1749	30	32	18	18	1.95
254788--254906	49	2.5	47	80	9	127	19	29	22	28	1.98
255590--255634	22	2.0	23	82	4	56	48	15	17	17	1.81
255989--256029	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
256411--256445	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
259802--259854	21	2.4	21	81	6	52	66	7	9	16	1.43
260248--260282	18	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
260230--260275	16	2.9	16	75	12	51	52	0	2	45	1.13
261407--261479	32	2.3	32	81	6	85	45	28	13	12	1.80
261438--261479	16	2.6	16	80	0	57	42	23	14	19	1.87
262024--262053	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
263831--264351	265	2.0	265	87	3	762	43	11	19	25	1.85
266050--266106	26	2.2	26	87	0	87	35	8	17	38	1.81
273167--273197	6	5.2	6	96	0	53	3	29	0	67	1.06
277393--277440	14	3.5	13	83	16	53	81	2	10	6	0.95
279308--279341	5	6.4	5	93	6	50	64	0	0	35	0.94
279305--279342	11	3.5	11	86	13	60	65	0	0	34	0.93
279305--279342	17	2.3	16	95	4	67	65	0	0	34	0.93
279686--279793	8	13.1	8	71	14	60	39	0	1	58	1.09
279799--279838	14	2.9	14	80	0	53	40	0	0	60	0.97
279702--279825	56	2.2	56	75	18	125	37	0	1	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280987--281044	24	2.4	24	85	8	73	43	1	0	55	1.10
281668--281719	18	3.1	16	82	17	61	48	1	0	50	1.12
281658--281719	5	10.3	6	74	22	51	48	1	0	50	1.10
281775--281813	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
281882--281989	52	2.1	52	81	6	121	57	0	0	40	1.11
282290--282385	36	2.7	35	71	10	86	45	3	2	48	1.29
282547--282586	22	1.9	20	90	10	62	42	0	0	57	0.98
282551--282601	22	2.4	22	83	9	61	50	0	0	49	1.00
282608--282637	14	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
282831--282880	18	2.8	18	76	11	57	24	0	0	76	0.80
282841--282871	6	5.2	6	96	0	53	19	0	0	80	0.71
283356--283406	11	4.7	11	80	4	50	50	9	1	37	1.47
283597--283667	19	3.7	19	73	0	70	59	1	12	26	1.42
283401--284206	115	7.0	116	89	4	1222	49	5	12	32	1.64
284346--284386	2	20.0	2	85	5	55	43	0	2	53	1.13
284880--284923	23	1.9	23	86	9	63	29	2	4	63	1.26
284911--284953	21	2.1	20	82	4	50	51	0	2	46	1.13
286360--286396	20	1.9	20	88	5	58	35	2	8	54	1.44
286422--286462	21	2.0	21	90	9	66	53	2	0	43	1.13
286468--286530	16	4.0	16	71	15	51	49	0	3	47	1.17
287086--287155	35	2.0	34	81	13	81	45	1	0	52	1.09
287315--287352	18	2.1	18	90	5	58	44	5	7	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287891--287919	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
288382--288427	21	2.2	21	88	3	67	76	0	0	23	0.79
290286--290527	120	2.0	121	92	1	405	39	11	17	30	1.86
290629--290669	14	3.0	14	86	10	50	73	0	0	26	0.84
290933--290988	28	2.0	28	86	13	80	55	0	0	44	0.99
291167--291220	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
293349--293379	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
293389--293424	17	2.2	17	95	5	65	47	0	0	52	1.00
295132--295176	24	2.0	22	86	8	63	68	2	2	26	1.12
297260--297302	20	2.1	21	86	4	61	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3