genome.fa.s261.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold261
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  193966

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
992--1057	24	2.7	25	80	15	84	66	0	1	31	1.01
1107--1295	94	2.0	94	87	2	272	47	4	2	45	1.36
2908--2967	28	2.1	28	90	0	93	28	8	3	60	1.42
3117--3168	16	3.2	16	78	13	52	42	13	5	38	1.68
7881--7924	19	2.3	19	100	0	88	6	20	38	34	1.79
7928--7968	19	2.2	18	87	12	57	9	14	43	31	1.78
9302--9395	43	2.2	43	86	0	134	31	18	24	25	1.97
9346--9946	52	11.9	51	74	9	369	33	16	25	24	1.96
9541--9729	49	3.8	49	84	4	175	33	16	25	24	1.96
9705--9790	43	2.0	43	81	4	102	33	16	24	25	1.95
9744--9877	53	2.6	52	84	3	171	35	18	24	21	1.96
9568--9987	200	2.1	192	80	4	446	32	17	25	24	1.96
9998--10381	32	12.0	32	78	6	321	22	17	29	30	1.97
9998--10381	161	2.4	158	80	5	421	22	17	29	30	1.97
9998--10379	128	3.0	129	78	5	416	22	17	29	29	1.97
10507--10561	27	2.0	27	96	0	101	27	14	36	21	1.93
10510--10929	33	13.1	32	76	10	256	35	12	29	22	1.91
10530--10879	66	5.4	66	79	4	293	36	12	29	21	1.90
10530--11114	33	18.1	33	76	8	230	36	12	27	22	1.91
10774--11115	63	5.4	63	81	5	359	35	13	27	23	1.92
10724--11108	96	4.0	96	79	9	369	35	13	27	23	1.92
10779--11106	126	2.6	127	84	6	423	34	14	27	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10724--11106	33	12.0	33	79	9	321	34	13	27	23	1.93
24831--25128	162	1.8	164	82	7	392	53	7	11	27	1.64
25125--25169	21	2.1	21	100	0	90	64	0	4	31	1.13
24978--25340	185	1.9	189	87	3	538	56	6	8	28	1.52
25146--25526	164	2.3	166	82	3	439	51	8	10	29	1.66
24827--25506	351	1.9	352	80	7	801	52	8	11	28	1.65
34317--34360	16	2.9	16	83	6	56	43	0	0	56	0.99
34343--34395	18	2.9	18	81	13	65	43	0	5	50	1.25
34746--34810	32	2.0	33	87	3	96	29	13	15	41	1.86
34881--34905	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
37956--38405	164	2.7	166	81	8	506	30	10	7	51	1.64
38284--38553	147	1.8	147	84	4	366	31	8	5	54	1.54
39044--39093	11	4.7	10	85	11	64	74	0	24	2	0.93
39884--40972	162	6.8	161	88	2	1395	33	11	14	40	1.82
40698--41012	146	2.2	146	100	0	630	33	13	14	38	1.85
41312--41578	142	1.9	142	85	4	378	24	16	18	40	1.91
43489--43528	21	1.9	21	84	0	53	37	12	7	42	1.71
45148--45236	38	2.3	38	84	0	106	23	12	17	46	1.82
45099--45294	96	2.0	96	80	3	216	25	9	18	45	1.80
45186--45382	58	3.4	57	77	6	191	24	8	18	48	1.75
45188--45410	58	3.9	57	74	11	175	25	8	17	47	1.76
45186--45410	116	1.9	116	79	7	251	25	8	17	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46661--46704	16	2.8	16	89	0	70	47	13	4	34	1.63
48530--48637	48	2.2	49	83	1	128	35	17	16	30	1.92
54530--54583	20	2.7	20	80	11	65	35	14	12	37	1.85
54525--54583	21	2.9	20	77	10	66	35	13	13	37	1.84
54652--54736	20	4.6	20	75	19	85	35	14	17	32	1.90
54670--54734	33	2.0	33	90	0	103	35	13	18	32	1.90
61283--61403	52	2.3	52	95	0	215	29	18	17	34	1.94
61283--61423	52	2.7	52	87	4	187	31	17	17	33	1.94
61412--61436	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61477--61543	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
61499--61523	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
62313--63146	79	10.5	79	85	2	976	33	14	24	28	1.94
65470--65604	50	2.7	50	92	0	216	40	16	17	25	1.89
66193--66287	34	2.8	36	85	7	135	40	16	25	17	1.91
66270--66373	42	2.5	41	84	10	124	46	8	29	15	1.76
66394--66816	61	6.9	60	83	4	474	27	17	27	26	1.98
66396--66824	121	3.5	122	83	6	521	28	17	26	27	1.98
66395--66817	182	2.3	185	83	4	518	27	17	26	27	1.98
67795--67870	8	10.6	7	76	18	52	2	10	3	82	0.89
67816--67871	13	4.4	12	76	14	51	1	7	5	85	0.79
74079--74128	21	2.4	21	96	0	91	14	36	10	40	1.79
80236--80926	79	8.8	80	85	2	841	32	14	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84786--84848	31	2.0	31	90	0	99	57	20	7	14	1.62
85457--85497	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
91485--91517	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
91997--92045	17	2.9	17	82	11	64	67	2	0	30	1.02
91997--92045	16	2.9	16	85	8	62	67	2	0	30	1.02
92031--92082	19	2.8	18	77	13	61	53	0	0	46	1.00
95703--95758	22	2.6	21	77	8	58	62	3	3	30	1.29
96039--96077	16	2.3	17	82	13	53	43	0	0	56	0.99
96049--96088	14	2.7	15	84	7	55	35	0	0	65	0.93
96050--96096	24	2.0	24	82	0	58	38	0	0	61	0.96
96555--96588	11	3.2	11	91	4	52	47	5	0	47	1.26
96779--96833	20	2.8	18	77	20	56	67	5	0	27	1.12
97241--97276	18	1.9	19	88	5	56	38	0	2	58	1.13
97290--97344	24	2.3	24	77	0	56	45	0	3	50	1.19
97379--97434	27	2.1	27	83	6	69	55	0	0	44	0.99
97456--97503	21	2.2	23	85	14	66	52	0	0	47	1.00
98327--98358	13	2.4	14	85	15	50	37	0	0	62	0.95
99000--99084	22	3.7	22	66	18	57	42	1	0	56	1.07
99023--99095	19	3.9	19	68	22	57	41	1	0	57	1.07
99088--99126	20	1.9	21	89	5	62	28	0	0	71	0.86
99067--99129	8	8.4	8	73	16	55	36	0	0	63	0.95
99072--99146	11	6.4	12	75	10	59	38	1	0	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99631--99670	18	2.2	18	95	0	71	27	22	7	42	1.80
100716--100779	5	13.2	5	73	17	55	46	0	0	53	1.00
100716--100779	14	4.4	14	79	13	67	46	0	0	53	1.00
101207--101253	14	3.5	13	78	18	51	59	2	2	36	1.21
101215--101256	13	3.2	13	83	6	57	64	0	2	33	1.07
101913--101947	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
105408--105433	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
105387--105451	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
105387--105451	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
107505--107547	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
107979--108016	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
110099--110129	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
111932--111976	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
114196--114221	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
114175--114239	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
114175--114239	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
119825--119877	22	2.3	24	84	9	67	71	3	0	24	1.02
120497--120650	78	2.0	77	84	6	204	32	17	16	33	1.92
123083--123153	15	4.7	15	75	15	65	0	18	2	78	0.86
123114--123155	13	3.3	12	90	6	57	0	14	2	83	0.75
123080--123168	11	7.8	11	73	21	60	0	21	2	76	0.90
123079--123154	29	2.6	29	79	10	84	0	19	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124065--124184	56	2.1	56	81	6	136	24	15	25	34	1.95
124166--124435	28	9.7	28	77	4	179	22	18	27	31	1.97
124117--124436	28	11.5	28	76	5	157	23	18	27	30	1.97
124207--124575	138	2.7	138	81	2	418	21	17	27	33	1.96
130654--130709	19	2.8	20	91	2	87	33	14	14	37	1.86
130655--130709	20	2.8	19	91	2	83	34	14	12	38	1.84
130694--130811	31	3.5	30	69	22	92	42	11	16	30	1.82
130725--130780	20	2.8	20	86	0	76	42	14	8	33	1.77
130605--130861	71	3.6	71	89	1	392	41	12	16	29	1.84
130796--130850	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84

Tables:   1   2