genome.fa.s266.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold266
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  372371

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 296 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150888--150937	2	25.0	2	95	0	91	0	48	2	50	1.12
152942--152977	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
155380--155415	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
157605--157692	33	2.7	32	78	15	90	57	2	0	39	1.11
163256--163314	30	1.9	32	86	6	86	50	5	1	42	1.34
164346--164372	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
164372--164411	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
164750--164790	16	2.6	16	84	0	55	29	0	7	63	1.21
167024--167053	14	2.1	15	93	6	53	46	6	10	36	1.64
167207--167271	16	3.9	16	74	9	67	64	12	23	0	1.27
167242--167306	12	5.7	11	73	10	51	72	1	24	1	1.02
167258--167310	19	2.7	20	82	8	65	75	0	22	1	0.90
167246--167297	12	4.2	12	83	11	61	71	1	25	1	1.07
168736--168768	9	3.8	9	84	8	50	3	9	0	87	0.63
174345--174390	22	2.0	22	83	8	56	60	6	0	32	1.22
174367--174402	19	1.9	19	94	5	65	63	2	0	33	1.08
174370--174414	19	2.4	19	85	7	56	64	2	0	33	1.06
174325--174415	18	5.1	18	73	12	64	65	3	0	30	1.08
174526--174606	25	3.4	24	86	11	121	58	0	0	41	0.98
177229--177281	28	2.0	26	81	7	61	41	3	1	52	1.30
178262--178320	17	3.4	17	73	17	57	52	1	0	45	1.10
178262--178338	36	2.1	36	85	4	102	58	1	0	40	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178430--178456	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
178773--178852	13	6.2	13	79	15	78	47	0	0	52	1.00
178797--178850	15	3.6	17	75	25	59	50	0	0	50	1.00
178805--178872	30	2.3	31	84	7	95	44	0	0	55	0.99
178756--178852	13	7.5	13	71	22	71	45	0	1	53	1.07
185874--185927	20	2.7	20	85	5	74	46	11	14	27	1.79
187649--187674	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188332--188375	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
190172--190197	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
192276--192306	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
194110--194154	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
196283--196321	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
196372--196397	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
200183--200207	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
200281--200306	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
202627--202666	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
207649--207704	21	2.8	21	75	5	62	39	14	12	33	1.83
207756--207781	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
212107--212231	20	5.7	20	73	18	106	29	15	12	42	1.84
213993--214036	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
215028--215052	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
218770--218795	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218751--218813	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
224830--224880	20	2.7	19	79	11	61	29	3	15	50	1.62
228838--228866	12	2.4	12	100	0	58	58	24	0	17	1.38
235678--235717	17	2.4	18	80	16	50	60	0	2	37	1.11
235819--235851	16	2.0	17	94	5	59	24	0	3	72	0.98
236043--236100	22	2.6	22	83	2	71	70	3	1	24	1.12
236043--236100	11	5.2	11	77	22	59	70	3	1	24	1.12
236042--236117	22	3.3	23	73	12	59	68	5	2	23	1.23
236235--236266	15	2.1	16	94	5	57	0	15	0	84	0.63
237289--237363	35	2.2	36	79	13	86	60	0	0	40	0.97
241135--241180	23	2.0	23	100	0	92	52	21	0	26	1.47
243781--243807	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
243796--243837	21	2.0	21	86	9	59	59	0	0	40	0.97
243793--243842	25	2.0	26	84	4	66	58	0	0	42	0.98
246280--246318	20	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
246289--246318	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
246473--246501	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
247085--247148	23	2.8	24	81	6	71	59	1	1	37	1.16
247150--247201	21	2.3	23	83	9	63	53	0	0	46	1.00
247333--247388	24	2.4	22	82	8	67	57	1	0	41	1.09
247334--247404	5	14.2	5	73	19	51	54	1	0	43	1.08
247382--247476	37	2.6	37	81	6	115	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247820--247900	32	2.6	32	80	7	96	38	0	1	60	1.05
247853--247939	24	3.5	25	75	19	83	34	0	1	64	1.01
247875--247904	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
247860--247938	25	3.3	22	77	19	70	32	0	1	65	1.00
247802--247938	47	2.9	45	76	18	129	34	0	1	64	1.03
247860--247958	51	2.0	49	82	4	117	36	0	2	61	1.07
248226--248264	2	18.5	2	84	10	51	43	0	7	48	1.31
248982--249166	34	5.5	33	83	5	187	41	25	6	26	1.80
248982--249166	68	2.7	68	86	0	237	41	25	6	26	1.80
253580--253763	34	5.5	34	84	1	228	41	25	6	26	1.80
257392--257449	25	2.3	24	80	13	64	51	15	13	18	1.76
257405--257457	25	2.1	25	85	0	70	52	13	16	16	1.74
261541--261571	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
263426--263464	19	2.0	20	85	5	53	46	0	5	48	1.24
263670--263704	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
264732--264756	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
265762--265831	32	2.2	32	82	5	79	30	14	10	45	1.77
265812--265872	32	1.9	32	90	6	97	32	11	9	45	1.73
265788--265866	16	4.9	16	67	11	54	31	10	11	46	1.73
268631--268673	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
268773--268811	17	2.2	18	86	4	53	46	0	0	53	1.00
269160--269188	6	4.8	6	100	0	58	31	17	0	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269765--269815	26	2.0	25	84	3	66	27	3	3	64	1.28
270090--270134	22	2.0	24	82	8	58	33	8	11	46	1.70
271454--271485	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
271520--271558	6	6.5	6	84	0	51	25	0	41	33	1.56
271513--271558	18	2.6	18	92	0	74	26	0	39	34	1.57
271701--271751	26	1.9	27	88	4	77	45	1	9	43	1.48
271702--271760	26	2.3	26	78	0	64	52	1	8	37	1.42
275155--275291	52	2.6	52	94	0	229	29	14	12	43	1.82
279982--280236	59	4.2	59	73	12	185	27	11	13	47	1.78
279974--280209	125	1.9	126	84	4	325	28	11	13	47	1.77
280242--280360	49	2.4	49	85	0	148	31	15	16	36	1.90
280242--280409	49	3.4	49	77	4	144	31	14	15	38	1.88
283486--283522	6	6.5	6	81	12	51	83	0	16	0	0.64
283488--283520	11	3.0	11	90	0	57	87	0	12	0	0.53
283489--283518	15	1.9	16	93	6	53	86	0	13	0	0.57
284505--284945	78	5.7	77	73	9	295	31	12	18	37	1.88
285800--285830	2	15.5	2	93	0	53	3	45	0	51	1.17
288669--288746	27	2.9	27	86	3	95	21	10	20	47	1.80
288703--288763	24	2.4	25	86	8	79	27	9	16	45	1.79
288824--288872	13	3.8	13	88	0	80	20	44	6	28	1.75
290888--290965	28	2.8	28	86	0	93	21	19	35	23	1.96
290968--291174	54	3.9	52	80	7	231	35	9	23	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290948--291174	52	4.3	54	77	8	211	33	10	24	32	1.89
290947--291175	105	2.2	103	88	3	334	33	10	24	31	1.89
293519--293585	34	2.0	33	88	2	98	44	11	16	26	1.82
293617--293680	19	3.7	19	74	23	77	35	17	12	34	1.87
293609--293679	32	2.2	32	97	0	133	35	18	12	33	1.89
293636--293660	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
293736--293793	21	2.8	21	100	0	116	37	20	10	31	1.86
297475--297552	27	2.9	27	80	3	77	25	7	20	46	1.77
297631--297679	13	3.8	13	88	0	80	20	44	6	28	1.75
300147--300191	21	2.0	21	83	8	54	55	2	0	42	1.12

Tables:   1   2   3