genome.fa.s2677.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2677
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  391444

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 306 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266--554	150	1.9	150	84	8	383	40	13	11	34	1.81
1026--1051	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2615--2665	11	4.6	11	79	13	52	5	13	0	80	0.89
2615--2663	20	2.5	19	81	18	64	6	12	0	81	0.86
3265--3996	162	4.5	163	84	6	802	51	8	11	28	1.67
4843--4933	44	2.1	44	91	0	146	37	12	23	27	1.90
4950--5123	43	4.1	43	73	4	127	30	20	30	18	1.96
5258--5418	42	3.8	42	79	3	146	34	18	28	18	1.95
5411--5589	43	4.2	43	74	10	136	30	15	29	24	1.96
5441--5590	43	3.6	41	77	7	158	30	14	30	25	1.95
6842--6999	51	3.1	51	86	3	212	18	20	12	48	1.81
8377--8531	20	7.7	20	69	20	90	36	18	16	29	1.92
8458--8531	20	3.8	19	87	8	96	37	17	14	29	1.90
8377--8531	39	3.8	41	70	16	126	36	18	16	29	1.92
23074--23147	9	8.3	9	88	8	116	87	10	1	0	0.60
23074--23168	26	3.6	25	80	12	102	85	10	4	0	0.73
23074--23147	1	74.0	1	76	0	67	87	10	1	0	0.60
23074--23168	18	5.4	17	84	5	91	85	10	4	0	0.73
24238--25304	55	18.3	58	79	12	951	26	27	20	25	1.99
24238--25304	171	6.1	171	81	9	1119	26	27	20	25	1.99
24710--24959	134	1.9	134	84	5	344	24	28	20	27	1.99
24842--25318	61	8.2	59	78	9	412	26	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26230--26255	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
26242--26356	20	5.8	20	100	0	230	25	20	14	40	1.90
27276--27332	20	2.8	20	83	0	69	40	14	14	31	1.85
27318--27346	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
27438--27463	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27418--27485	33	2.1	32	88	2	100	35	16	14	33	1.89
29913--30306	51	7.6	51	74	12	316	28	27	12	31	1.92
29912--30306	52	7.6	51	73	9	307	28	27	12	31	1.92
30079--30153	27	2.7	27	87	6	98	24	33	18	24	1.97
29929--30415	211	2.3	210	88	2	719	27	27	13	31	1.94
30030--30444	107	3.9	106	72	13	271	26	27	14	30	1.95
30319--30520	79	2.6	79	82	1	226	25	27	15	30	1.96
31983--32028	22	2.3	21	82	17	62	47	0	21	30	1.51
31983--32061	21	3.9	20	72	21	58	46	0	20	32	1.51
31995--32036	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
38299--38329	13	2.4	13	88	0	53	35	6	16	41	1.74
38280--38342	33	1.9	33	83	6	83	33	14	14	38	1.86
38373--38430	19	3.1	18	88	11	89	32	17	15	34	1.91
38414--38439	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
40013--40037	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
40608--40675	19	3.9	19	76	21	76	33	11	16	38	1.85
40629--40653	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40695--40749	20	2.8	20	82	0	74	23	14	16	45	1.84
43077--43207	51	2.5	54	81	8	171	31	24	10	33	1.89
43191--43266	27	2.8	28	87	2	109	25	32	21	21	1.97
43300--43454	80	1.9	80	80	5	179	27	27	12	32	1.93
50606--50754	52	2.9	51	88	4	226	31	17	18	32	1.94
50806--50863	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
51671--51851	52	3.7	51	77	15	157	32	18	24	24	1.97
51710--51805	42	2.3	42	83	7	140	32	18	23	25	1.97
51868--52050	56	3.2	57	86	7	228	21	16	27	34	1.95
51868--52050	28	6.3	29	86	6	205	21	16	27	34	1.95
52024--52114	35	2.6	34	79	5	94	37	12	29	20	1.89
52091--52268	29	6.0	29	76	4	167	28	17	29	25	1.97
52090--52267	59	3.0	60	90	0	259	28	17	29	24	1.97
51914--52272	30	11.8	30	75	8	234	28	16	27	27	1.97
52489--52518	12	2.5	12	94	0	51	33	13	20	33	1.91
53647--53743	1	97.0	1	71	0	59	0	1	14	84	0.68
53647--53743	19	5.3	19	78	13	105	0	1	14	84	0.68
53649--53736	6	14.5	6	75	19	85	0	1	14	84	0.69
65688--65870	56	3.2	56	83	9	208	22	15	27	34	1.94
65688--65870	28	6.3	29	83	6	187	22	15	27	34	1.94
65844--65934	35	2.6	34	77	5	85	36	12	29	21	1.90
65913--66087	29	5.9	29	79	3	188	25	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65913--66086	59	2.9	59	93	0	285	25	17	31	25	1.97
65688--66091	30	13.5	30	73	9	233	26	15	28	29	1.96
66308--66337	12	2.5	12	94	0	51	33	13	20	33	1.91
74657--74874	70	3.0	70	64	23	162	37	22	16	24	1.94
74663--75123	147	3.1	147	90	0	726	35	20	17	26	1.95
75397--75684	149	1.9	148	84	6	377	41	12	10	35	1.78
75563--75796	130	1.8	129	95	0	423	41	13	12	32	1.82
77185--77839	164	4.0	164	82	7	650	50	7	12	28	1.68
77239--77839	166	3.6	163	83	6	624	51	7	11	29	1.66
77239--77956	332	2.2	330	80	5	786	51	7	12	28	1.67
80891--80935	22	2.0	22	83	8	56	51	6	6	35	1.55
82509--82882	166	2.3	166	79	5	416	31	10	8	49	1.66
82574--82921	166	2.1	166	80	7	384	29	11	8	50	1.69
84848--85343	155	3.2	150	74	10	442	25	15	19	39	1.90
93789--93813	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93879--93903	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
93912--94040	52	2.5	52	93	0	222	35	16	17	31	1.92
102269--102410	62	2.3	62	86	7	189	22	29	16	30	1.96
102268--102399	31	4.3	30	83	8	158	22	29	17	30	1.97
102371--103240	70	12.9	62	74	19	373	20	32	12	33	1.91
102399--102617	34	7.1	28	72	19	145	20	33	15	30	1.93
102492--103047	37	15.6	35	73	18	397	20	33	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102492--103049	70	7.8	70	83	12	533	20	33	12	33	1.90
102423--103206	121	7.3	105	71	20	461	20	33	12	33	1.90
102703--102877	87	2.0	88	94	1	307	21	33	12	32	1.91
102798--103240	104	4.4	102	77	14	433	20	33	12	34	1.89
102548--103266	260	2.7	263	89	5	1132	20	33	11	34	1.89
103076--103245	35	4.9	33	86	11	225	21	31	11	35	1.89
102894--103206	159	2.0	156	92	1	518	20	33	12	34	1.90
103058--103214	72	2.2	72	95	2	282	19	33	12	35	1.88
103076--103266	105	1.8	105	87	6	289	21	33	10	34	1.88
103248--103354	33	3.2	33	85	1	160	28	35	15	19	1.93
103354--103923	49	11.7	49	88	3	823	25	27	18	29	1.98
104819--104843	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104799--104868	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
104909--104933	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104942--105017	32	2.4	32	97	0	143	31	19	21	27	1.97
109125--109184	26	2.2	28	82	11	81	75	0	20	5	0.99
109450--109505	18	3.1	18	76	7	69	85	8	5	0	0.73
109453--109518	1	66.0	1	73	0	51	86	6	4	3	0.78
109453--109532	37	2.2	38	88	6	121	82	6	7	3	0.94
110161--110212	26	2.0	26	92	0	86	50	15	11	23	1.76
110970--111040	35	2.0	35	86	0	97	25	16	12	45	1.83
110979--111059	35	2.3	35	80	0	90	22	16	14	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111067--111220	47	3.3	47	88	3	204	18	23	17	40	1.91
111199--111247	26	1.9	26	87	4	73	14	22	12	51	1.75
111233--111462	47	4.9	47	87	1	302	20	23	17	38	1.93
111067--111387	167	1.9	166	87	3	475	19	23	17	39	1.92
111734--112301	287	2.0	287	85	2	773	35	14	13	36	1.85
112710--113014	166	1.8	166	81	4	382	33	11	7	47	1.69
114927--115229	155	2.0	155	87	3	441	24	20	19	35	1.96
115161--115446	148	1.9	147	79	7	321	25	17	19	38	1.93
118700--118734	19	1.9	17	88	11	52	85	0	11	2	0.69
120061--120094	15	2.2	16	94	5	61	91	8	0	0	0.43

Tables:   1   2   3