genome.fa.s2677.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2677
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  391444

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120604--121017	89	4.6	89	80	3	429	28	26	14	30	1.95
121197--121330	35	3.9	35	72	14	100	25	19	10	44	1.82
121342--121720	35	10.7	35	74	7	230	22	21	12	43	1.86
121345--121745	36	11.3	36	77	4	309	21	21	12	44	1.86
121736--122693	44	21.8	44	71	11	372	21	22	15	40	1.90
121730--122690	88	10.9	87	71	10	418	21	22	15	40	1.90
121750--122693	132	7.2	132	79	3	826	21	22	15	40	1.90
122877--123013	42	3.3	40	72	20	111	17	26	14	41	1.88
122972--123151	83	2.2	83	81	7	204	17	25	13	43	1.85
123592--123620	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
123604--123660	19	2.9	19	84	2	78	29	19	17	33	1.95
123692--123757	34	2.0	34	88	8	100	36	12	16	34	1.86
125342--125369	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
127056--127081	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
127170--127225	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
127213--127243	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
127267--127403	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
127391--127444	20	2.7	19	83	8	72	31	12	14	40	1.84
127483--127523	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
131399--131427	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
134007--134032	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133988--134055	34	2.0	34	86	8	95	32	11	22	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135393--135418	9	2.9	9	100	0	52	11	19	0	69	1.18
137792--138407	157	4.0	153	79	7	607	25	19	19	36	1.95
143042--143160	13	10.5	13	66	29	85	34	17	14	33	1.90
143045--143175	33	4.0	33	96	2	237	33	18	14	33	1.91
143078--143176	20	5.7	20	69	30	100	34	18	15	32	1.92
143206--143232	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
151882--151935	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
151965--151991	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
160345--160375	11	2.7	12	95	5	55	77	0	3	19	0.90
160948--160973	12	2.2	12	100	0	52	69	23	7	0	1.14
160992--161099	49	2.3	48	76	7	116	57	17	17	7	1.62
161012--161087	24	3.1	24	72	10	64	56	18	18	6	1.62
161126--161178	25	2.1	25	89	0	79	54	16	24	3	1.59
162819--163262	152	2.9	151	81	4	545	25	17	19	37	1.93
164708--165260	167	3.3	166	84	4	677	28	10	8	52	1.65
166679--167194	149	3.4	150	84	6	578	34	12	11	41	1.79
175164--175237	33	2.2	33	88	9	123	22	17	31	28	1.97
185739--186172	153	2.8	153	83	3	528	38	19	17	24	1.92
186837--187084	129	1.9	129	82	8	308	42	12	10	34	1.77
186948--187404	162	2.8	162	87	2	628	41	10	11	36	1.75
188747--189165	154	2.8	152	80	3	486	39	21	15	23	1.92
189992--190430	162	2.7	161	88	4	620	40	10	11	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192855--192879	11	2.3	11	100	0	50	68	16	0	16	1.22
193440--193729	156	1.9	156	85	3	406	41	20	15	23	1.89
193639--193967	117	2.8	116	80	0	343	39	20	16	24	1.92
195924--195949	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
196005--196075	20	3.6	20	88	5	101	36	18	12	32	1.88
196061--196087	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
199968--199994	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
201667--201711	22	2.1	22	91	4	74	42	6	24	26	1.79
202385--202415	13	2.4	13	88	0	53	35	16	12	35	1.87
205975--206078	20	5.7	18	77	17	83	27	16	15	40	1.88
206011--206041	13	2.5	13	94	5	55	25	16	16	41	1.88
205994--206058	32	2.0	32	96	0	121	26	15	15	43	1.86
206023--206079	19	2.9	19	86	2	78	29	17	15	36	1.91
212039--212204	20	7.8	20	74	16	136	30	15	13	40	1.85
212039--212203	40	3.8	40	75	18	170	30	15	13	40	1.85
212079--212254	51	3.7	51	73	17	178	30	16	13	40	1.86
212028--212254	91	2.5	91	94	0	391	29	16	13	40	1.86
213882--213910	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
226197--226277	12	7.0	11	72	24	51	80	12	4	2	0.97
226212--226276	26	2.5	26	85	7	78	81	12	3	3	0.92
226209--226265	19	3.1	18	80	10	62	82	10	3	3	0.91
226223--226276	7	7.9	7	80	12	58	83	12	1	1	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227530--227740	28	7.4	28	82	6	217	31	30	17	20	1.95
227530--227708	58	3.2	55	86	4	241	31	31	17	19	1.95
228672--228819	20	6.8	20	70	19	75	29	17	12	39	1.87
228692--228867	51	3.7	51	71	17	178	28	18	13	39	1.88
228661--228799	71	2.0	71	85	2	190	29	17	12	40	1.86
228672--228867	91	2.2	91	88	1	304	29	17	13	39	1.88
232361--232427	33	2.0	33	88	5	100	22	31	19	26	1.98
233419--233443	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
235674--235836	81	2.0	81	97	0	308	34	19	22	23	1.97
237424--238686	43	27.5	49	75	13	625	31	18	24	25	1.97
237500--237782	150	1.9	147	85	3	388	33	17	23	25	1.96
237838--237993	39	3.9	39	78	6	159	28	21	25	25	1.99
237697--238678	184	5.5	180	78	10	648	30	18	24	26	1.98
237835--238668	227	3.7	224	82	7	863	30	18	24	25	1.98
238598--238665	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
238533--238644	22	5.2	22	63	32	64	32	17	25	24	1.97
238683--239028	34	10.8	33	73	13	249	35	12	31	20	1.90
238817--238938	59	2.0	61	87	6	178	36	9	31	22	1.87
238848--238905	26	2.2	26	87	0	80	36	12	29	22	1.90
238782--239013	94	2.5	91	84	7	270	37	11	29	21	1.89
239009--239409	30	13.0	30	83	4	451	30	15	29	23	1.95
238988--239409	92	4.5	92	81	7	467	31	14	29	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239009--239412	62	6.5	61	83	7	474	30	15	29	24	1.95
240681--240719	20	2.0	20	90	5	62	2	5	12	79	1.00
246749--246798	20	2.5	20	100	0	100	50	10	20	20	1.76
247697--247751	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
252199--252269	20	3.5	20	86	3	79	38	14	16	30	1.89
252309--252363	21	2.6	21	94	0	92	30	16	16	36	1.91
253314--253352	21	1.9	21	94	5	71	15	23	17	43	1.87
256632--257574	55	16.6	54	83	9	1000	24	20	27	27	1.99
256746--256831	26	3.2	26	64	20	68	19	18	32	29	1.96
256664--257574	116	8.0	110	86	6	1110	24	20	27	27	1.99
256945--257033	29	3.2	29	62	26	73	21	20	31	26	1.98
256641--257574	226	4.1	226	90	4	1357	24	20	27	27	1.99
256641--257574	171	5.5	165	83	6	1066	24	20	27	27	1.99
258441--258541	1	101.0	1	80	0	112	0	3	5	90	0.56
259251--259281	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
265486--265676	77	2.5	77	96	0	346	42	5	16	35	1.70
266215--266241	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
269226--269277	20	2.6	20	87	0	68	36	15	15	32	1.89
277346--277414	21	3.0	22	79	16	61	26	5	8	59	1.50
277365--277414	25	2.0	25	96	0	91	26	6	8	60	1.48
279512--279559	17	2.7	18	83	9	62	41	2	0	56	1.11
286414--286465	20	2.6	20	75	0	50	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289502--289547	20	2.3	20	85	3	58	2	23	0	73	0.94
289499--289543	23	1.9	24	86	4	65	2	22	0	75	0.91
289611--289656	20	2.3	20	85	3	58	2	23	0	73	0.94
289608--289652	23	1.9	24	86	4	65	2	22	0	75	0.91
289463--289680	109	2.0	109	100	0	436	19	24	7	48	1.74
290896--291679	28	26.5	30	79	10	569	23	17	27	30	1.97
291017--291651	182	3.6	181	83	4	720	23	17	27	31	1.97
291664--292121	27	16.6	27	82	3	468	28	13	31	25	1.94
291645--292120	82	5.8	83	81	4	484	29	14	30	25	1.94
291664--292120	55	8.3	55	82	5	485	28	13	31	25	1.94

Tables:   1   2   3