genome.fa.s2698.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2698
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  473008

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 361 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173719--173756	20	1.9	20	89	10	60	2	7	7	81	0.96
173988--174019	5	6.4	5	100	0	64	40	21	18	18	1.91
177737--177762	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
177717--177780	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
177812--178398	299	2.0	299	99	0	1156	35	14	11	38	1.83
178702--178742	20	2.0	22	90	9	68	34	26	2	36	1.70
182836--182955	52	2.3	52	92	1	197	27	17	19	35	1.94
182836--182975	52	2.7	52	84	5	178	29	17	19	34	1.94
182964--182988	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183055--183079	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
184029--184075	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
184209--184261	20	2.7	20	90	0	79	43	15	16	24	1.87
192326--192383	21	2.8	21	78	2	64	39	12	10	37	1.77
196770--197105	154	2.2	154	81	5	383	39	18	17	24	1.92
198757--198803	13	3.8	12	78	15	51	2	27	2	68	1.13
198755--198803	25	2.0	25	84	15	66	2	26	2	69	1.10
199134--199856	167	4.4	162	79	7	713	51	8	12	27	1.69
203914--204067	48	3.2	48	86	2	193	33	14	16	35	1.89
204038--204124	20	4.6	20	73	13	76	37	11	14	35	1.83
206506--206546	20	2.0	20	90	0	64	39	12	14	34	1.84
206686--206755	20	3.5	20	74	18	65	41	15	10	32	1.81
206702--206756	20	2.8	19	86	5	74	40	14	10	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208450--208475	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
208557--208620	33	1.9	33	84	6	85	32	15	15	35	1.90
209153--209208	27	2.1	27	83	6	69	42	28	1	26	1.65
211051--211086	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
224843--224867	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
224822--224884	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
224936--225003	33	2.1	33	86	8	95	33	17	14	33	1.91
227960--228946	33	30.8	34	79	9	831	20	31	12	35	1.90
228060--228147	27	3.0	27	80	9	86	21	30	13	34	1.92
227986--228939	128	7.5	127	82	6	990	20	31	12	35	1.90
228346--228405	27	2.2	27	87	0	84	20	33	13	33	1.91
228605--228906	27	10.0	27	75	16	118	21	33	13	32	1.92
228920--229044	29	4.3	30	84	7	159	33	32	16	18	1.93
228920--229044	57	2.2	58	84	5	164	33	32	16	18	1.93
229071--229231	39	3.9	39	76	16	171	28	29	18	23	1.97
229071--229280	87	2.4	88	92	0	341	28	28	18	25	1.98
229197--229526	49	6.6	49	83	5	367	25	25	17	31	1.97
229197--229526	101	3.3	100	83	4	391	25	25	17	31	1.97
230299--230324	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
234801--234834	16	2.1	16	94	0	59	26	8	17	47	1.77
239737--239815	21	3.8	21	89	3	115	39	16	13	30	1.88
240583--241044	52	8.8	52	74	7	270	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240754--241027	51	5.3	51	77	4	219	31	15	26	26	1.96
241326--241661	31	10.5	33	75	7	113	25	16	26	32	1.96
241442--241658	31	6.8	32	77	8	156	25	17	25	31	1.97
241324--241658	64	5.2	64	74	9	272	24	16	26	32	1.96
241668--241767	31	3.2	31	86	2	137	21	18	30	31	1.96
241764--241827	28	2.3	28	83	5	76	37	14	23	25	1.92
241758--242748	30	33.8	29	75	8	633	30	12	31	25	1.93
241846--242770	59	15.7	59	75	8	432	30	12	31	25	1.92
241764--242748	88	11.2	85	75	8	522	30	12	30	25	1.93
241846--242755	147	6.2	146	77	5	607	30	12	31	25	1.92
242511--242578	35	2.0	35	85	2	93	27	8	35	27	1.87
247282--247322	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
247520--247644	20	5.8	20	72	17	97	31	17	12	39	1.86
249369--249394	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
249349--249413	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
251609--252287	338	2.0	338	92	0	1117	30	20	17	31	1.95
255514--255589	20	3.7	20	73	13	64	31	11	17	39	1.85
255501--255567	22	3.1	22	73	16	68	28	14	14	41	1.86
255501--255587	42	2.1	42	88	0	129	31	13	14	40	1.86
256027--256098	36	2.0	36	86	7	103	30	11	30	27	1.91
260798--260823	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
260780--260843	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261280--261346	36	1.9	35	88	11	102	32	13	25	28	1.93
262484--262559	20	3.7	20	73	13	73	32	11	17	38	1.86
262471--262537	22	3.1	21	73	16	66	29	14	14	40	1.87
262471--262557	42	2.1	42	91	0	138	32	13	14	39	1.86
262994--263065	36	2.0	36	86	7	103	30	11	30	27	1.91
265643--265667	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
271981--272022	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
274309--274333	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
274434--274459	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
274414--274480	33	2.1	32	88	2	98	34	19	13	32	1.91
277109--277260	77	2.0	77	98	0	295	44	7	29	18	1.78
278006--278030	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
278058--278088	10	3.1	10	90	0	53	22	25	9	41	1.84
278066--278164	52	1.9	52	93	0	171	32	17	13	37	1.88
278613--278701	36	2.7	33	76	16	94	26	14	24	33	1.94
280174--280239	35	1.9	35	90	9	109	31	24	12	31	1.92
280637--280738	43	2.4	43	88	0	141	36	11	16	35	1.86
283308--283354	22	2.2	22	81	11	53	44	2	23	29	1.65
283433--283469	19	1.9	19	100	0	74	37	10	10	40	1.75
283437--283482	19	2.4	19	85	7	58	34	13	8	43	1.74
285790--285821	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
290600--290674	23	3.7	19	80	18	80	29	14	17	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290624--290671	23	2.1	23	96	0	87	29	14	16	39	1.88
290696--290738	19	2.3	19	92	4	70	34	32	6	25	1.83
290746--290795	19	2.5	20	83	3	66	28	16	22	34	1.95
298619--298739	52	2.3	52	95	0	215	29	18	18	33	1.94
298619--298760	52	2.7	51	89	4	205	31	17	18	32	1.94
298748--298772	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
299599--300208	49	12.3	49	80	10	584	33	16	24	25	1.96
300214--300399	33	5.7	33	86	5	227	17	19	33	29	1.95
300214--300399	65	2.8	66	88	4	254	17	19	33	29	1.95
300214--300408	98	2.0	97	90	3	311	17	18	34	28	1.94
300423--300809	34	12.2	33	73	16	293	34	12	34	18	1.88
300444--300614	67	2.6	65	83	5	173	36	12	34	16	1.87
300423--300614	33	5.7	34	77	7	187	36	11	33	17	1.87
300474--300614	67	2.1	65	85	5	185	36	12	35	15	1.85
300594--300636	22	2.0	22	95	0	77	44	6	34	13	1.72
300526--300790	89	3.0	89	82	11	312	34	12	35	17	1.87
300631--300785	27	5.2	27	74	19	139	30	13	36	18	1.90
300542--300785	61	4.1	60	84	6	318	33	12	36	18	1.88
300693--301028	156	2.1	156	81	9	373	31	15	31	20	1.94
300785--301069	64	4.6	63	75	12	230	32	16	29	22	1.95
300806--301069	32	8.5	30	74	15	196	30	16	29	23	1.96
302025--302084	26	2.2	28	85	8	81	0	13	6	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308869--308893	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
308990--309114	52	2.4	52	94	0	223	36	18	16	28	1.93
315372--315421	19	2.5	20	83	3	66	28	16	22	34	1.95
316383--316409	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
316365--316429	33	2.0	33	88	11	98	35	13	18	32	1.90
318003--318037	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
321143--321173	16	2.0	16	93	6	55	51	0	9	38	1.35
323011--323063	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
333058--333110	20	2.6	20	81	3	61	39	13	18	28	1.88
339165--339200	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87

Tables:   1   2   3   4