genome.fa.s2698.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2698
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  473008

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6801--6826	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6781--6844	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
7507--7552	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
9356--9381	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13284--13328	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
15548--15573	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
15528--15592	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
16836--16866	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
18937--18975	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
19096--19142	22	2.3	19	77	22	51	31	14	4	48	1.63
21507--21532	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29908--29957	27	2.0	26	84	11	68	24	38	18	20	1.93
34576--34631	28	1.9	30	92	7	98	41	23	23	12	1.88
36043--36404	31	11.8	30	79	7	386	24	29	14	31	1.95
36049--36404	61	5.8	61	81	5	389	24	29	15	31	1.95
36043--36391	92	3.8	92	85	5	447	24	28	14	31	1.95
36377--36525	61	2.5	60	84	8	196	22	28	12	36	1.90
36406--37243	33	25.9	33	78	8	758	19	29	12	38	1.88
37342--37506	39	4.0	39	75	13	159	27	24	20	27	1.99
37299--37653	87	3.9	87	84	6	395	25	25	19	29	1.98
37473--37781	49	6.2	49	78	6	282	23	26	16	33	1.96
37473--37749	98	2.8	99	84	3	319	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38975--38999	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
39048--39075	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
39028--39093	33	2.0	33	85	5	89	30	15	13	40	1.85
45488--45612	52	2.4	52	91	2	207	36	17	18	28	1.94
53788--54137	31	11.2	31	76	14	236	21	34	14	30	1.92
53920--54231	34	9.6	33	75	15	260	20	34	13	30	1.91
53991--54203	61	3.4	61	84	9	275	20	34	12	32	1.90
53886--54356	95	5.0	90	73	16	309	21	34	13	30	1.92
53889--54295	163	2.6	155	83	10	443	21	34	13	30	1.92
53889--54418	34	16.6	32	72	18	214	21	33	13	30	1.92
54464--55115	49	13.6	49	87	6	937	25	25	18	30	1.98
54464--55124	141	4.6	141	89	5	1019	25	25	17	31	1.97
55025--55146	52	2.3	53	84	4	165	25	23	13	36	1.92
56037--56061	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56124--56148	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56137--56281	52	2.8	50	86	6	200	33	18	17	29	1.95
63213--63359	50	2.9	50	78	9	154	36	10	22	30	1.87
63374--63644	128	2.1	131	80	5	302	36	11	22	29	1.89
63501--63781	79	3.6	79	80	2	316	34	12	23	29	1.92
68619--68666	17	2.8	18	87	6	64	83	2	14	0	0.74
68619--68666	25	1.9	25	87	8	71	83	2	14	0	0.74
68619--68666	12	3.9	12	84	10	62	83	2	14	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68617--68672	25	2.2	25	78	6	69	76	1	17	3	1.01
70964--70989	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70944--71007	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
73344--73390	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
73512--73589	20	3.6	20	73	18	66	39	15	16	28	1.89
75601--75639	15	2.5	15	83	4	51	17	20	17	43	1.88
79678--79728	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86
83601--83662	32	1.9	32	86	3	88	45	14	11	29	1.80
86386--86458	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
86404--86479	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
86386--86479	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
86518--86543	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
90606--90636	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
92706--92743	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
93171--93213	20	2.1	20	82	4	50	20	44	25	9	1.81
94510--94558	20	2.4	20	93	3	80	30	4	20	44	1.70
95307--95332	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
95289--95352	32	2.0	33	87	3	94	40	15	15	28	1.88
96217--96411	90	2.2	90	83	1	230	30	24	14	30	1.94
96244--96671	92	4.7	89	75	8	285	29	25	12	32	1.93
96247--96671	184	2.3	182	80	7	445	29	25	12	32	1.93
96908--96965	18	3.1	18	82	9	55	63	6	12	17	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97431--97885	46	9.8	46	73	7	233	21	21	14	42	1.89
97304--97554	135	1.9	135	81	3	308	23	21	16	38	1.93
97452--97603	49	3.2	48	85	4	193	21	23	17	37	1.94
97273--97697	181	2.3	180	81	5	462	23	22	15	39	1.92
97756--97925	47	3.7	46	78	5	141	20	21	16	42	1.89
97820--97969	45	3.3	43	81	7	140	21	22	16	40	1.91
97894--98014	45	2.7	44	83	1	134	20	18	18	42	1.89
97894--98014	44	2.7	45	83	2	136	20	18	18	42	1.89
99104--99145	18	2.4	17	84	7	57	80	7	0	11	0.88
99478--99573	38	2.5	38	91	0	156	53	13	25	8	1.67
100042--100179	69	2.0	69	84	2	179	31	36	13	18	1.90
101835--101947	53	2.1	53	100	0	226	44	11	12	31	1.78
106626--106651	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106711--106783	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
106690--106766	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
106690--106783	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
109253--109291	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
111362--111392	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
115002--115027	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
115087--115159	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
115066--115142	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
115066--115159	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118392--118468	20	3.8	20	84	0	109	44	14	11	29	1.80
121896--122041	52	2.8	52	88	2	213	29	16	19	34	1.93
122030--122054	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
122096--122145	19	2.6	19	96	0	91	36	16	12	36	1.85
122818--122997	48	3.8	48	87	1	245	34	18	26	20	1.96
123133--123728	28	20.2	28	76	8	305	22	17	31	28	1.96
123230--123579	32	11.5	31	73	13	185	22	16	30	30	1.96
123203--123688	89	5.4	89	78	8	402	22	16	31	29	1.96
123133--123660	119	4.4	117	78	8	444	21	17	31	29	1.96
123605--124102	27	18.1	27	86	2	546	25	13	33	26	1.94
132501--132555	20	2.8	20	85	0	74	40	12	12	34	1.82
136373--136417	19	2.4	19	88	0	63	37	11	13	37	1.80
138415--139183	167	4.6	165	75	7	610	48	8	10	32	1.67
140281--140367	30	2.9	29	77	3	86	43	9	19	27	1.81
140280--140441	60	2.7	60	81	4	184	43	11	20	24	1.85
140296--140594	30	9.9	30	67	9	146	41	11	22	24	1.87
140403--140595	60	3.2	60	77	6	167	39	12	23	24	1.89
140332--140517	90	2.1	90	80	4	205	41	11	22	25	1.86
144573--144860	142	2.0	143	86	3	402	36	19	18	24	1.94
150649--150674	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
150631--150694	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
156827--156852	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158718--158758	20	2.0	22	85	9	59	39	2	24	34	1.69
159062--159648	299	2.0	299	99	0	1165	38	11	14	35	1.83
159698--159723	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
162435--162778	155	2.2	155	82	4	424	35	21	18	24	1.96
164483--165094	166	3.7	163	82	6	619	52	8	9	29	1.65
164562--165094	166	3.2	165	84	5	639	53	8	8	29	1.62
167821--167885	33	2.0	33	87	6	96	30	16	15	36	1.90
167956--167980	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
167937--168001	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
173319--173372	22	2.5	22	87	0	72	7	24	11	57	1.58

Tables:   1   2   3   4