genome.fa.s2740.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2740
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  449113

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3026--3063	13	2.9	13	88	0	58	31	18	13	36	1.89
5333--5382	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
5456--5480	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5436--5503	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
6386--7689	651	2.0	651	79	5	1429	35	15	17	31	1.91
7043--8128	476	2.3	475	84	2	1392	37	14	18	30	1.90
7729--8538	410	2.0	410	86	2	1126	36	15	18	30	1.91
8137--31081	477	48.2	475	83	3	26069	36	14	18	30	1.91
30736--31422	351	2.0	351	84	4	911	38	13	18	30	1.89
30302--31903	826	1.9	826	87	2	2324	37	13	18	30	1.89
31087--33404	477	4.9	477	84	2	2893	36	13	18	31	1.90
33049--34239	418	2.9	418	91	0	1877	36	13	17	32	1.89
34262--35240	159	6.2	155	66	11	417	36	13	18	31	1.90
34213--34871	315	2.1	316	85	2	901	37	13	18	29	1.90
34537--36643	476	4.4	476	82	3	2421	36	14	18	30	1.91
37336--38870	476	3.2	473	84	2	2004	36	14	18	30	1.91
38364--38651	158	1.8	158	80	3	346	34	15	17	32	1.91
38520--39187	317	2.1	316	84	3	880	36	15	17	30	1.91
38214--39658	788	1.8	791	86	1	2128	37	14	17	30	1.90
38831--40610	476	3.8	475	84	2	2118	35	14	18	31	1.91
40259--40909	315	2.1	316	85	3	882	37	15	18	29	1.91
41199--41263	20	3.6	20	71	26	72	30	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41218--41242	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41199--41262	33	1.9	33	96	0	119	31	18	14	35	1.91
41314--41351	20	1.9	20	88	0	58	34	10	15	39	1.82
41313--41379	33	2.0	33	91	5	109	37	11	14	35	1.84
47533--47557	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48063--48136	22	3.8	20	69	23	59	39	2	31	27	1.70
48682--48706	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48691--48747	20	3.0	20	76	5	64	35	14	15	35	1.88
50012--50357	172	2.0	172	85	2	462	33	13	19	33	1.90
50326--58343	159	50.7	158	65	11	1619	35	14	18	31	1.91
50235--51164	467	2.0	465	85	2	1249	35	14	18	31	1.91
51608--53209	791	2.0	784	85	4	2125	35	13	18	32	1.91
50822--52763	315	6.1	316	73	10	979	35	14	18	31	1.91
52401--55452	477	6.4	476	83	4	3663	36	14	17	31	1.90
52409--55507	953	3.3	949	86	2	4050	36	14	17	31	1.90
55116--55774	310	2.1	310	80	5	750	36	15	16	31	1.90
55435--58456	476	6.4	476	86	2	3931	35	15	18	30	1.92
58660--58702	21	2.0	21	86	8	61	41	13	9	34	1.77
58833--58860	10	2.8	10	100	0	56	17	21	10	50	1.77
59366--59458	36	2.8	33	82	12	118	30	13	26	29	1.95
60152--60822	316	2.1	319	86	4	919	35	14	17	31	1.91
59712--62092	797	3.0	786	85	3	3129	35	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60959--61626	316	2.1	316	88	2	984	35	14	18	30	1.91
60129--65777	159	35.6	157	65	12	823	35	14	18	31	1.91
61254--102778	476	86.1	475	74	10	17073	35	14	18	31	1.91
66929--67583	319	2.1	318	88	2	956	36	13	19	30	1.91
66909--67424	159	3.2	158	69	7	443	35	14	18	30	1.91
66968--67464	160	3.1	158	68	7	419	35	13	19	30	1.91
69594--70092	160	3.1	158	67	17	407	34	14	20	31	1.92
67677--72524	159	30.6	156	65	13	881	35	14	18	31	1.91
72870--73888	316	3.2	315	71	12	879	35	14	18	31	1.91
73119--82506	159	59.3	158	65	14	1930	35	14	18	31	1.91
76943--76974	16	2.0	16	93	0	55	46	15	12	25	1.81
84138--85294	159	7.3	157	67	13	508	36	13	17	31	1.90
85220--85371	77	2.0	77	100	0	304	35	18	13	32	1.89
85297--88663	159	21.2	156	66	14	935	36	14	18	31	1.90
85297--88717	477	7.2	476	87	1	4815	36	14	18	31	1.90
89420--102778	951	14.0	951	81	6	12736	36	13	18	31	1.90
89537--98317	317	27.7	313	65	14	1739	36	13	18	31	1.90
89654--98317	159	54.7	156	65	13	1875	36	13	18	31	1.90
97974--98654	352	1.9	353	88	0	1033	37	14	18	30	1.90
97498--99116	828	2.0	828	87	1	2341	36	14	18	30	1.91
99622--100096	241	2.0	239	88	3	704	35	12	20	31	1.90
103521--103573	20	2.7	20	94	2	90	35	18	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106141--106165	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111607--111660	20	2.7	20	91	5	83	35	18	12	33	1.89
111689--111741	19	2.7	20	85	5	72	33	18	16	30	1.94
112456--114532	159	13.1	158	66	14	429	36	13	17	31	1.89
112048--119707	476	16.1	475	86	2	10029	36	14	18	31	1.90
115541--118137	159	16.4	161	66	15	380	36	14	18	30	1.91
119288--120127	420	2.0	419	87	2	1195	36	14	18	31	1.90
119708--122614	475	6.1	474	88	2	4057	36	14	18	30	1.91
124952--125071	42	2.8	42	83	1	150	45	0	42	12	1.42
124994--125031	12	3.2	12	82	17	53	39	0	50	10	1.37
124952--125061	24	5.1	23	66	24	69	43	0	42	13	1.44
128718--132585	159	24.5	158	66	12	992	36	15	18	29	1.92
128723--140725	473	25.2	474	82	6	11014	35	15	18	29	1.92
134218--134899	317	2.2	317	88	2	994	37	16	18	28	1.92
133588--140725	159	45.3	158	64	14	1192	35	15	18	30	1.92
137905--137946	21	2.0	21	100	0	84	42	4	28	23	1.74
145220--145280	9	7.1	9	70	10	56	14	44	0	40	1.46
145192--145310	42	2.8	42	87	2	168	10	45	0	43	1.43
145225--145259	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
146916--152765	476	12.4	476	87	2	7993	36	15	18	29	1.92
147190--154690	159	47.5	158	65	13	906	35	15	19	29	1.92
152565--152925	160	2.3	158	86	4	492	36	14	19	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152110--153359	626	2.0	624	87	3	1794	36	15	19	29	1.92
152729--155123	476	5.1	476	89	2	3410	34	15	19	29	1.93
160097--160206	42	2.6	42	92	0	184	9	48	2	40	1.49
161825--164005	476	4.6	476	88	1	2976	35	15	18	30	1.92
165612--170581	159	31.4	154	65	15	1156	35	15	19	29	1.92
165379--175698	476	21.6	476	84	4	12868	36	15	18	29	1.92
170711--170857	71	2.1	71	89	1	224	38	14	15	31	1.87
175757--184210	476	17.8	475	88	1	11732	35	15	18	30	1.92
175757--184210	951	8.9	952	88	1	11790	35	15	18	30	1.92
175869--184174	159	52.4	158	65	12	1884	35	15	18	30	1.92
184211--184944	28	25.8	28	86	3	898	22	18	30	28	1.97
186174--186203	11	2.6	12	94	5	53	0	3	13	83	0.77
200118--200287	20	8.9	19	68	14	93	42	11	13	31	1.80
200091--200297	93	2.3	91	87	4	292	43	11	14	29	1.81
200794--202593	476	3.8	474	86	2	2428	35	15	18	29	1.92
202592--203245	327	2.0	325	92	2	1089	31	13	27	27	1.94
204531--204659	42	3.1	42	88	1	188	44	2	44	7	1.45
213742--213795	15	3.4	15	73	14	54	9	50	1	38	1.45
213758--213819	18	3.6	18	72	12	58	11	43	1	43	1.50
213743--213813	33	2.2	33	92	0	115	11	46	1	40	1.48
213771--213842	12	6.5	11	75	16	53	11	47	1	40	1.48
213773--213852	42	1.9	42	92	0	133	8	46	1	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215955--216698	377	2.0	374	95	1	1337	24	16	18	40	1.91
217271--217331	9	6.1	9	78	17	59	44	1	40	13	1.53
217274--217344	18	3.6	18	72	20	61	45	1	40	12	1.51
217241--217356	42	2.8	42	87	0	160	43	1	43	12	1.52
221921--221991	9	8.1	9	73	17	60	42	1	40	15	1.56
221920--221956	19	1.9	19	88	0	56	43	2	43	10	1.53
221903--221944	21	2.0	21	85	4	57	47	2	42	7	1.43
221903--222020	42	2.9	42	80	7	118	44	2	41	11	1.55
221930--222020	42	2.1	43	87	2	130	41	3	41	13	1.60
226293--227278	493	2.0	493	97	0	1848	30	12	26	30	1.93

Tables:   1   2