genome.fa.s2752.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2752
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  500988

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7849--7930	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
7910--8082	52	3.4	51	82	5	213	32	11	25	30	1.91
8068--8140	27	2.6	28	87	6	96	21	20	32	24	1.97
10586--10648	33	1.9	33	86	0	90	44	17	12	25	1.84
10690--10716	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
11462--12859	55	25.4	55	91	4	2123	20	20	30	28	1.97
11536--12835	28	47.2	28	58	18	146	20	19	30	28	1.97
12007--12092	26	3.2	26	67	20	77	17	18	34	29	1.94
12226--12308	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
12611--12693	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
12776--12859	26	3.1	26	66	21	64	17	20	33	28	1.95
13713--13771	1	59.0	1	77	0	55	0	5	6	88	0.64
13713--13772	13	4.8	12	84	8	75	0	5	8	86	0.69
13698--13772	38	2.0	37	84	2	96	0	9	6	84	0.79
13713--13772	25	2.4	25	81	8	77	0	5	8	86	0.69
13697--13771	15	5.2	14	80	9	80	0	9	5	85	0.74
18380--18635	79	3.2	79	83	5	320	30	15	26	27	1.96
18334--18635	158	1.9	160	83	4	394	32	14	25	27	1.95
18567--18686	51	2.4	51	92	0	204	32	13	25	29	1.93
18488--18761	130	2.1	130	94	0	476	33	13	24	28	1.93
18411--18842	209	2.1	210	88	2	638	33	13	24	28	1.93
18618--19043	79	5.4	79	89	1	642	33	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18280--18922	288	2.2	290	84	3	805	34	13	24	27	1.93
18618--19043	157	2.7	158	91	1	703	33	13	25	28	1.94
20447--20553	35	3.1	35	97	0	205	19	33	5	41	1.75
20488--20609	21	6.5	21	67	24	92	19	31	5	43	1.74
20488--20609	56	2.2	56	96	0	226	19	31	5	43	1.74
20523--20570	21	2.3	21	100	0	96	20	25	4	50	1.66
20544--20634	35	2.6	35	96	0	164	19	29	5	45	1.73
20447--20588	70	2.0	70	81	5	162	19	33	5	40	1.75
20453--20634	91	2.0	91	96	0	337	19	30	5	44	1.73
20640--20687	6	7.6	7	92	4	52	27	0	2	70	0.98
20641--20680	6	6.7	6	100	0	80	30	0	0	70	0.88
26369--26404	3	12.0	3	87	0	54	27	33	2	36	1.72
28530--28592	25	2.5	25	79	7	65	3	22	0	74	0.96
28533--28579	16	2.9	15	84	12	58	4	17	0	78	0.90
28963--29014	23	2.3	23	86	0	68	46	13	15	25	1.82
29833--29935	32	3.3	31	72	14	93	53	23	3	19	1.61
29859--29899	16	2.6	16	88	0	64	56	29	2	12	1.49
35943--35980	5	7.6	5	96	0	67	57	0	39	2	1.12
37978--38029	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
38029--38073	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
40383--40427	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
41555--41602	13	3.2	15	82	17	64	41	6	0	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41550--41593	23	2.0	22	86	4	61	38	4	2	54	1.33
41675--41713	19	2.1	19	85	9	53	17	5	7	69	1.32
42843--43169	165	2.0	163	86	5	459	48	14	6	30	1.69
43389--43549	74	2.2	74	83	5	200	54	10	2	32	1.48
43945--43987	22	1.9	22	85	4	59	30	0	0	69	0.88
43954--44120	71	2.3	72	82	8	194	37	2	1	59	1.18
44291--44355	3	21.7	3	96	0	121	32	1	0	66	1.01
44754--44778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44816--44888	22	3.4	22	81	7	105	26	24	10	38	1.88
44837--44869	10	3.3	10	91	0	57	24	30	6	39	1.79
44807--44895	42	2.1	42	93	0	151	24	24	10	40	1.86
44948--44990	22	2.0	22	100	0	86	27	23	13	34	1.93
45431--45497	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
45966--46052	26	3.5	26	66	28	71	28	3	2	65	1.21
46443--46605	16	10.2	16	70	5	96	13	14	29	42	1.84
46455--46644	64	3.0	64	87	1	211	13	15	30	41	1.85
46447--46616	32	5.3	32	78	5	155	13	15	31	40	1.86
46534--46638	32	3.3	31	73	15	97	12	15	30	41	1.84
46502--46650	64	2.3	64	90	0	226	14	16	30	39	1.87
46449--46650	16	12.6	16	70	14	87	13	15	30	40	1.86
46665--46706	16	2.7	16	77	3	50	19	16	28	35	1.93
47699--47728	15	2.0	15	100	0	60	6	13	33	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47675--47765	38	2.4	38	81	1	110	19	12	21	46	1.83
47752--47851	16	6.2	16	73	11	71	26	15	18	41	1.89
60052--60080	5	5.8	5	100	0	58	20	0	41	37	1.53
61138--61179	19	2.3	18	91	4	66	69	0	2	28	1.01
61322--61356	18	1.9	18	88	11	54	0	20	2	77	0.90
62118--62153	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
62273--62344	21	3.5	21	70	24	62	36	0	5	58	1.22
62565--62597	13	2.5	13	90	9	50	36	0	0	63	0.95
62548--62612	31	2.1	32	88	2	96	38	0	1	60	1.07
62574--62612	19	2.1	19	85	9	53	38	0	0	61	0.96
66446--66503	23	2.7	21	79	12	57	37	0	0	62	0.96
66452--66503	21	2.5	20	75	9	59	36	0	0	63	0.95
66451--66503	20	2.5	22	79	17	67	37	0	0	62	0.96
66444--66503	14	4.3	14	73	12	52	38	0	0	61	0.96
66591--66645	10	5.1	10	79	14	56	69	0	0	30	0.89
67145--67183	14	2.7	15	84	8	53	25	0	2	71	0.98
67837--67916	31	2.7	29	80	5	88	41	1	3	53	1.27
67914--67996	23	3.1	28	75	22	88	46	1	1	50	1.16
67900--67979	23	3.3	23	78	20	83	51	0	0	48	1.00
71296--71676	154	2.5	155	75	8	373	41	15	15	27	1.87
71248--71676	154	2.8	153	74	8	370	41	15	15	28	1.87
73429--73460	6	5.5	6	92	7	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73429--73460	11	2.8	12	95	4	57	68	0	0	31	0.90
75541--75621	33	2.5	33	83	0	117	43	17	22	17	1.88
75653--75772	41	2.9	41	86	0	150	48	9	23	19	1.77
76185--76216	12	2.6	12	95	5	55	37	9	28	25	1.87
76248--76464	77	2.9	74	75	11	206	44	10	17	26	1.82
76248--76534	76	3.8	74	74	11	226	44	11	17	26	1.82
76689--76784	48	2.0	48	87	4	140	47	6	25	20	1.73
76633--76859	124	1.8	123	80	3	269	43	8	23	24	1.82
76767--77128	76	4.8	76	77	6	340	42	14	15	27	1.86
76746--77128	152	2.5	153	81	4	418	42	14	16	26	1.86
77263--77488	60	3.8	59	78	7	215	47	18	15	19	1.83
78264--78384	44	2.8	44	75	9	129	47	17	14	19	1.82
78113--78426	88	3.6	88	78	2	290	44	14	16	23	1.86
78892--79298	113	3.6	111	77	7	351	37	13	15	34	1.86
88452--88573	59	2.1	59	100	0	244	38	9	19	32	1.83
97278--97397	57	2.1	58	81	4	136	25	10	15	47	1.78
99234--99294	15	4.0	15	78	8	61	73	1	11	13	1.16
106066--106091	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107028--107079	21	2.5	21	100	0	104	34	21	3	40	1.71
107937--107965	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
111684--111709	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
114670--114744	34	2.2	35	81	11	93	45	6	9	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126681--126712	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
309399--309520	2	67.0	2	73	20	99	57	0	1	40	1.08
309399--309531	7	19.4	7	73	20	113	57	0	1	40	1.13
309402--309531	18	7.2	18	78	18	137	57	0	1	40	1.13
309611--312397	89	31.4	89	84	2	3293	36	15	16	30	1.90
309611--312397	446	6.3	445	86	2	3353	36	15	16	30	1.90
315883--316048	2	92.0	2	70	25	122	45	1	1	51	1.19
316004--316048	19	2.4	19	88	7	65	57	2	0	40	1.11
316015--316049	5	7.2	5	87	6	54	60	2	0	37	1.12
317317--317346	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3