genome.fa.s2753.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2753
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  197694

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
553--603	22	2.3	22	100	0	102	37	17	13	31	1.89
4606--4664	30	2.0	30	100	0	118	18	40	13	27	1.88
7170--7239	30	2.4	30	76	11	81	30	4	1	64	1.21
8633--8766	20	6.7	20	70	12	87	43	12	14	29	1.83
8754--8808	20	2.7	20	85	5	65	34	20	9	36	1.84
8774--8811	20	1.9	20	100	0	76	36	15	5	42	1.70
9494--9520	13	2.1	13	100	0	54	51	29	7	11	1.64
10183--10268	24	3.6	24	82	6	102	41	11	23	23	1.87
13150--13175	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18593--18617	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
21022--21047	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
25212--26009	166	4.8	163	78	10	583	30	9	9	50	1.66
25212--26009	168	4.8	165	78	10	564	30	9	9	50	1.66
26480--26521	10	4.3	10	90	3	68	90	0	9	0	0.45
26485--26538	11	5.1	11	80	8	58	79	0	16	3	0.87
26480--26522	16	2.6	16	92	3	68	88	0	11	0	0.52
27924--27973	25	2.0	25	100	0	100	36	16	12	36	1.85
27986--28272	153	1.9	153	88	2	434	23	18	21	36	1.95
27986--28356	153	2.4	153	83	4	415	24	17	19	38	1.93
32906--32964	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
33246--33271	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
35798--35822	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39734--39778	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
41660--41718	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
41999--42024	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41979--42042	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
53327--53403	22	3.6	21	85	3	91	37	3	35	23	1.73
53947--53973	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
53957--54013	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
54041--54110	33	2.1	33	89	5	106	32	12	18	35	1.89
54058--54110	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
56490--56515	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56470--56533	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
56575--56626	21	2.5	21	81	9	63	28	17	15	38	1.90
58601--58645	20	2.1	21	84	8	56	4	31	46	17	1.68
62265--62357	20	4.6	20	77	10	91	38	15	16	30	1.89
62303--62378	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
62285--62378	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
62285--62358	20	3.7	20	80	3	94	36	13	18	31	1.90
62417--62442	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
64660--64704	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
68555--68632	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
68621--68658	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
71091--71183	20	4.6	20	77	10	91	38	15	16	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71129--71204	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
71111--71204	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
71111--71184	20	3.7	20	80	3	94	36	13	18	31	1.90
71243--71268	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
74925--74977	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
74965--74989	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75309--75864	30	18.4	30	65	11	170	23	22	11	42	1.86
75300--76265	121	8.0	121	80	4	927	24	22	11	42	1.85
75300--76265	242	4.0	242	82	3	1029	24	22	11	42	1.85
75950--76096	30	4.9	30	68	15	97	25	21	10	42	1.84
76103--76243	30	4.7	30	67	10	92	25	21	9	43	1.82
75343--76279	60	15.5	60	70	12	449	24	22	11	42	1.85
77346--77840	169	3.0	168	81	5	545	30	9	8	52	1.63
80007--80295	149	1.9	149	81	7	352	23	16	21	38	1.93
82850--82911	33	1.9	32	93	3	106	25	12	17	43	1.85
83700--83774	20	3.8	20	81	0	96	30	13	13	42	1.82
85454--85867	79	5.2	79	76	9	283	34	12	25	27	1.92
85529--85840	79	3.9	78	78	6	308	33	13	25	26	1.93
85491--85891	159	2.5	157	78	5	416	35	12	24	27	1.92
85742--86078	187	1.8	187	81	5	430	36	14	21	26	1.93
88461--88590	49	2.6	50	89	4	201	38	14	19	27	1.91
88706--89202	41	11.7	45	72	11	216	43	12	24	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88705--89421	82	8.4	86	74	13	452	42	12	24	21	1.86
88796--89203	87	4.7	85	78	10	309	43	12	25	18	1.86
88705--89445	44	17.3	42	71	15	443	41	12	24	21	1.87
88705--89245	130	4.2	129	74	15	358	43	12	23	20	1.86
89244--89412	90	1.9	91	83	7	227	39	11	25	23	1.88
89429--91547	62	34.4	62	81	4	2243	31	19	24	24	1.98
89430--92032	124	21.0	124	80	6	2631	31	19	24	24	1.98
89429--92057	185	14.1	186	80	5	2636	31	19	24	24	1.98
91477--91624	78	1.9	78	87	4	219	31	18	27	22	1.97
91555--92032	62	7.7	62	83	4	518	32	19	23	24	1.98
91353--91909	201	2.8	202	80	8	575	32	19	24	23	1.98
91555--92060	247	2.0	247	82	4	547	31	19	24	24	1.98
93310--93353	17	2.5	17	85	10	54	13	2	2	81	0.88
93310--93353	9	5.1	8	88	5	52	13	2	2	81	0.88
98230--98423	78	2.5	79	82	5	218	34	12	25	27	1.92
98230--98555	79	4.1	78	80	5	282	33	11	26	28	1.91
98269--98555	80	3.6	79	77	6	269	33	11	26	29	1.91
106697--106726	13	2.3	13	94	0	51	33	6	16	43	1.74
109307--109379	20	3.7	19	85	3	83	27	16	15	41	1.88
112792--113048	66	3.9	66	77	2	194	17	19	15	47	1.83
113188--113436	66	3.8	65	75	5	203	18	21	14	44	1.85
113326--113460	66	2.1	65	80	4	146	17	22	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113511--113546	18	2.0	18	100	0	72	33	22	0	44	1.53
113529--113839	132	2.4	133	80	3	333	17	24	14	43	1.86
113594--114397	66	12.3	66	70	9	257	17	21	14	47	1.83
114313--114453	67	2.1	66	81	5	160	18	23	12	46	1.82
115487--115714	65	3.5	65	81	5	221	20	22	12	44	1.85
116228--116877	66	10.0	66	74	6	229	16	20	15	46	1.83
116446--116875	131	3.3	132	76	6	345	16	21	14	47	1.82
116953--117145	65	3.0	64	82	3	199	16	20	15	47	1.83
117005--117169	66	2.5	65	84	1	188	17	25	12	44	1.84
116659--117491	282	3.0	282	97	0	1531	16	22	13	47	1.82
117235--117427	64	3.0	64	81	3	190	16	21	15	47	1.83
117235--117427	65	3.0	64	83	3	208	16	21	15	47	1.83
117909--118116	66	3.2	66	82	1	211	16	22	14	46	1.83
117999--118213	118	1.8	119	84	2	297	15	24	15	44	1.85
118274--118438	66	2.5	66	81	0	168	14	23	15	46	1.83
118633--118680	17	2.9	17	82	11	55	56	4	0	39	1.19
119292--119335	20	2.1	20	83	8	52	29	18	6	45	1.75
121619--121784	51	3.3	50	76	9	165	31	23	12	33	1.91
121623--121779	50	3.1	50	79	7	147	31	23	10	34	1.89
121739--121968	79	2.9	79	81	3	232	29	25	13	32	1.93
124295--124320	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124277--124340	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124780--124846	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
128810--128881	34	2.1	34	100	0	144	29	8	13	48	1.72
130049--130074	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
130534--130600	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
133666--133725	32	1.9	31	83	10	77	76	6	11	5	1.13
135023--136791	61	28.9	62	87	3	2288	24	25	20	30	1.98
136817--137044	40	5.6	40	79	9	210	20	21	14	42	1.88
136973--137150	75	2.4	74	82	6	216	20	23	15	41	1.90
137014--137153	34	3.9	35	69	13	104	20	23	17	38	1.93
137691--137828	49	2.8	50	82	7	149	30	15	10	43	1.81

Tables:   1   2