genome.fa.s277.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold277
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  582610

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 427 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4181--4223	13	3.3	13	80	0	50	32	2	4	60	1.30
7499--7530	15	2.1	16	94	5	57	43	18	9	28	1.81
12025--12064	19	2.1	19	90	4	62	57	0	0	42	0.98
13164--13205	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
13164--13218	22	2.6	22	80	11	62	56	0	0	43	0.99
13449--13488	20	2.0	20	85	0	53	50	2	7	40	1.44
17682--17732	20	2.5	20	87	9	68	13	5	3	76	1.11
19907--19955	19	2.5	20	90	3	73	44	16	12	26	1.82
24003--24033	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
26112--26150	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
26261--26306	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
28687--28712	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28669--28732	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
38039--38077	12	3.2	12	89	10	62	0	25	0	74	0.82
38671--39182	164	3.1	164	80	6	515	52	9	9	28	1.64
43120--43188	12	5.8	12	78	0	66	20	14	18	46	1.84
43122--43190	36	1.9	36	87	0	102	20	14	20	44	1.86
43120--43190	24	3.0	24	85	0	97	19	14	19	46	1.84
43122--43202	36	2.2	36	84	4	101	20	16	18	44	1.87
45508--45532	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
45985--46017	15	2.2	15	94	0	57	69	0	0	30	0.88
49978--50019	12	3.6	11	79	20	50	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50066--50117	27	2.0	26	85	11	70	59	1	7	30	1.36
52461--52535	20	3.8	20	78	16	75	30	18	12	38	1.87
53993--54040	26	1.9	26	83	8	64	68	2	0	29	1.01
54016--54044	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
54528--54592	33	2.0	32	85	8	87	27	1	4	66	1.20
54843--54881	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
55201--55292	19	5.0	18	70	13	71	63	1	5	30	1.24
55240--55298	19	3.1	19	80	4	73	69	0	3	27	1.04
55337--55400	2	35.5	2	73	20	61	56	0	1	42	1.09
55337--55400	7	9.0	7	80	16	78	56	0	1	42	1.09
55504--55634	70	1.9	70	87	3	192	35	14	19	29	1.92
55560--55926	89	4.1	89	82	2	407	36	13	17	32	1.88
55560--55927	178	2.1	178	83	2	470	36	13	17	32	1.88
55950--55985	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
58481--58646	2	91.0	2	69	21	98	43	1	1	53	1.22
58480--58646	41	3.9	45	71	22	126	43	1	1	53	1.22
58926--58958	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
58972--59024	27	2.0	27	82	14	65	56	1	35	5	1.34
59391--59423	13	2.3	15	90	10	52	9	0	12	78	0.95
60916--60948	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
63063--63092	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
72107--72159	27	2.0	25	82	7	61	41	0	5	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72727--72782	24	2.6	21	75	20	62	35	3	0	60	1.14
79881--79937	15	3.7	16	75	13	57	50	0	1	47	1.11
79911--79967	2	30.5	2	72	13	50	50	0	0	49	1.00
79891--79967	38	2.0	38	82	9	95	49	0	1	49	1.09
79881--79960	26	3.0	27	77	10	85	48	0	1	50	1.08
79889--79970	15	5.3	15	67	19	53	48	0	1	50	1.08
79889--80042	10	15.2	10	63	20	52	45	3	3	47	1.37
85792--85856	33	2.0	33	84	6	87	38	10	12	38	1.78
87932--87969	20	1.9	20	88	0	58	23	26	7	42	1.81
88439--88478	21	2.0	20	85	5	53	17	12	5	65	1.44
88860--88885	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91103--91147	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
92950--92988	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
94994--95073	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
95059--95084	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
95205--95251	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
95207--95249	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
97599--97624	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
103575--103886	35	8.9	35	81	3	299	30	22	9	36	1.87
103591--103882	105	2.8	105	82	6	367	31	21	10	36	1.87
104325--104380	20	2.8	20	91	0	94	41	10	10	37	1.75
105822--105852	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106405--106474	21	3.3	21	77	18	90	21	14	5	58	1.57
106425--106497	22	3.4	22	78	17	98	23	10	6	58	1.55
106405--106496	43	2.1	43	100	0	184	22	13	6	57	1.58
106426--106493	21	3.2	21	73	19	77	23	11	7	57	1.59
108302--108332	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
108840--108897	16	3.7	15	75	8	62	53	5	0	41	1.23
108840--108919	31	2.6	30	88	6	106	51	5	0	43	1.23
108874--108921	16	3.1	16	78	3	62	52	2	0	45	1.12
112128--112256	54	2.4	54	96	0	231	24	25	17	31	1.97
112161--112245	27	3.1	27	68	24	79	25	24	18	30	1.98
118259--118296	13	2.9	13	88	7	51	71	13	5	10	1.30
118816--118872	22	2.5	23	80	5	62	36	1	0	61	1.07
120410--120453	19	2.2	19	84	8	52	68	0	9	22	1.18
121623--121773	79	1.9	79	89	2	232	31	9	27	31	1.89
121623--121801	79	2.3	78	85	3	225	32	11	26	29	1.92
121760--121831	28	2.6	28	81	18	96	30	19	26	23	1.98
121790--121960	79	2.2	79	87	2	236	30	14	26	28	1.95
121893--122128	51	4.6	51	85	3	278	33	11	25	30	1.91
127008--127041	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
131159--131194	16	2.3	16	90	4	56	33	19	5	41	1.75
133370--133793	88	4.8	87	77	7	316	28	24	11	35	1.90
136737--138332	585	2.7	578	81	7	1742	39	15	8	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137920--137963	3	14.7	3	95	0	79	34	2	0	63	1.07
145710--145743	13	2.5	14	90	4	52	61	0	0	38	0.96
145703--145778	17	4.9	16	77	15	61	61	0	0	38	0.96
145722--145778	14	4.0	14	73	13	53	64	0	0	35	0.93
150549--150588	21	1.9	21	89	0	62	42	0	5	52	1.23
150598--150649	19	2.6	21	79	8	65	51	3	3	40	1.38
150450--150659	72	2.8	72	69	21	164	44	2	3	49	1.33
154813--154889	31	2.5	31	87	6	102	38	1	0	59	1.06
156298--156379	39	2.1	39	81	0	101	45	17	4	32	1.69
163565--163654	40	2.2	40	80	17	107	58	0	1	40	1.05
163637--163673	19	1.9	19	88	0	56	54	2	0	43	1.14
163674--163713	14	2.8	15	78	21	50	60	0	0	40	0.97
164171--164421	102	2.5	101	88	3	353	25	7	26	40	1.82
164171--164422	34	7.4	34	82	8	291	25	7	26	40	1.82
168830--169048	34	6.5	34	85	2	280	25	7	26	40	1.82
168830--169048	102	2.2	101	89	1	339	25	7	26	40	1.82
170405--170443	20	1.9	20	85	15	53	53	5	2	38	1.37
170656--170693	11	3.6	11	79	13	53	60	5	5	28	1.40
170651--170695	20	2.2	20	100	0	90	62	4	4	28	1.34
171572--171619	14	3.4	14	82	5	51	33	0	0	66	0.92
171573--171622	15	3.4	15	77	5	66	34	0	0	66	0.92
171859--171910	14	3.6	14	79	5	68	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171857--171911	29	1.9	28	96	3	101	58	0	0	41	0.98
172417--172465	24	1.9	25	84	12	64	44	2	0	53	1.12
172434--172484	27	1.9	26	84	11	68	43	1	0	54	1.11
175060--175134	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
175060--175137	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
181445--181489	23	2.0	23	100	0	90	46	17	8	26	1.78
183424--183464	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
183556--183581	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
183538--183602	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
185813--185862	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58

Tables:   1   2   3   4