genome.fa.s277.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold277
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  582610

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 427 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187659--187689	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
189732--189769	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
191614--191694	39	2.0	40	83	6	103	34	4	25	34	1.78
192326--192351	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
192308--192372	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
193676--193730	28	2.0	28	88	0	83	29	18	23	29	1.98
193900--194077	54	3.3	54	80	0	196	33	21	13	31	1.92
193900--194106	108	1.9	107	84	1	270	32	23	13	31	1.92
195573--195597	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
195553--195618	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
195659--195683	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203128--203168	6	6.8	6	85	0	55	19	21	46	12	1.82
204268--204297	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
204722--204765	16	2.8	15	78	21	54	40	0	0	59	0.98
207015--207054	3	13.3	3	100	0	80	32	0	32	35	1.58
209364--209569	79	2.6	79	82	0	234	29	17	28	24	1.97
209521--209592	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
209553--209730	80	2.2	82	88	2	279	29	14	28	28	1.95
209661--209998	51	6.4	50	71	17	188	31	12	26	30	1.93
209661--209831	52	3.3	49	78	14	175	31	13	25	29	1.94
209818--209888	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
212355--212380	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212334--212400	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
212420--212487	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
212442--212466	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
212423--212485	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
214458--214504	23	2.0	23	83	0	58	48	4	4	42	1.42
214719--214760	22	2.0	22	86	9	61	64	4	0	30	1.14
214826--214882	30	1.9	29	89	3	87	57	10	1	29	1.42
215741--215779	5	7.8	5	100	0	78	41	0	0	58	0.98
218891--218930	12	3.4	12	93	3	64	30	10	32	27	1.89
219411--219467	20	2.9	19	76	16	62	45	12	15	26	1.82
220024--220080	19	2.9	21	70	22	59	54	1	0	43	1.10
220675--220733	29	2.0	29	93	0	100	37	6	20	35	1.79
222570--222626	20	2.8	20	94	0	96	33	14	14	38	1.85
222612--222668	19	3.1	18	75	12	62	38	15	15	29	1.89
224868--224995	64	2.0	64	100	0	256	23	21	21	32	1.98
234203--234241	16	2.3	18	86	8	55	38	7	2	51	1.44
234729--234786	31	1.9	31	82	10	75	44	0	1	53	1.10
234993--235035	21	2.0	22	86	13	63	37	4	2	55	1.33
239714--239766	13	4.5	13	69	26	55	28	15	15	41	1.87
239694--239766	33	2.2	33	95	0	128	27	17	13	41	1.88
239694--239783	20	4.8	20	74	20	79	30	16	13	40	1.87
242136--242207	28	2.6	28	84	8	85	25	30	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242164--242498	79	4.2	77	77	10	284	26	24	14	33	1.94
242083--242284	107	1.9	107	85	4	282	27	27	13	30	1.94
254870--254953	1	84.0	1	71	0	60	85	9	4	0	0.72
254869--254940	8	9.0	8	84	7	94	84	12	2	0	0.72
254869--254953	24	3.7	23	83	7	100	84	10	4	0	0.75
254870--254953	27	3.1	27	85	10	93	85	9	4	0	0.72
255928--256251	55	5.5	60	84	10	395	26	28	19	25	1.99
256064--256450	210	1.8	212	91	3	636	26	28	18	26	1.98
256280--256619	116	2.9	114	88	5	464	27	27	19	25	1.99
256281--256632	61	6.0	59	82	8	398	26	27	19	26	1.99
257205--257352	20	7.8	20	71	19	102	31	15	11	41	1.83
257205--257352	40	3.9	39	76	17	132	31	15	11	41	1.83
257263--257332	33	2.1	33	97	0	131	28	18	12	40	1.88
257283--257313	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
257248--257352	53	2.0	53	85	7	142	30	17	11	40	1.84
259703--259774	28	2.6	27	86	8	92	23	30	18	27	1.97
259652--259852	107	1.9	106	81	6	244	28	27	12	30	1.93
259730--260065	79	4.3	79	79	8	330	26	27	14	31	1.95
259730--260065	157	2.1	157	79	8	362	26	27	14	31	1.95
265208--265267	21	2.9	21	82	2	50	36	21	3	38	1.70
269913--269989	20	3.8	20	81	6	93	41	11	14	32	1.82
272466--272490	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281043--281069	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
284914--284942	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
286901--286934	15	2.2	16	94	5	61	14	0	26	58	1.36
288504--288528	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
291374--291421	24	2.0	24	87	0	69	16	8	35	39	1.79
291414--291452	19	2.0	19	85	5	51	46	5	23	25	1.73
291777--291817	21	2.0	21	85	9	57	60	0	0	39	0.96
293896--293932	19	1.9	19	94	0	65	56	0	0	43	0.99
294219--294293	23	3.0	25	81	13	84	36	1	6	56	1.34
294228--294301	23	3.1	22	75	16	69	35	0	5	59	1.20
294420--295272	72	11.8	71	77	10	648	31	1	10	55	1.45
294420--295272	148	5.9	145	80	8	767	31	1	10	55	1.45
294541--295184	351	1.8	345	79	10	732	32	2	10	54	1.47
298875--299088	111	1.9	111	85	0	293	35	16	13	35	1.88
301353--301378	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
304752--304810	25	2.4	25	85	5	75	49	0	1	49	1.11
304791--304859	28	2.5	26	74	23	61	40	1	1	56	1.17
304783--304875	36	2.6	35	77	3	96	45	1	1	52	1.15
304906--304935	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
308454--308585	62	2.2	58	84	8	158	12	28	15	43	1.83
308583--308656	35	2.1	34	85	2	94	5	22	16	55	1.61
308604--308678	34	2.1	35	87	4	107	4	17	14	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308591--308681	35	2.6	34	82	7	101	4	17	12	65	1.40
310721--310869	76	2.0	75	80	4	165	42	11	25	20	1.86
311030--311645	168	3.7	167	79	6	646	42	12	25	18	1.86
311240--311530	84	3.6	84	69	16	218	42	12	27	18	1.85
311069--311562	157	3.1	155	77	9	495	42	12	26	19	1.86
311759--311849	42	2.1	42	82	6	103	35	17	28	18	1.94
311786--312447	42	15.7	42	71	6	239	32	17	30	19	1.95
311994--312340	126	2.8	124	80	5	356	33	18	29	18	1.95
311778--312447	84	8.0	84	75	3	389	32	17	30	19	1.95
312412--312618	85	2.4	85	78	3	236	33	19	29	17	1.95
312542--312675	43	3.1	43	83	0	142	31	18	29	20	1.96
312752--313161	48	8.6	48	81	1	437	39	18	21	20	1.93
312752--313141	144	2.7	144	86	0	483	38	18	21	20	1.93
313388--313433	22	2.1	22	91	0	74	26	0	43	30	1.55
313409--313663	91	2.8	88	80	7	269	29	17	26	26	1.97
315409--315469	19	3.0	20	79	13	70	8	13	1	77	1.07
315443--315467	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
315414--315494	42	2.0	39	86	11	110	11	9	2	76	1.11
315433--315494	19	3.0	20	83	9	72	12	8	3	75	1.14
316315--316358	23	1.9	23	100	0	88	31	11	15	40	1.83
320902--320939	4	10.0	4	88	11	62	73	0	0	26	0.83
320883--320939	30	1.9	30	89	7	89	71	0	1	26	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320888--320937	7	6.9	7	86	13	66	72	0	2	26	0.96
321752--321790	21	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98
321847--321897	24	2.2	23	86	6	68	33	13	5	47	1.67
322959--323019	16	3.9	16	74	20	58	45	1	0	52	1.10
323442--323745	73	4.2	74	76	12	278	33	1	10	53	1.47
323442--323745	143	2.1	143	80	8	352	33	1	10	53	1.47
326007--326060	20	2.6	21	88	2	74	40	11	12	35	1.79
329679--329737	27	2.2	26	76	8	64	55	1	10	32	1.43
334753--334923	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
334906--334981	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97

Tables:   1   2   3   4