genome.fa.s288.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold288
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358258

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 326 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133858--133983	19	6.9	19	63	17	61	23	26	7	41	1.82
133795--133964	70	2.4	70	98	0	322	24	27	7	40	1.82
133895--133984	19	4.7	20	69	14	73	23	26	7	42	1.81
134017--134049	16	2.1	16	94	0	57	30	0	0	69	0.88
137583--137615	13	2.7	12	90	9	57	87	3	9	0	0.63
137585--137646	7	9.1	7	76	11	58	82	3	12	1	0.87
141980--142013	14	2.5	13	86	9	50	29	0	0	70	0.87
142150--142190	5	8.2	5	97	0	73	41	0	0	58	0.98
142178--142242	34	1.9	34	93	0	112	35	12	4	47	1.62
142385--142447	18	3.3	19	70	14	58	47	0	1	50	1.10
143835--143868	1	34.0	1	87	0	50	0	5	0	94	0.32
156424--156454	15	2.1	15	93	0	53	9	19	12	58	1.62
156468--156511	19	2.4	19	88	3	63	36	0	13	50	1.42
157109--157152	6	7.3	6	80	10	54	59	0	0	40	0.98
157109--157153	13	3.7	13	85	14	69	57	0	0	42	0.98
157948--158044	29	3.4	27	75	13	88	26	2	4	67	1.20
157948--158044	30	3.3	30	78	14	96	26	2	4	67	1.20
158150--158202	24	2.4	22	75	9	54	22	7	1	67	1.25
158167--158227	32	1.9	31	83	6	77	27	4	1	65	1.22
158882--158923	21	2.0	22	85	4	59	52	2	0	45	1.13
160023--160066	22	2.0	22	86	8	63	43	0	0	56	0.99
160030--160071	15	2.9	15	76	16	52	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160824--160879	28	2.0	29	82	3	69	28	8	1	60	1.37
161267--161306	11	3.3	13	83	16	59	62	0	5	32	1.17
161824--161855	12	2.6	13	80	19	50	53	0	0	46	1.00
161913--161944	14	2.3	14	94	0	55	46	0	0	53	1.00
168181--168211	12	2.5	13	94	5	55	12	29	0	58	1.35
169755--169824	34	2.1	34	97	0	131	32	14	20	32	1.92
172676--172738	24	2.6	24	78	11	67	33	0	4	61	1.17
173483--173554	27	2.6	27	77	14	67	50	4	1	44	1.30
180002--180072	3	23.7	3	80	5	63	54	0	1	43	1.08
181789--181813	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
182048--182087	20	1.9	20	85	10	53	45	0	2	52	1.14
182438--182543	44	2.3	47	73	20	107	56	0	1	41	1.10
182935--182960	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
183389--183426	18	2.1	19	90	5	60	36	0	0	63	0.95
184134--184178	19	2.3	20	88	3	65	42	0	0	57	0.98
184178--184212	11	3.3	11	88	8	54	28	0	2	68	1.04
184161--184196	16	2.4	15	86	13	56	33	0	0	66	0.92
184162--184202	16	2.5	17	76	15	50	29	0	0	70	0.87
184249--184277	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
186143--186186	18	2.5	17	85	3	61	36	0	0	63	0.95
187738--187770	17	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
188665--188701	16	2.2	17	90	9	58	29	5	0	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192975--193006	16	2.0	16	93	0	55	21	6	21	50	1.71
193969--194027	31	1.9	31	93	6	102	32	16	13	37	1.88
196897--197006	57	1.9	57	88	0	166	22	32	13	30	1.93
198917--198943	14	1.9	14	100	0	54	29	33	0	37	1.58
200621--200659	19	2.1	19	85	4	53	48	0	0	51	1.00
200880--200912	17	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
201733--201767	10	3.6	10	88	7	54	37	2	0	60	1.12
201880--201943	6	10.7	6	71	18	53	65	3	0	31	1.08
201877--201943	19	3.7	19	71	18	61	64	2	0	32	1.09
201878--201942	13	5.3	12	80	14	71	66	3	0	30	1.07
201879--201925	23	2.0	24	88	12	71	70	0	0	29	0.88
202039--202088	24	2.1	24	85	10	68	44	0	0	56	0.99
202036--202082	15	3.0	15	82	11	58	44	0	0	55	0.99
202306--202366	26	2.4	25	80	15	72	47	1	0	50	1.10
202287--202394	41	2.7	41	78	7	114	50	0	0	48	1.07
202302--202388	30	3.3	27	78	13	85	49	1	0	49	1.08
202357--202411	27	2.0	27	86	6	76	54	0	0	45	0.99
202568--202622	19	2.9	19	81	5	58	47	0	0	52	1.00
202568--202606	18	2.1	19	85	4	53	41	0	0	58	0.98
202606--202653	14	3.7	14	75	25	52	64	0	0	35	0.94
203243--203325	9	9.7	9	69	19	52	38	1	0	60	1.05
203269--203339	24	2.9	24	78	4	70	38	1	0	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203268--203334	33	2.0	35	85	11	95	38	1	0	59	1.06
203206--203312	15	7.2	15	68	25	50	47	0	0	51	1.07
204804--204853	11	4.5	11	76	14	50	38	0	2	60	1.09
204818--204867	22	2.1	25	85	10	70	38	0	4	58	1.17
205522--205704	97	1.9	97	88	2	278	38	12	6	42	1.69
206144--206207	26	2.4	26	80	17	69	51	0	0	48	1.00
208436--208476	22	2.0	20	85	9	55	58	0	0	41	0.98
208470--208514	18	2.3	21	85	14	69	55	0	0	44	0.99
208470--208527	20	2.8	21	77	15	59	53	0	0	46	1.00
208597--208630	18	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
209215--209269	27	2.0	27	100	0	110	32	21	10	34	1.89
210899--210958	17	3.6	18	75	20	58	65	0	0	35	0.93
211275--211314	11	3.6	12	80	12	50	67	0	0	32	0.91
211309--211340	15	2.1	15	100	0	64	50	0	0	50	1.00
212529--212572	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
212853--212884	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
213536--213561	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
214696--214729	17	1.9	18	88	5	52	73	0	20	5	1.04
214970--215035	28	2.4	28	76	18	75	57	0	1	40	1.08
214987--215034	25	1.9	25	95	0	87	54	0	2	43	1.12
215051--215102	18	2.8	19	80	11	63	40	0	0	59	0.97
215019--215114	37	2.6	38	78	9	99	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215957--216002	24	1.9	24	95	0	83	45	28	6	19	1.75
216011--216117	28	3.8	28	94	0	187	50	15	10	23	1.75
215999--216111	56	2.0	56	93	3	192	52	17	7	22	1.70
220612--220657	24	1.9	24	95	0	83	45	28	6	19	1.75
220654--220742	28	3.2	27	87	6	124	55	16	5	22	1.62
221419--221474	17	3.4	17	85	9	71	53	0	0	46	1.00
221570--221636	23	3.0	20	71	22	62	43	0	4	52	1.21
221570--221639	21	3.0	23	68	15	63	42	0	4	52	1.20
221573--221646	23	3.2	23	66	7	60	50	0	2	47	1.15
222647--222676	14	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
222646--222679	14	2.5	13	86	13	50	29	0	0	70	0.87
222671--222718	17	2.9	17	81	9	55	45	0	0	54	0.99
222689--222742	19	2.7	19	80	11	54	48	0	0	51	1.00
222731--222778	5	9.2	5	84	8	60	56	2	0	41	1.11
222713--222778	27	2.4	27	80	14	73	56	1	0	42	1.08
224173--224214	22	2.0	21	85	4	57	40	2	2	54	1.26
227221--227261	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
227233--227329	50	1.9	50	97	0	185	48	4	8	39	1.52
231594--231710	57	2.1	57	100	0	234	29	17	8	45	1.77
232490--232530	21	2.0	22	85	9	59	73	2	21	2	1.07
233739--233784	14	3.5	14	75	25	55	54	0	8	36	1.32
233739--233791	24	2.2	24	96	3	97	52	0	7	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242296--242320	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
243981--244010	11	2.6	12	94	5	53	23	0	0	76	0.78
244965--245042	40	2.0	39	80	12	88	46	0	2	51	1.14
246816--246848	17	1.9	17	93	0	57	27	0	6	66	1.15
247923--247996	23	3.2	25	80	12	70	60	8	0	31	1.25
248242--248276	19	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
249982--250017	18	2.0	18	94	0	63	47	11	30	11	1.74
251236--251286	26	2.0	26	100	0	102	21	0	11	66	1.23
251926--252032	52	2.1	53	81	10	125	48	0	0	50	1.07
251962--252001	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3