genome.fa.s292.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold292
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  327286

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 264 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144971--145264	56	5.3	56	75	2	211	23	17	27	32	1.96
145028--145234	28	7.4	28	73	3	148	25	16	26	31	1.96
145166--145284	55	2.2	53	86	3	157	25	16	26	31	1.97
145167--145272	27	3.9	26	72	15	81	25	17	24	32	1.97
151488--151526	17	2.3	17	86	0	51	53	10	2	33	1.48
151530--151560	8	3.9	8	91	0	53	74	0	0	25	0.82
152307--152380	14	5.3	14	80	15	66	74	0	25	0	0.82
152308--152368	18	3.4	18	82	11	63	72	0	27	0	0.85
152309--152389	39	2.0	40	83	11	101	74	0	24	1	0.90
152307--152389	10	8.3	10	72	16	57	74	0	24	1	0.89
152306--152389	11	7.9	10	69	11	51	75	0	23	1	0.88
153100--153347	107	2.3	109	81	4	279	33	18	18	29	1.94
165018--165564	108	5.0	107	77	5	427	33	15	16	34	1.91
166272--166296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
167576--167643	17	3.9	17	78	14	77	0	30	1	67	0.99
168374--168441	8	8.1	8	78	15	66	17	0	5	76	0.98
168402--168440	17	2.4	17	95	4	71	10	0	10	79	0.94
168413--168467	17	3.2	17	84	0	56	25	1	10	61	1.39
168712--168745	17	2.0	17	100	0	68	35	11	5	47	1.65
169365--169426	31	2.0	31	87	0	88	58	1	0	40	1.08
169390--169434	23	2.0	22	86	4	63	62	0	0	37	0.96
170344--170402	25	2.3	27	79	8	68	71	5	23	0	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170738--170841	52	2.0	52	100	0	208	36	9	17	36	1.82
171484--171529	17	2.7	17	83	12	51	78	0	2	19	0.86
171480--171531	13	4.1	12	81	18	61	78	0	1	19	0.84
172170--172202	11	2.8	12	86	9	50	72	0	6	21	1.05
172742--172779	12	3.2	12	81	7	51	31	0	7	60	1.25
174692--174716	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
174725--174848	52	2.4	52	93	4	207	34	18	17	29	1.94
178782--178884	24	4.3	24	77	4	84	27	25	14	33	1.94
178806--178906	48	2.1	48	81	7	116	28	26	13	30	1.94
178845--178906	24	2.6	24	81	0	79	33	24	12	29	1.92
179816--179954	48	2.9	45	72	15	111	23	12	12	51	1.73
179900--180013	59	1.9	60	85	5	160	23	11	13	51	1.73
180006--180275	58	4.6	58	78	8	260	24	10	16	48	1.77
180006--180250	118	2.1	116	81	6	271	26	9	15	48	1.75
192370--192452	32	2.6	31	73	3	85	38	15	12	33	1.85
193764--193808	20	2.3	19	82	14	56	13	17	2	66	1.34
194522--194705	58	3.2	58	71	10	142	28	11	11	47	1.76
200453--200509	20	2.8	20	91	0	96	24	14	15	45	1.83
200491--200520	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
200535--200587	20	2.7	20	81	0	61	35	15	15	33	1.88
202927--203102	51	3.5	50	84	4	221	27	26	11	33	1.92
203038--203522	79	6.2	78	83	3	568	26	25	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207054--207137	21	4.1	19	72	20	62	73	5	9	10	1.23
207045--207115	22	3.3	22	78	13	76	73	7	11	8	1.25
208420--208827	27	15.0	27	84	3	451	25	26	13	34	1.93
208412--208827	82	5.1	82	82	4	482	24	27	13	34	1.93
208443--208827	109	3.5	109	85	3	533	24	27	13	34	1.93
208434--208853	55	7.7	55	82	7	430	24	26	14	34	1.94
208837--209354	28	18.0	28	80	5	518	30	31	16	21	1.95
208817--209354	141	3.8	141	79	8	552	30	31	16	22	1.96
209825--209855	16	2.0	15	93	6	53	83	0	0	16	0.64
211195--211252	20	2.9	20	84	0	71	37	13	15	32	1.87
211238--211266	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
211254--211304	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
217568--217604	13	2.8	13	95	0	65	32	18	16	32	1.93
218039--218089	20	2.4	21	87	9	68	19	50	25	3	1.64
219995--220023	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
220011--220063	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
223851--223877	12	2.2	12	100	0	54	37	0	14	48	1.45
229397--229450	18	2.8	19	77	11	56	62	0	0	37	0.95
234117--234169	25	2.1	25	86	6	72	52	0	1	45	1.11
235596--235654	6	9.5	6	74	20	50	37	0	0	62	0.95
235590--235654	15	4.4	15	74	18	73	36	0	0	63	0.95
235593--235635	23	1.9	22	90	4	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235615--235697	25	3.6	24	67	30	56	44	0	0	55	0.99
235596--235706	43	2.5	41	78	18	109	40	0	0	59	0.97
235633--235680	17	2.8	17	85	14	64	43	0	0	56	0.99
235645--235690	17	2.6	18	86	6	67	47	0	0	52	1.00
236709--236781	37	1.9	38	83	10	96	47	0	0	52	1.00
236747--236801	24	2.4	23	75	6	58	47	0	0	52	1.00
236754--236798	24	1.9	24	86	4	65	51	0	0	48	1.00
237279--237334	16	3.8	16	68	22	50	41	0	0	58	0.98
237972--238118	66	2.3	67	82	12	175	48	3	2	46	1.30
238036--238070	17	2.1	17	88	0	52	54	2	0	42	1.15
240737--240774	19	2.0	20	89	5	60	39	0	2	57	1.12
240751--240867	26	4.2	26	74	20	87	42	0	0	57	0.98
240747--240786	20	2.0	20	85	9	55	40	0	0	60	0.97
240762--240847	32	2.6	33	87	9	122	44	0	0	55	0.99
240825--240872	20	2.5	20	83	10	55	37	0	2	60	1.09
240755--240882	13	8.8	15	66	21	51	42	0	0	56	1.05
241034--241082	22	2.2	22	85	7	64	46	2	0	51	1.12
241022--241102	29	2.8	29	81	5	85	46	1	0	51	1.08
241076--241111	17	2.1	17	100	0	72	44	0	0	55	0.99
240936--241398	233	2.0	230	91	1	755	39	6	4	49	1.48
241309--241367	17	3.4	16	74	21	57	47	0	0	52	1.00
241293--241372	15	5.1	15	73	19	56	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242373--242550	38	4.7	38	88	0	230	28	29	12	28	1.94
246115--246212	38	2.6	38	86	0	133	28	24	14	32	1.94
251764--251801	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
255009--255049	21	2.0	20	86	13	57	53	0	0	46	1.00
255013--255067	21	2.5	23	77	19	55	58	1	0	40	1.09
256039--256111	29	2.6	29	76	16	73	41	0	0	58	0.98
256090--256164	23	3.5	22	79	15	86	49	0	0	50	1.00
256660--256706	22	2.2	20	88	7	67	40	0	2	57	1.11
256910--256959	3	16.3	3	95	4	91	34	0	0	66	0.92
257369--257409	21	2.0	21	85	9	57	65	2	0	31	1.05
257633--257661	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
258386--258435	24	2.0	26	84	11	68	34	2	0	64	1.05
258954--258988	16	2.2	16	89	0	52	31	5	2	60	1.35
259566--259618	25	2.1	26	82	10	74	62	0	3	33	1.13
261159--261229	21	3.2	22	77	15	74	60	0	1	38	1.06
261168--261228	22	2.6	23	78	21	65	62	0	1	36	1.05
262983--263327	174	2.0	171	85	3	469	47	11	5	35	1.64
263855--263899	2	23.5	2	91	8	76	51	0	0	48	1.00
268922--268953	7	4.6	7	92	0	55	31	0	0	68	0.90
268913--268953	14	3.0	14	89	3	57	36	0	0	63	0.95
268971--269003	13	2.4	14	85	5	50	45	0	0	54	0.99
270427--270459	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271462--271709	122	2.0	122	96	1	462	20	24	13	41	1.88
275750--275790	21	2.0	21	85	9	57	48	9	21	19	1.77
279672--279720	25	2.0	25	87	0	71	38	26	6	28	1.80
280762--280792	16	1.9	16	100	0	62	12	9	32	45	1.75
281898--282121	78	2.9	77	71	13	197	41	10	14	33	1.80
282767--282849	38	2.2	38	83	14	109	65	6	7	21	1.40
282767--282861	37	2.5	40	83	13	121	63	5	8	23	1.43
287205--287345	72	2.0	72	91	0	228	28	20	19	31	1.97
287538--287581	18	2.3	20	88	7	65	72	4	22	0	1.02
289595--289790	58	3.4	58	84	0	214	26	10	12	51	1.72

Tables:   1   2   3