genome.fa.s296.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold296
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  679504

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7182--7238	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
7283--7315	13	2.5	13	95	0	57	33	15	12	39	1.84
9527--9569	21	2.1	20	86	4	59	51	6	16	25	1.69
13462--13488	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
15362--15403	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
16072--16140	33	2.1	33	89	5	104	28	10	20	40	1.85
20221--20278	11	5.1	11	78	14	55	79	15	3	1	0.95
20250--20292	9	4.9	9	80	13	54	86	13	0	0	0.58
20253--20283	16	1.9	16	100	0	62	83	16	0	0	0.64
20236--20296	20	3.1	20	77	13	65	83	13	1	1	0.79
20223--20308	13	6.5	13	77	14	63	80	13	2	3	0.95
21562--21892	28	11.4	28	80	9	340	31	30	16	21	1.96
21558--21904	88	3.9	90	80	8	417	30	29	17	22	1.97
21557--21904	177	2.0	176	89	1	536	30	29	17	22	1.97
21880--21929	25	2.0	25	92	0	82	30	26	22	22	1.99
22006--22174	46	3.6	47	84	5	193	22	26	17	33	1.96
22040--22207	48	3.5	48	86	3	207	19	26	17	35	1.94
22006--22207	48	4.3	47	84	4	205	20	25	18	35	1.95
22966--23090	20	5.7	20	73	18	106	30	16	9	43	1.80
22965--23124	71	2.3	71	86	0	212	30	16	9	43	1.80
23142--23193	18	2.7	19	85	8	70	36	13	11	38	1.81
26556--26885	119	2.7	122	82	12	349	42	3	2	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27514--27715	92	2.2	92	85	4	282	41	7	16	34	1.76
27657--27770	57	2.0	57	89	0	174	39	9	18	32	1.83
27714--28067	88	3.9	89	87	6	455	40	8	17	33	1.80
27714--28069	93	3.9	93	87	5	482	41	8	17	32	1.80
31068--31099	16	1.9	17	93	6	57	50	0	9	40	1.35
31330--31379	11	4.6	11	77	2	57	62	0	0	38	0.96
31330--31379	22	2.3	21	89	3	73	62	0	0	38	0.96
32234--32376	69	2.1	69	80	10	163	55	0	1	41	1.13
32317--32371	30	1.9	29	82	10	69	56	0	0	43	0.99
32288--32645	123	2.9	123	84	9	432	53	1	2	42	1.25
32633--32675	21	2.1	20	83	12	52	27	0	0	72	0.85
32946--33001	22	2.5	23	82	2	69	30	3	3	62	1.29
32925--33023	23	4.2	24	73	13	73	33	3	3	60	1.27
33000--33158	36	4.4	36	66	11	101	48	1	0	49	1.16
32974--33239	109	2.5	110	86	7	361	43	2	1	53	1.20
33161--33292	69	1.9	70	83	7	171	43	2	0	53	1.18
34442--34478	13	2.7	14	91	4	58	48	5	0	45	1.25
34431--34482	15	3.6	14	79	10	52	53	3	0	42	1.19
39026--39168	79	1.9	75	83	5	187	32	13	27	26	1.94
39111--39278	51	3.3	51	83	1	176	33	12	25	29	1.92
41456--41509	27	2.0	27	100	0	108	44	11	14	29	1.80
41601--41715	20	5.8	19	85	6	131	43	13	15	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44431--44458	12	2.3	12	100	0	56	17	10	50	21	1.77
44922--44946	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44902--44966	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
52373--52406	12	2.8	13	91	8	54	91	8	0	0	0.43
52378--52403	9	2.9	9	100	0	52	92	7	0	0	0.39
52758--53009	126	2.0	126	100	0	504	30	15	21	32	1.94
53483--53564	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
53541--54253	61	11.0	62	81	11	626	20	33	13	32	1.91
53518--54286	34	23.6	33	76	15	535	20	33	13	32	1.91
53699--53750	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
53756--54253	165	3.0	167	79	13	495	20	33	12	33	1.90
54150--54286	35	3.9	35	82	6	161	18	30	11	38	1.87
54157--54306	71	2.1	70	85	3	194	20	32	11	35	1.88
54291--54360	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
54360--55119	49	15.8	49	84	8	913	24	26	18	31	1.97
54360--55114	144	5.3	142	88	5	1026	24	26	18	31	1.97
54355--55070	236	3.0	235	88	6	1045	24	26	18	31	1.97
55024--55162	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
55755--55782	12	2.3	12	100	0	56	17	10	50	21	1.77
56246--56270	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56226--56290	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
61750--61799	20	2.5	20	86	0	73	36	18	14	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61898--61940	22	2.0	22	86	9	61	39	9	6	44	1.64
62644--62711	20	3.2	20	76	11	82	36	17	17	27	1.93
62633--62701	23	3.1	23	77	12	90	39	14	18	27	1.90
63255--63312	19	3.0	20	80	7	75	34	15	15	34	1.89
63892--63938	22	2.3	19	79	13	58	42	19	4	34	1.70
65634--65684	21	2.5	21	81	9	61	49	0	19	31	1.49
78121--78190	32	2.2	33	92	2	115	34	18	12	34	1.89
78221--78272	19	2.7	20	81	3	61	40	15	17	26	1.89
79570--79623	19	2.8	20	91	2	83	29	14	18	37	1.91
87225--87353	52	2.5	52	94	0	231	28	19	18	33	1.96
87429--87526	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
87424--87524	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
87448--87504	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
88239--88362	43	2.6	50	75	19	154	33	17	24	24	1.96
88269--88358	43	2.1	43	95	0	162	31	18	24	25	1.98
88104--88577	214	2.2	214	91	1	741	35	16	24	23	1.95
88443--88765	43	6.9	49	77	13	349	33	17	24	24	1.97
88443--88765	92	3.5	92	93	1	520	33	17	24	24	1.97
88767--88849	28	2.9	28	83	10	96	19	19	27	33	1.96
88825--89261	59	7.4	59	87	3	560	24	16	29	29	1.96
88805--89261	147	3.1	144	86	4	594	24	15	29	30	1.96
90711--90797	1	87.0	1	79	0	84	1	0	10	88	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90708--90797	18	4.9	17	84	14	117	1	0	11	87	0.59
90696--90797	37	2.8	35	88	10	143	0	0	12	86	0.63
104609--104737	52	2.5	52	89	0	213	28	17	17	35	1.93
104800--104884	19	4.7	19	79	18	101	37	17	11	32	1.86
104838--104862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104819--104882	32	2.0	33	96	3	121	34	18	12	34	1.89
105337--105361	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105316--105380	32	2.0	32	85	8	87	32	15	13	38	1.87
105346--105402	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
105431--105484	20	2.7	19	83	11	65	33	14	18	33	1.92
111653--111678	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111633--111696	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
116932--116957	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116912--116975	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
118357--118392	15	2.4	15	90	0	54	30	8	2	58	1.42
120344--120400	20	2.9	20	76	5	62	33	14	15	36	1.88
121330--121394	33	2.0	33	84	6	87	36	15	18	29	1.91
125268--125323	20	2.8	20	83	0	76	32	12	16	39	1.85
135329--135413	20	3.7	20	71	28	71	28	17	11	42	1.84
136169--136193	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136202--136326	52	2.4	52	94	0	214	35	18	18	28	1.94
146675--146737	12	5.5	12	74	14	62	80	15	1	1	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147980--148216	28	8.1	28	80	9	235	29	30	17	23	1.97
147985--148214	57	4.0	55	79	11	228	29	30	17	22	1.97
149160--149216	20	2.8	20	89	5	80	31	14	14	40	1.85
149234--149271	20	1.9	20	94	0	67	47	10	10	31	1.72
151237--151262	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
153474--153518	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
155316--155346	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
156775--156854	20	3.8	20	78	15	88	27	15	13	43	1.84
156840--156878	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
159408--159433	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4