genome.fa.s299.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold299
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  460272

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34--96	32	2.0	32	84	12	85	41	15	15	26	1.88
66--156	40	2.3	40	96	3	166	31	15	23	29	1.95
86--156	20	3.5	20	71	9	72	28	15	25	30	1.96
4735--4868	51	2.6	51	89	2	198	41	9	17	30	1.82
4833--4907	20	3.8	20	84	7	82	36	13	13	37	1.84
5505--6739	475	2.6	473	83	6	1478	36	15	17	30	1.90
7906--7969	33	2.0	32	90	3	101	26	14	17	42	1.87
7927--7951	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8020--8073	20	2.7	20	94	0	90	38	9	12	38	1.76
9241--9298	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
9214--9276	32	1.9	33	90	3	101	31	15	12	39	1.85
9242--9297	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
9330--9378	20	2.5	19	87	9	64	32	14	18	34	1.91
13883--13913	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
13863--13929	33	2.0	33	88	5	100	37	16	11	34	1.85
13959--14013	19	2.8	20	86	5	76	38	16	12	32	1.86
16481--16509	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
22663--22729	33	2.0	33	91	5	109	35	17	11	34	1.87
22691--22728	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
22683--22708	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22800--22824	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22780--22843	33	1.9	33	96	0	119	35	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22779--22843	20	3.6	20	73	26	72	36	13	18	30	1.90
23445--25210	476	3.7	475	83	3	2123	31	18	14	35	1.91
24856--25522	317	2.1	316	84	3	867	30	17	15	37	1.90
24856--25662	317	2.5	317	80	5	742	31	17	14	36	1.90
25172--26706	476	3.2	475	85	1	1999	30	18	14	36	1.91
27714--65736	159	239.2	158	65	12	5492	30	18	14	36	1.91
27399--30448	476	6.4	476	84	2	3693	30	18	14	36	1.91
27399--30457	942	3.2	943	85	3	3822	30	18	14	36	1.91
32340--33530	418	2.9	418	91	0	1893	32	17	13	36	1.89
35156--35842	351	2.0	350	84	4	918	30	17	13	38	1.88
35497--66030	477	64.1	474	83	3	34417	30	18	14	35	1.91
66026--71400	476	11.3	476	83	2	6025	30	18	14	36	1.92
71428--73464	477	4.3	476	80	5	2376	31	18	15	35	1.91
71530--73464	951	2.0	954	83	3	2434	30	17	15	35	1.91
73063--73872	410	2.0	410	85	2	1117	30	18	15	36	1.91
73473--74564	476	2.3	476	84	2	1397	30	18	14	36	1.91
76095--76119	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
76193--76242	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
78515--78553	13	3.0	13	88	0	60	38	12	17	30	1.88
84736--84760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
84713--84780	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
87660--98509	476	23.0	475	82	4	12007	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95434--98657	159	20.4	159	67	11	992	31	18	14	35	1.91
99276--99318	21	2.0	21	82	8	52	16	11	18	53	1.72
99476--99539	32	2.0	33	87	3	94	42	14	15	28	1.86
105452--105886	28	15.5	28	80	8	449	25	15	29	29	1.96
105455--105854	221	1.8	221	87	1	595	25	15	28	29	1.96
115903--115935	17	1.9	17	100	0	66	18	18	18	45	1.86
128337--128366	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
128315--128382	33	2.1	32	83	8	84	38	22	10	29	1.87
128410--128467	19	3.1	18	85	11	80	34	15	15	34	1.89
128432--128494	32	1.9	33	90	3	101	41	12	15	30	1.85
129045--129131	28	3.1	28	94	0	147	31	22	10	35	1.88
130837--130882	22	2.3	21	82	17	62	47	0	21	30	1.51
130837--130915	21	3.9	20	72	21	58	46	0	20	32	1.51
130849--130890	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
130999--131035	13	2.8	13	91	0	56	37	13	16	32	1.87
131015--131090	33	2.3	33	93	0	125	42	11	14	31	1.82
133768--133794	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
133750--133813	32	2.0	33	87	9	96	28	17	15	39	1.90
133859--133889	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
133843--133909	33	2.0	33	91	5	109	34	14	16	34	1.90
139327--139355	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
141840--141895	19	2.9	19	86	2	76	32	14	16	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141941--141971	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
141925--141991	33	2.0	33	91	5	109	34	13	17	34	1.89
146471--146515	20	2.3	19	85	11	56	35	20	13	31	1.91
146547--146604	19	3.1	18	85	11	80	32	15	15	36	1.89
146569--146631	32	1.9	33	90	3	101	39	12	15	31	1.85
147776--147829	20	2.7	20	88	0	81	38	11	9	40	1.73
147898--147922	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147880--147943	33	2.0	32	90	3	101	42	17	14	26	1.87
149090--150400	477	2.7	479	85	3	1696	31	17	14	36	1.90
150950--151024	20	3.8	19	84	7	78	37	13	13	36	1.84
150989--151122	51	2.6	51	89	2	198	30	17	9	41	1.82
155719--155745	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
155700--155763	33	2.0	32	90	3	101	29	15	15	39	1.89
164529--164579	20	2.6	20	84	9	61	39	15	13	31	1.87
164624--164653	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
164608--164675	33	2.1	32	86	8	93	32	13	19	35	1.90
175072--175107	16	2.3	15	90	4	54	83	16	0	0	0.65
176377--176810	28	14.8	30	78	11	381	31	30	16	21	1.95
176350--176810	177	2.6	169	84	7	548	31	30	16	22	1.96
176786--176835	25	2.0	25	88	0	73	32	26	20	22	1.98
177660--177685	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
180248--180286	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184200--184244	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
184189--184244	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
186443--186468	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
187596--187708	20	5.7	20	73	8	104	31	20	12	35	1.90
187596--187707	40	2.8	40	93	0	188	32	20	12	34	1.90
187676--187811	51	2.7	51	88	0	191	28	18	9	43	1.81
188253--188316	19	3.7	18	75	25	75	31	12	17	39	1.87
188255--188316	32	1.9	32	96	0	115	32	12	17	37	1.88
188274--188298	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188361--188385	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
188394--188519	52	2.4	52	98	0	243	34	19	20	26	1.96
195453--195491	18	2.3	18	91	8	64	84	15	0	0	0.62
197408--197433	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
197472--197545	20	3.7	20	72	15	71	31	17	12	39	1.86
197472--197564	41	2.3	40	96	1	168	31	18	12	37	1.88
197492--197564	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
200665--200829	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
202883--202908	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
202968--203040	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
202947--203040	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
202947--203022	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
203348--203383	8	4.5	8	96	0	63	41	25	8	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203493--203957	31	15.1	30	83	8	499	24	30	15	29	1.96
203498--203957	61	7.4	61	86	7	504	24	30	15	29	1.96
203892--204048	68	2.4	64	78	11	151	22	30	14	32	1.94
203873--204146	96	2.8	95	78	8	266	23	32	14	30	1.94
203988--204088	35	2.9	33	88	7	139	19	33	13	32	1.91
204183--205040	49	18.0	49	80	9	859	25	24	17	32	1.97
204183--204932	92	8.0	92	89	4	1063	25	24	17	32	1.97
204183--205034	92	8.9	97	87	5	500	25	24	17	32	1.97
204882--205087	107	1.9	107	81	0	250	22	25	16	34	1.95
205833--205896	19	3.7	18	75	25	75	31	12	17	39	1.87

Tables:   1   2   3