genome.fa.s299.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold299
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  460272

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205854--205878	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
205835--205896	32	1.9	32	96	0	115	32	12	17	37	1.88
205941--205965	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
205974--206095	52	2.3	52	95	0	217	33	18	20	27	1.96
213685--215883	476	4.7	471	81	5	2387	30	18	14	36	1.90
215892--220426	950	4.8	946	83	3	5138	31	18	14	35	1.91
222237--222267	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
222608--222649	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
224297--224355	29	2.0	29	96	0	109	38	3	33	23	1.72
224371--224416	23	2.0	23	91	8	76	34	0	30	34	1.58
224555--224596	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
224865--224909	20	2.1	22	88	8	67	17	48	28	4	1.66
226245--226303	29	2.0	29	96	0	109	38	3	33	23	1.72
226318--226363	22	2.1	22	92	8	76	32	0	32	34	1.58
226870--226910	20	2.0	20	95	0	73	36	21	9	31	1.86
226920--226944	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
226932--226984	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
227044--227069	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
228253--230829	476	5.4	474	85	1	3293	30	18	14	36	1.90
230490--231121	317	2.0	317	86	1	890	30	18	14	37	1.90
230807--236640	476	12.3	476	86	3	7056	30	18	13	36	1.90
236259--236842	159	3.7	158	70	7	432	29	18	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236290--236954	316	2.1	316	83	1	841	30	18	15	36	1.91
236622--238516	474	4.0	473	83	2	2381	31	18	13	36	1.90
238802--238858	20	2.8	20	86	2	78	26	14	12	47	1.79
238873--238928	20	2.8	20	83	0	67	35	14	16	33	1.88
241472--241540	28	2.5	28	83	4	86	24	34	15	24	1.95
241383--241587	107	1.9	107	81	4	243	27	25	15	32	1.95
241526--241641	51	2.3	51	87	3	171	31	28	8	31	1.87
241577--241885	158	2.0	158	83	6	394	29	25	11	33	1.91
241577--241886	79	3.9	78	78	8	295	29	26	11	33	1.91
247544--248476	319	2.9	319	99	0	1839	33	29	14	21	1.94
254913--254964	1	52.0	1	76	0	50	88	5	1	3	0.68
254914--254957	9	4.7	9	83	10	61	88	6	0	4	0.62
254913--254964	20	2.6	19	82	8	68	88	5	1	3	0.68
254914--254980	9	7.1	9	80	14	55	83	4	8	2	0.88
255981--256221	94	2.6	94	93	0	410	25	28	18	27	1.98
256148--256632	61	8.3	59	83	8	522	26	26	20	27	1.99
256170--256632	116	3.9	118	82	10	542	25	26	20	27	1.99
256146--256631	233	2.1	229	85	9	648	26	25	20	27	1.99
256763--256862	42	2.4	42	78	8	107	19	29	10	42	1.83
257446--257609	20	7.8	20	80	14	170	26	17	15	41	1.88
260080--260250	51	3.3	51	79	4	173	31	23	11	33	1.90
260315--260470	79	2.0	80	94	1	278	27	23	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260132--260437	131	2.3	130	81	5	350	28	26	12	32	1.93
262217--266614	475	9.3	475	84	1	5287	32	18	13	36	1.90
262203--266614	949	4.6	952	90	1	6095	32	18	13	36	1.90
267462--267533	20	3.7	20	92	5	112	43	15	15	26	1.86
269374--269403	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
275433--275470	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
275642--275666	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
275974--278109	474	4.5	476	85	2	2708	31	18	14	36	1.90
276823--277954	159	7.1	159	68	11	453	32	18	14	35	1.90
281316--281429	20	5.6	20	77	6	111	38	15	14	30	1.88
281316--281430	40	2.8	42	78	6	126	38	16	14	30	1.89
281998--289116	475	15.0	476	88	1	9687	31	19	14	34	1.91
281998--289116	951	7.5	951	88	1	9663	31	19	14	34	1.91
287978--288659	159	4.3	157	68	13	399	32	18	14	34	1.91
288731--289517	399	2.0	398	84	4	1032	32	19	14	33	1.92
289120--290933	476	3.8	476	86	2	2387	31	18	14	35	1.91
291497--291561	20	3.2	20	76	8	69	33	13	10	41	1.80
297012--297072	19	3.2	19	86	11	81	34	13	16	36	1.87
297012--297128	20	5.8	20	71	17	82	34	17	15	33	1.91
297116--297189	13	6.2	12	76	20	59	31	9	20	39	1.84
297095--297166	33	2.2	33	85	9	94	34	11	18	36	1.86
300012--300063	19	2.7	20	88	8	72	26	17	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300134--300159	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
300113--300181	33	2.1	33	86	5	95	34	13	15	36	1.87
309727--309763	11	3.3	11	88	3	56	86	10	0	2	0.67
310983--312061	28	38.8	28	79	7	1038	29	27	17	25	1.98
311911--312058	78	1.9	77	86	4	208	30	31	18	19	1.96
312878--312948	35	1.9	38	91	8	121	30	15	12	40	1.85
312879--312950	17	3.9	18	83	8	101	30	15	11	43	1.81
316323--320376	159	25.5	158	64	15	464	31	17	13	36	1.89
316199--321122	476	10.4	476	84	2	6002	31	18	13	36	1.89
320835--321427	321	1.9	320	85	1	821	32	19	12	35	1.89
320363--321913	790	2.0	791	94	0	2748	32	19	13	34	1.90
322723--326239	475	7.5	473	78	7	3254	32	18	14	35	1.90
324682--324978	158	1.9	156	85	4	409	31	15	16	36	1.91
324697--325046	156	2.2	157	80	6	397	31	15	16	35	1.91
325953--326537	296	2.0	292	86	4	811	32	18	11	36	1.88
326237--327959	478	3.6	472	84	4	2261	32	18	13	36	1.89
327184--328725	767	2.0	768	93	0	2602	31	19	13	35	1.90
327952--332701	469	10.0	470	83	4	5653	31	18	13	35	1.90
328568--332137	159	22.7	154	65	15	708	31	18	13	35	1.90
327958--332701	947	5.0	947	89	2	6059	31	18	13	35	1.90
332286--333113	412	2.0	412	86	1	1160	30	18	14	35	1.91
332698--334349	475	3.5	474	84	3	2007	32	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334574--334649	27	2.8	27	89	2	107	23	31	21	23	1.98
334632--334805	52	3.3	53	74	13	146	28	25	13	32	1.93
334785--334861	28	2.8	28	81	0	82	23	31	19	25	1.98
339758--339832	1	75.0	1	72	0	60	86	13	0	0	0.57
339762--339832	31	2.3	31	95	0	124	85	14	0	0	0.59
339758--339832	13	6.6	12	78	17	72	86	13	0	0	0.57
340068--340108	19	2.2	18	86	8	55	85	9	4	0	0.73
341008--341513	55	9.0	55	86	6	579	26	27	20	24	1.99
341008--341513	226	2.2	221	85	6	669	26	27	20	24	1.99
341357--341439	27	3.0	28	64	22	75	28	31	20	19	1.97
341008--341513	281	1.8	281	93	1	890	26	27	20	24	1.99
342097--342923	411	2.0	412	86	2	1142	31	18	14	35	1.91
342992--343743	158	4.8	159	68	13	377	31	18	13	35	1.90
342537--343873	475	2.8	474	85	1	1712	32	18	13	35	1.90
343459--344285	412	2.0	411	82	3	1020	31	18	13	36	1.90
343899--345523	476	3.4	475	84	3	2005	32	18	13	35	1.90
345760--345827	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
345762--345824	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
345781--345805	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
345867--345892	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
345847--345913	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
348255--348385	51	2.5	53	81	8	169	31	25	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348429--348569	52	2.7	52	77	8	144	31	24	10	33	1.90
348553--348629	28	2.8	28	81	0	82	23	31	19	25	1.98
349685--351157	476	3.1	473	82	4	1747	31	17	14	36	1.90
350944--351243	158	1.9	156	89	4	469	30	17	16	35	1.92
350954--351311	156	2.3	156	84	6	440	31	16	17	35	1.92
350435--351723	631	2.0	631	89	1	1945	31	17	15	35	1.91
351066--357798	476	14.2	476	83	3	7877	31	18	14	35	1.91
357443--358177	379	1.9	379	90	0	1175	31	18	15	34	1.93
357032--358621	855	1.9	854	84	3	2185	30	18	14	36	1.91
357822--373454	951	16.5	949	88	2	20524	31	19	14	35	1.92

Tables:   1   2   3