genome.fa.s301.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold301
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  562684

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664--716	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
704--728	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
4705--4740	13	2.8	13	100	0	72	47	0	13	38	1.44
7776--7806	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
9413--9438	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9498--9550	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
9538--9562	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11208--11281	28	2.6	28	85	4	96	20	27	22	29	1.98
11266--11380	51	2.3	51	86	3	160	33	24	9	33	1.88
11123--11328	110	1.9	110	81	5	249	26	24	16	33	1.96
11391--11594	79	2.6	78	83	2	230	28	26	12	31	1.93
11198--11486	158	1.8	158	80	0	353	28	25	13	32	1.94
23707--23731	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23776--23827	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
27020--27416	51	7.6	51	71	5	290	29	26	11	31	1.91
27021--27507	263	1.9	262	94	0	857	29	27	11	31	1.92
37303--37474	84	2.0	85	85	5	233	29	21	11	37	1.89
40495--40520	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
40473--40540	33	2.1	32	89	8	102	33	13	17	35	1.89
40621--40645	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41202--41246	22	2.0	22	83	8	56	35	26	2	35	1.69
49271--49322	19	2.7	20	88	8	72	26	15	15	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49271--49335	20	3.3	19	81	12	62	29	15	15	40	1.88
58213--58242	9	3.4	9	90	9	53	0	56	0	43	0.99
59322--59395	20	3.8	20	84	10	107	33	13	18	33	1.90
64359--64466	51	2.1	51	89	1	164	28	15	9	46	1.77
72946--73256	87	3.6	86	72	10	256	32	14	24	28	1.94
76518--77218	74	9.6	74	76	8	533	38	15	21	24	1.92
76728--77273	148	3.8	141	77	11	460	38	15	21	23	1.92
76869--77305	74	6.1	74	76	8	375	40	15	20	23	1.91
76518--77286	223	3.5	218	76	9	704	38	15	21	24	1.92
78433--78827	168	2.4	167	83	5	480	30	12	8	48	1.71
79023--79048	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
79226--79258	12	2.8	12	90	9	50	75	0	12	12	1.04
79383--79419	10	3.8	10	89	7	58	78	0	21	0	0.75
82494--82711	79	2.8	78	77	6	253	32	11	27	28	1.92
82647--82763	51	2.3	51	84	0	144	30	12	26	29	1.93
82567--82840	130	2.1	131	82	7	328	32	11	27	28	1.92
85189--85216	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
85160--85248	43	2.1	43	89	2	135	39	19	16	24	1.92
86109--86161	19	2.7	20	88	2	72	28	15	20	35	1.93
86190--86257	33	2.1	33	88	5	102	35	16	11	36	1.85
86207--86236	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
88488--88552	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88490--88565	32	2.4	32	95	0	134	32	14	17	35	1.90
88509--88566	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
88604--88732	52	2.5	52	94	0	231	34	17	18	29	1.94
97549--97600	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
97682--97706	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
97865--98013	63	2.4	63	96	0	271	32	29	2	34	1.72
99829--99890	13	4.8	13	88	4	90	33	17	16	32	1.92
99829--99890	26	2.4	26	91	0	106	33	17	16	32	1.92
100090--100120	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
106120--106194	21	3.7	21	92	3	118	33	16	20	30	1.94
106183--106207	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
106164--106227	33	2.0	32	90	3	101	37	18	17	26	1.93
107316--107357	19	2.1	19	86	8	57	38	2	19	40	1.64
107975--107999	13	1.9	13	100	0	50	24	20	16	40	1.91
111344--111401	7	8.9	7	72	14	52	84	12	1	1	0.78
111335--111401	10	6.4	10	74	16	55	83	11	2	1	0.82
111343--111383	17	2.4	16	92	8	64	87	9	2	0	0.62
111343--111401	18	3.4	17	88	9	84	84	11	1	1	0.77
112980--113267	32	9.0	32	79	6	307	30	29	17	22	1.96
112980--113267	96	3.0	95	83	3	348	30	29	17	22	1.96
113263--113363	49	2.1	49	84	0	130	20	25	18	34	1.96
114221--114273	19	2.7	20	91	8	83	39	18	16	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114804--114856	19	2.7	18	83	16	61	20	39	3	35	1.71
116683--116711	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
123738--123861	51	2.4	52	91	4	198	26	18	18	36	1.94
123738--123881	51	2.8	51	84	5	166	27	18	19	34	1.95
123870--123894	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123957--123981	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
126546--126670	52	2.4	52	93	2	207	27	18	18	36	1.94
126546--126690	52	2.8	51	87	4	202	28	17	18	34	1.94
126679--126703	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
126744--126810	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
126766--126790	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137954--138428	49	9.9	49	85	7	618	31	17	25	25	1.97
138006--138428	189	2.2	184	87	5	596	31	17	25	25	1.97
138421--138621	32	6.2	32	91	3	325	17	18	34	28	1.94
146569--146693	52	2.4	52	91	2	198	28	17	19	34	1.95
146594--146713	52	2.3	52	86	2	179	31	17	19	31	1.95
146702--146726	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146789--146813	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149164--149228	33	2.0	32	87	3	94	36	16	20	26	1.93
149609--149736	61	2.1	61	84	5	161	26	28	8	36	1.86
153866--153898	14	2.2	16	84	15	52	81	0	0	18	0.68
155360--155576	83	2.6	85	79	8	246	21	31	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155517--155847	128	2.5	131	80	3	384	21	29	13	35	1.92
155959--156141	42	4.4	41	73	6	145	19	31	13	36	1.90
155793--156213	211	2.0	211	79	2	452	18	29	14	37	1.91
157411--157439	12	2.3	13	94	5	51	75	0	10	13	1.04
157566--157610	14	3.1	14	87	12	56	82	2	15	0	0.77
157568--157610	16	2.6	17	85	7	54	83	2	13	0	0.74
158459--158499	7	5.9	7	78	21	50	70	0	0	29	0.87
160924--160949	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
163170--163214	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
165017--165055	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
167257--167302	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
169297--169333	18	2.1	18	94	0	65	10	2	27	59	1.44
169517--169557	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
169597--169667	20	3.5	20	75	11	74	43	15	12	28	1.83
169637--169773	53	2.6	53	92	1	229	38	18	16	27	1.91
169797--169827	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
169815--169870	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
169953--169978	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
170458--170524	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
173612--173636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
174627--174687	31	2.0	31	93	0	104	55	4	18	21	1.60
175275--175315	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175355--175425	20	3.5	20	75	11	74	43	15	12	28	1.83
175395--175531	53	2.6	53	92	1	229	38	18	16	27	1.91
175555--175585	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
175573--175628	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
175711--175736	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
176216--176282	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
176812--176864	20	2.6	21	87	3	72	39	13	16	30	1.87
178358--178401	20	2.2	20	88	8	63	31	9	20	38	1.84
178703--178770	19	3.9	19	74	21	76	35	13	14	36	1.85
178705--178767	32	2.0	32	93	0	108	34	14	15	34	1.88

Tables:   1   2   3   4