genome.fa.s301.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold301
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  562684

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178810--178835	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
178790--178856	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
181138--181255	51	2.4	51	82	12	140	30	22	11	34	1.90
181237--181313	27	2.8	27	90	5	111	23	33	19	23	1.97
181381--181545	51	3.2	52	76	6	158	29	28	10	31	1.90
181166--181697	289	1.9	282	83	5	658	27	28	13	31	1.94
188727--188752	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188791--188866	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
188812--188884	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
188791--188884	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
189469--189537	33	2.1	33	100	0	138	10	37	8	43	1.69
191360--191398	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
191384--191462	20	3.7	20	72	18	61	45	13	13	26	1.82
193477--193507	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
197569--197594	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
197633--197708	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
197654--197726	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
197633--197726	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
204103--204174	10	7.2	10	78	7	67	83	5	11	0	0.80
205164--205854	55	11.9	56	81	11	649	26	29	20	23	1.99
205164--205854	116	6.0	116	84	8	785	26	29	20	23	1.99
206673--206759	19	4.9	19	82	16	123	34	11	14	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206694--206718	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
206675--206737	32	2.0	32	100	0	126	33	12	15	38	1.86
206779--206841	33	1.9	33	86	0	90	23	14	17	44	1.85
207843--207868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
212533--212563	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
216631--216656	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
219352--219450	51	1.9	51	86	11	141	31	19	10	39	1.85
219450--219525	27	2.8	27	88	6	100	25	32	18	23	1.97
219510--219679	52	3.3	51	76	2	160	30	25	11	32	1.92
219667--219738	28	2.6	28	88	0	99	22	37	19	20	1.94
219351--219783	211	2.1	205	84	6	559	27	27	13	32	1.93
222737--222780	21	2.1	21	86	0	61	63	0	15	20	1.31
222753--222793	21	2.0	21	85	0	55	65	0	17	17	1.27
226007--226045	20	1.9	21	89	5	62	35	20	15	28	1.93
227944--228001	20	2.9	20	82	15	75	48	10	10	31	1.71
230421--230844	97	4.4	95	81	6	471	28	21	13	37	1.91
230418--230839	194	2.2	193	85	4	568	28	21	13	36	1.91
235632--235663	16	2.0	16	93	0	55	34	21	12	31	1.91
237702--237756	19	2.8	19	91	2	83	30	18	12	38	1.88
237787--237838	20	2.6	20	87	0	68	36	13	21	28	1.91
243073--243110	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
243097--243121	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243077--243140	33	1.9	32	84	12	85	32	15	10	40	1.82
249414--249440	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
249425--249479	19	2.8	19	91	2	92	30	23	10	34	1.89
253102--253133	15	2.1	15	94	0	55	62	0	0	37	0.95
254199--254260	28	2.2	29	97	2	117	54	3	0	41	1.16
257175--257205	16	1.9	16	93	0	53	19	19	22	38	1.93
259516--259588	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
259534--259609	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
259516--259609	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
259648--259673	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
264769--264819	20	2.6	20	87	3	68	37	17	13	31	1.89
267833--267870	20	2.0	20	89	5	60	34	15	10	39	1.82
267895--267948	20	2.7	19	86	11	65	35	16	16	31	1.92
267977--268030	19	2.8	20	88	5	83	35	18	14	31	1.91
273465--273503	20	2.0	20	84	0	51	48	15	5	30	1.66
273532--273585	20	2.8	20	82	2	74	42	14	14	27	1.85
277667--277701	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
279297--279361	33	2.0	33	87	0	94	32	13	15	38	1.87
279317--279341	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
279411--279463	20	2.7	20	96	0	97	43	16	15	24	1.87
284332--284588	88	2.9	85	75	9	232	35	8	22	33	1.85
287879--287904	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288581--288653	36	2.0	36	100	0	146	16	35	5	42	1.71
288644--288703	29	2.1	29	100	0	120	33	23	5	38	1.76
290503--290541	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
290527--290605	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
292619--292649	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
296711--296736	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
296775--296850	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
296796--296868	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
296775--296868	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
299468--299523	5	10.8	5	79	11	51	71	0	1	26	0.96
299471--299526	6	9.5	6	83	12	64	69	0	1	28	0.98
300952--301094	58	2.6	53	79	12	141	27	13	14	44	1.82
300983--301107	58	2.2	58	91	2	198	26	12	16	45	1.81
301017--301110	29	3.3	29	68	18	79	25	10	15	47	1.78
301375--301558	76	2.4	77	80	7	205	37	15	14	32	1.88
303841--303867	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
303852--303906	19	2.8	19	91	2	92	32	21	9	36	1.85
311557--311609	28	1.9	27	84	3	70	41	5	24	28	1.77
311623--311664	21	2.0	21	95	0	75	33	2	28	35	1.70
312295--312346	13	4.0	13	94	0	95	36	15	9	38	1.80
312352--312376	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
312365--312408	19	2.2	20	92	4	72	31	15	11	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312365--312416	19	2.7	19	82	14	70	34	17	9	38	1.82
315777--315827	26	1.9	26	84	4	66	49	13	13	23	1.78
316212--316260	21	2.3	21	82	6	55	34	12	20	32	1.90
318560--318617	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
318690--318818	52	2.5	52	94	0	222	35	17	17	30	1.92
325975--326004	15	1.9	16	93	6	53	86	10	3	0	0.67
327006--327333	34	9.7	34	80	11	347	21	32	12	34	1.90
326970--327353	68	5.7	67	79	11	362	21	32	12	34	1.90
327069--327122	27	2.0	27	92	0	90	24	42	12	20	1.87
327006--327384	95	3.7	102	77	12	261	21	33	12	32	1.91
327338--327407	33	2.1	35	91	5	117	27	35	17	20	1.94
327407--328451	49	21.9	49	83	9	1195	24	26	18	30	1.98
327451--328396	92	10.0	92	87	5	1261	24	26	18	30	1.98
327804--327871	21	3.2	21	63	19	50	26	27	16	29	1.97
327402--328717	474	2.7	474	89	5	1898	24	26	17	31	1.97
328273--328336	22	3.0	22	65	21	53	23	25	21	29	1.99
328521--328788	52	5.2	51	82	6	308	24	24	14	36	1.93
328251--328868	275	2.3	274	94	2	1075	23	24	15	36	1.94
328622--329013	169	2.3	173	81	7	426	23	26	14	36	1.93
329598--329655	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
329728--329856	52	2.5	52	93	0	213	34	17	17	30	1.93
334901--335154	77	3.3	78	75	7	180	39	18	12	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339708--339748	3	14.0	3	84	5	57	29	2	0	68	1.03
340863--340887	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
340842--340906	33	2.0	32	88	8	96	30	15	15	38	1.88
340959--341009	20	2.5	20	87	6	68	37	15	17	29	1.91
347098--347150	20	2.7	20	81	0	61	32	13	15	39	1.85
347135--347174	13	3.1	13	85	0	62	30	15	17	37	1.90
349866--349923	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
349879--349941	19	3.6	19	76	24	84	28	15	15	39	1.89
349845--349941	32	3.0	32	93	6	160	28	15	16	39	1.89
350023--350047	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4